Mac_app - nibb-unix/gitc202402-unix GitHub Wiki

個別での演習環境の準備については対応いたしかねます。あらかじめご了承ください。

このページでインストールするソフトウェアは主に以下の講義で使用する予定です。

  • NGS基本データフォーマット
  • クオリティコントロールとNGS基本ツール
  • エディタとスクリプト

Macに解析用ソフトウェアをインストール

  1. Mac UNIX環境構築ガイド に従って、Command Line Tools と Homebrew をインストール

  2. Homebrew の formula を最新のものに更新

brew update
  1. Homebrew に生物学用のformulaが収録されている brewsci/bio を tap で追加する
brew tap brewsci/bio
  1. Homebrew を用いて各種ソフトウェアをインストール
brew install bowtie2
brew install fastqc
brew install seqkit
brew install cutadapt
brew install sratoolkit
brew install samtools
brew install emacs
  1. python3 のバージョンを確認
python3 -V
  • Python 3.9.6 か、それ以上（3.10, 3.11...等）と出ればOK。　「8」に進む
  • もし、python3 not found と出たり、低いバージョンが出た場合は「6」に進むこと。
  1. Homebrew を用いて python3系をインストール
brew install python3
  • 己のシェルを確認
echo $SHELL

ここで、/bin/zsh と出た場合は、pip3はフルパス /usr/local/bin/pip3 で実行する必要がある

  1. pip3 で pythonの数値計算用ライブラリ numpy と、HTSeq をインストール
pip3 install numpy
pip3 install HTSeq
  • brewでインストールしたpython3を使い、シェルがzshの場合：
/usr/local/bin/pip3 install numpy
/usr/local/bin/pip3 install HTSeq
  1. fastqc の起動確認
  • ターミナルでfastqcと実行し、FastQCの画面が起動すればOK
  1. 最後に：インストールしたソフトがそのまま実行できない場合、システム設定の変更が必要

システム環境設定 - プライバシーとセキュリティ - プライバシー - デベロッパツール

ターミナル.app にチェック → Macのパスワード入力が促され、ターミナルが再起動されます

参考：