オンライン受講のための環境構築

今回のトレーニングコースはオンラインでの開催となります。受講生の皆さんは、以下ガイドにしたがって、事前にお手持ちのコンピュータで環境を構築しておいてください。

受講時に主に使う配信・質問対応ツール

• オンラインレクチャー・サポートのためのソフトウェアをお手持ちの端末にインストールしてください。

  • Zoom　

    • https://zoom.us/jp-jp/meetings.html
    • 講義はZoomで配信されます。
    • クライアント版を推奨いたします。
    • インストール・利用方法はこちら

  • Slack

    • https://slack.com/intl/ja-jp/downloads/
    • 講義中でのマシントラブル、個別の質問などの対応に使用します。
    • PCやスマートフォンで利用可能です。
    • PCでご利用の場合はクライアント版を推奨いたします。
    • インストール・利用方法はこちら
    • インストール方法やワークスペース等、詳細につきましては受講生の皆様にメールでご連絡いたします。

講義内で使用する解析用ソフトウェア(ローカルPCにインストールをお願いします)

• コースで使う解析ソフトウェアをお手持ちの端末にインストールしてください。
  • IGV
    • http://software.broadinstitute.org/software/igv/
  • R　
    • https://www.r-project.org/
    • 追加のパッケージとして
      • edgeR
      • dendextend
      • gplots
      • topGO
      • org.Mm.eg.db
      • org.Sc.sgd.db
      • AnnotationHub
      • clusterProfiler
      • ggnewscale (3/11追加)
      • ggridges (3/11追加)
      • ggupset (3/11追加) が必要です。関連するパッケージも含めてインストールしてください。
  • 表計算ソフトウェア（必須ではありません）
    • データの閲覧にのみ使用します。
    • Excel, OpenOffice Calc, Numbers など何を使用しても構いません。

リモートログイン・シェル環境の構築

• コースの実習では、基礎生物学研究所内の大型計算サーバ「生物情報解析システム」にログインしてUNIXを実行します。そのための環境をお手持ちの端末に準備ください。
  • VPN接続（Mac, Windows どちらも必須）
    • 基礎生物学研究所内の計算サーバにログインする前に、まずVPN接続を実行する必要があります。詳細につきましては受講生の皆様にメールでご連絡いたします。
  • MacOS
    • OS標準の"ターミナル.app"を使用します。以下のドキュメント を参考にして、Command Line Tools のインストールまでを終えておいて下さい。
  • Windows10
    • Windows Subsystem for Linux および Windows Terminal を使用します。以下のドキュメントを参考にして、Windows Terminal までのインストールを終えておいて下さい。

デュアルディスプレイの推奨

• 本講習は一般的なノートPCでも受講いただけますが、下記の環境であるとより一層受講しやすくなります。
  • デュアルディスプレイ(講義画面(Zoom)と演習画面(演習環境及び質問対応ツールのSlack)を分離するため)
  • 安定したネット通信ができる環境(例: 有線LAN接続)