R function - nibb-unix/gitc202402-unix GitHub Wiki
| マニュアルの参照 | |
|---|---|
| help, ? | マニュアルの参照 例）help(help), ?help
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| help.start | Webブラウザ上でマニュアルを表示 例）help.start()
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| 基本演算子 | |
|---|---|
| <-, =, -> | 代入 例）a <- 3
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| +, - | 加算、減算 例）a + 4
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| *, / | 乗算、除算 例）a * 5
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| %/%, %% | 整数除算、剰余 例）a %/% 2
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| ^ | 累乗 例）a ^ 2
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| &, ｜ | 論理積（かつ）、論理和（または） 例）a > 2 & a < 5
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| >, >=, <, <= | 不等号 例）a > 2
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| ==, != | 等しい、等しくない 例）a == 4
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| : | 始点・終点の間で連続する整数値ベクトルの生成 例）3:7
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| 作業ディレクトリ | |
|---|---|
| setwd | 作業ディレクトリの設定 例）setwd("~/data")
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| getwd | 作業ディレクトリの確認 例）getwd()
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| ベクトルの作成・操作 | |
|---|---|
| c | ベクトルの作成 例）v <- c(1,5,2,9,7) |
| [] | ベクトル要素の参照 例）v[c(3,5)] 3, 5番目の要素を抽出 |
| length | ベクトルの長さ(要素数) 例）length(v)
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| sum | ベクトルの要素の合計値 例）sum(v)
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| mean, median | ベクトルの要素の平均値、中央値 例）mean(v), median(v)
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| var, sd | ベクトルの要素の不偏分散、標準偏差 例）var(v), sd(v)
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| sort | ベクトルの要素を大きさの順に並べ替える 例）sort(v)
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| プロットの作成 | |
|---|---|
| plot | プロットの作成 例）plot(v) 点でプロット plot(v, type="l") 線でつなぐその他のオプションはテキスト参照 |
| points | 既存のプロット上に別の点集合を重ねて描画する 例）points(v2)
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| lines | 既存のプロットの上に別の線を重ねて描画する 例）lines(v3)
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| barplot | 棒グラフの作成 例）barplot(v)
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| par | グラフィックス出力のパラメータ設定を変更 例） par(mfrow=c(1,2)) ２つのプロットを横に並べて描画 |
| 行列の作成・操作 | |
|---|---|
| matrix | 行列の作成 例）m1<-matrix(1:9,3,3)
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| cbind | ベクトルを列(縦)方向に並べて行列を作成 例）m2<-cbind(a,b,c)
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| rbind | ベクトルを行(横)方向に並べて行列を作成 例）m3<-rbind(a,b,c)
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| t | 転置行列(行列の行と列を入れ換え) 例）t(m1)
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| [] | 行列・データフレームの要素参照 例）m1[2,4]
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| dim | 行列・データフレームの次元(行数、列数)を表示 例）dim(m1)
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| nrow, ncol | 行列・データフレームの行数、列数 例）nrow(m1)
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| %*% | 行列積 例）m1 %*% m2
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| データフレームの読み書き・操作 | |
|---|---|
| read.table | 表形式のテキストファイルからデータフレームにデータを読み込む 例） dframe<-read.table("file", sep="\t", header=TRUE)
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| read.delim | 同上。デフォルトのセパレータがタブ 例）read.delim("file")
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| read.csv | 同上。デフォルトのセパレータがコンマ 例）read.csv("file")
|
| write.table | データフレームをテキストファイルに書き出す 例） write.table(dframe, sep="\t", file="output.txt")
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| head | 先頭数行の表示 例）head(dframe)
|
| summary | 列ごとにデータの要約を表示 例）summary(dframe)
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| subset | データフレームから指定した条件を満たす行を抜き出す 例） subset(dframe, gender==”female”)
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| $ | データフレームの列全体を名前で参照 例）dframe$gender
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| 統計処理 | |
|---|---|
| pairs (plot) | データフレームの各カラム総当たりの散布図の作成 例）pairs(dframe) または plot(dframe)
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| ~（チルダ） | モデル式の定義 例）y ~ x1 + x2 yを目的変数、x1, x2を説明変数としたモデル |
| lm | 線形モデルへの当てはめ(回帰分析、分散分析) 例） result.lm <- lm(y ~ x, dframe)
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| abline | 回帰直線を引く（あらかじめplotで作成された散布図の上に上書き） 例） abline(result.lm)
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| boxplot | 箱ひげ図の作成 例）boxplot(y ~ gender, dframe)データフレームからカラムyを目的変数とし、カラムgender(因子)の値ごとに分けて分布をとった箱ひげ図を作成 |
| t.test | t検定の実行(2標本の平均値の差の検定など) 例）t.test(x, y)
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| aov | 分散分析の実行 (線形モデルを用いて各因子(説明変数)の目的変数への影響の大きさを評価する。3標本以上の平均値の差の検定など) 例） summary(aov(y ~ stage, dframe))
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| table | 与えられたベクトルにおける要素の頻度、または行列における要素の組合せの頻度をカウントしたテーブルを作成する 例） table(dframe$gender)
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| オブジェクトデータの管理 | |
|---|---|
| ls | 定義されたオブジェクト(変数)の一覧を表示 例）ls()
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| rm | オブジェクトのワークスペースからの削除 例）rm(obj)
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| save | オブジェクトをファイルに保存 例）save(obj1,obj2,obj3,file="my.Rdata")
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| save.image | 現在のワークスペース中のオブジェクトをすべて保存する 例）save.image("my.RData")
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| load | 保存したオブジェクトをファイルからロードする 例）load("my.Rdata")
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| リスト・オブジェクト・クラス | |
|---|---|
| list | リストの作成 例）l <- list(1, “a”)
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| class | オブジェクトのクラス名の表示 例）class(obj)
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| str | オブジェクトの内部構造を表示 例）str(obj)
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| 総称関数 | |
|---|---|
オブジェクトの内容を表示 例）print(result)
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| summary | オブジェクトの内容を要約して表示 例）summary(result)
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| plot | オブジェクトの種類に応じたプロットの作成 例）plot(result)
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| 関数・プログラムの作成 | |
|---|---|
| function | 関数の作成 例） square <- function(x) { return(x^2) }
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| source | ファイルからプログラム（関数定義など）を読み込んで実行する 例） source("program.R")
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| パッケージの利用 | |
|---|---|
| install.packages | パッケージのインストール 例）install.pacakges("MASS")
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| update.packages | パッケージの更新 例）update.packages("MASS")
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| library | パッケージのロード 例）library("MASS")
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| help(package=#) | パッケージのヘルプ 例）help(package="MASS")
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| biocLite | Bioconductorパッケージのインストール 例） source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("edgeR")
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