ex203

arabi_gene_de.2D.vs.2D2L.txtはex201での実験で用いたbamファイルをstringtie→edgeR解析した発現変動遺伝子リストである。 この中から2D→2D2Lの発芽緑化過程で、FDRの低い順に遺伝子発現量が有意に増加した上位10の遺伝子コードと、減少した上位10の遺伝子コードを取り出し、 それを元にbatスクリプト(arabi_increase10.batとarabi_decrease10.bat)を作成した。

IGVのバッチ機能を使い、該当領域のmap状況を確認するためのキャプチャー画像を収集する。 (ファイルは、受講生はccfep:~/gitc/data/KY/IGV/ex203および手元Macの~/Desktop/gitc/data/KY/IGV/ex203にある。聴講生はファイルパスを適宜読み替えること。)

この練習問題では、ex201で用いた6つのbamファイルをIGVで表示させた状況からスタートさせる。

課題

1. ex201の流れで6つのbamファイルをIGVに読み込み表示させる。
2. IGVのメニュー Tools → Run Batch Scriptを選び、まずarabi_increase10.batを読み込む。
3. 即座にbat処理が開始され、自動で指定されたlocusへの移動とsnapshotが得られる。
4. defaultではsnapshotはIGVをインストールしたディレクトリーに保存されている、コース参加者は~/Desktop/IGVにある。聴講生は各自、該当場所を確認しよう。
5. 続いてarabi_decrease10.batも同様に実行しよう。
6. snapshotを観察し、これらの発現変動遺伝子のmap状況を確認し、おかしなmapでないことを確認。懸念があるものに関しては個別にその状況を手動で確認していくのが良い。

例）increase_AT1G08380.png

例）decrease_AT3G21720.png