FAQ - nibb-gitc/gitc2021sep-rnaseq GitHub Wiki

R

作業ディレクトリの設定

メニューからその他→作業ディレクトリの変更(command+D)　でディレクトリ選択

またはsetwd("ディレクトリ名") で選択

data以下のファイルを消してしまった、改変してしまった。復活したい。

（方法１）bias5の講師用のホームディレクトリにオリジナルデータがあります。講師用のホームは、/home/courset1 です。

例　IU/etec_1.fq を復活させる場合。

$ cp /home/courset1/data/IU/etec_1.fq ./

（方法２）フルのデータセットは以下からダウンロードできるのでそこから復活する。

bias5環境にて

$ mkdir download
$ cd download
$ wget https://www.nibb.ac.jp/cproom/gitc/nibb_gitc_rnaseq_20210310.tar.gz
$ tar xzvf nibb_gitc_rnaseq_20210310.tar.gz

downloadディレクトリ以下にオリジナルのdataディレクトリが解凍されます。

（方法３）rsyncを使う。

rsyncは途中でコピーが止まった場合、再開(resume）できるのがメリット。

$ rsync -avH [email protected]:~/gitc/data ./

HomebrewでインストールしたHISAT2でエラーが出る

MacOS環境のHomebrewでHISAT2をインストールしてHISAT2を実行した際に、以下のようなエラーが出ることがあります。

$ hisat2-build
/xxxx/yyyy/genome.fa
genome_index dyld: Symbol not found:
__ZNSt7__cxx1112basic_stringIcSt11char_traitsIcESaIcEED1Ev   Referenced from: /usr/local/Cellar/hisat2/2.1.0/bin/hisat2-build-s  
Expected in: /usr/lib/libstdc++.6.0.9.dylib  in
/usr/local/Cellar/hisat2/2.1.0/bin/hisat2-build-s Abort trap: 6

これは既知の問題として取り上げられています。　参考）　https://www.biostars.org/p/328289/ そのため、バイナリから実行することを検討下さい。

まず、HISAT2のサイトに移動し、該当するバイナリをダウンロードします。 https://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/

解凍すると、フォルダにhisat2一式があります。 このまま実行できるので、このディレクトリに移動し、

./hisat2

でhisat2を実行できます。

初回起動時のみ、最近のMacOSでは、開発元を検証できない場合の警告が表示されます。 Link Text

この場合、一旦キャンセルしたあと、「システム環境設定」→「セキュリティとプライバシー」→「一般」を見ると、"hiast2からのソフトを許可します"という選択肢があります。これをOKすると、該当の警告はでなくなります。 Link Text Link Text

成功例：

% ./hisat2
No index, query, or output file specified!
HISAT2 version 2.2.1 by Daehwan Kim ([email protected], www.ccb.jhu.edu/people/infphilo)
Usage: 
  hisat2 [options]* -x <ht2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r> | --sra-acc <SRA accession number>} [-S <sam>]

  <ht2-idx>  Index filename prefix (minus trailing .X.ht2).
  <m1>       Files with #1 mates, paired with files in <m2>.
             Could be gzip'ed (extension: .gz) or bzip2'ed (extension: .bz2).
  <m2>       Files with #2 mates, paired with files in <m1>.
             Could be gzip'ed (extension: .gz) or bzip2'ed (extension: .bz2).
  <r>        Files with unpaired reads.
             Could be gzip'ed (extension: .gz) or bzip2'ed (extension: .bz2).
  <SRA accession number>        Comma-separated list of SRA accession numbers, e.g. --sra-acc SRR353653,SRR353654.
...（以下略）
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