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ex303

Volcano plot の練習。ex402の結果をVolcano plotに描画する。

Volcano plot の基本形

plot(LogFoldChange, -log(FDR))

つまりLog FoldChange, FDR の２つの値を計算しておく必要がある。

まず、ex402.v2 (edgeRによる differential expression analysis) を最後まで終わらせ、FDRの値を求める。

...
> de.tagwise <- exactTest(y, pair=c("M", "H"))

この結果から、Log FoldChange, FDRを取得する。

> de.tagwise.sorted <- topTags(de.tagwise, n=nrow(de.tagwise$table))
> head(de.tagwise.sorted$table)
             logFC    logCPM       PValue          FDR
AT2G19190 4.548463  7.389103 1.623654e-21 4.257384e-17
AT4G12500 4.391107 10.436948 1.998455e-20 2.447969e-16
AT2G44370 5.435565  5.212365 3.214156e-20 2.447969e-16
AT3G46280 4.925036  8.124281 4.407573e-20 2.447969e-16
AT5G48430 6.253284  6.720990 4.667955e-20 2.447969e-16
AT3G55150 5.779057  4.915687 7.769944e-20 3.395595e-16

> LogFC <- de.tagwise.sorted$table$logFC
> FDR <- de.tagwise.sorted$table$FDR
> plot(LogFC, -log10(FDR))

有意な発現差(FDR < 0.05) があるものを赤く表示するように改良。

> plot(LogFC, -log10(FDR), col=ifelse(FDR<=0.05, "red", "black"))

LogFCの条件も追加することができる。例えば、

> plot(LogFC, -log10(FDR), col=ifelse(FDR<=0.05 & abs(LogFC) >= 2, "red", "black"))

Revision history

2023-2-27

  • 動作確認(R: v4.0.3; edgeR: v3.32.1 on bias5)

2022-9-30

  • 動作確認（R: v4.0.3; edgeR: v3.32.1）

2021-9-11

  • Minor updates.

2021-