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下記はどれも手元で再現性がないため、本当に解決ができるのか検証していないことをご承知おきください

プロキシ(proxy)環境下でaptが使えない (Ubuntu)

プロキシのURL：ポート番号を控える（ここでは説明のために http://192.168.11.9:3128 だと仮定する）
面倒だが毎回 apt 実行時に -o 引数でプロキシを経由することを教えてやる

sudo apt update -o Acquire::http::Proxy=http://192.168.11.9:3128 -o Acquire::https::Proxy=http://192.168.11.9:3128

http proxy と https proxy が異なる場合はそのように書くこと
/etc/apt/apt.conf を編集するなどの解法もある　詳しくはGoogleかGPT先生へ

bowtie2 で bad interpreter: /usr/bin/perl5.30 エラー

bowtie2 は perl で書かれている。bowtie2-build は python で書かれており、エラーにならない
brew でインストールされる bowtie2 はシバンがベタ書きなので、perl5.30 がないのだろうと推測される（下記は筆者の環境、perl5.34）

% head -1 /opt/homebrew/bin/bowtie2      
 #!/usr/bin/perl5.34 

% perl --version
This is perl 5, version 34,

perl 自体は必ず入っているはずなので、システムのperlを使うようにしたい
シバンをコマンド一発勝負で書き換える（/usr/bin/perl5.30 -> /usr/bin/env perl)　失敗したらごめんなさい

% which bowtie2
 /opt/homebrew/bin/bowtie2　（/usr/local/Cellar/bowtie2 とかかもしれない）

% ls -l /opt/homebrew/bin/bowtie2
 lrwxr-xr-x  1 hiroyo  admin  35  2  6 11:37 /opt/homebrew/bin/bowtie2 -> ../Cellar/bowtie2/2.5.4/bin/bowtie2

  which で見えたbowtie2はシンボリックリンクであり、本体は /opt/homebrew/Cellar/bowtie2/2.5.4/bin/bowtie2 であることがわかる

% sed -i '' '1s|#!/usr/bin/perl5.30|#!/usr/bin/env perl|' /opt/homebrew/Cellar/bowtie2/2.5.4/bin/bowtie2
% head -1 /opt/homebrew/bin/bowtie2                                                        
 #!/usr/bin/env perl

　sed を使わず、もちろん emacs で編集してもよい（が、慣れていないと不要な文字を入力してしまうかもしれない）

% emacs /opt/homebrew/Cellar/bowtie2/2.5.4/bin/bowtie2

WSLでemacsが動かない

emacs は隙あらばGUIを起動しようとするのでGPUと相性が悪い（らしい）
wslを最新にしてみてください wsl --update