BUSCO Manual installation - nibb-gitc/gitc2021sep-rnaseq GitHub Wiki

Miniconda で BUSCOがインストールできない場合 (for Mac)

BUSCO の、Manual installation　を実行する

Supported OS BUSCO is being developed and tested on multiple distributions of Linux (e.g. Arch Linux, CentOS, Ubuntu). We do not support MacOS but BUSCO should work on it, although Augustus seems to cause troubles on some BSD-derived systems, including MacOS.
Consider the Docker container if you work on incompatible environments.

↑ ということだし、長丁場なので無理にインストールする必要はない。もちろんDockerにチャレンジいただいてもOK

Augustusに必要なもののインストール

brew install boost
brew install mysql
brew install mysql++
brew install gsl
brew install lp_solve
brew install bamtools
brew install suite-sparse

Augustusインストール

cd
git clone https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus.git
cd Augustus
make augustus
export PATH="~/Augustus/bin:~/Augustus/scripts:$PATH"
export AUGUSTUS_CONFIG_PATH="~/Augustus/config/"
echo ${SHELL}

• /bin/bash の場合、~/.bash_profile
• /bin/zsh の場合、~/.zshrc に、下記の2行を書き足す

export PATH="~/Augustus/bin:~/Augustus/scripts:$PATH"
export AUGUSTUS_CONFIG_PATH="~/Augustus/config/"

pythonのライブラリをインストール

pip3 install pandas
pip3 install biopython
pip3 install sepp

metaeuk インストール

ここ　から、metaeuk-osx-universal.tar.gz をダウンロードして解凍、以下は metaeuk がホームディレクトリにあるものとし、/usr/local/bin にシンボリックリンクを置いてパスを通す

sudo ln -s ~/metaeuk/bin/metaeuk /usr/local/bin/metaeuk

Prodigal インストール

brew install prodigal

HMMER インストール

brew install hmmer

BUSCO インストール

git clone https://gitlab.com/ezlab/busco.git
cd busco/
sudo python3 setup.py install