Mac_app - nibb-gitc/gitc2021mar-rnaseq GitHub Wiki

Macに解析用ソフトウェアをインストール

ダウンロードするだけのソフトウェアなどについては、ここの例ではパスを通していません。
- 必要に応じて、パスが通っている場所にコピーするか ~/bin ディレクトリを作ってコピーした上に ~/.zsh_profile を編集してバスを通すなどの操作をしてください。
- 常にカレントディレクトリを気にしながら作業しましょう

Mac UNIX環境構築ガイドに従って、Command Line Tools と Homebrew をインストール
Homebrew の formula を最新のものに更新

brew update

Homebrew に生物学用のformulaが収録されている brewsci/bio を tap で追加する

brew tap brewsci/bio

Homebrew を用いて各種ソフトウェアをインストール

brew install bowtie2
brew install seqkit
brew install cutadapt
brew install sratoolkit
brew install samtools
brew install salmon
brew install hisat2
brew install stringtie
brew install gffcompare
brew install blast
brew install diamond
brew install wget

stringtie から、prepDE.py および prepDE.py3 をダウンロードしておく
gffread を git および make コマンドでインストール

同じ gffread ディレクトリ内にインストールされます

git clone https://github.com/gpertea/gffread
cd gffread
make release

TransDecoder を gitコマンドでダウンロードしておく

ダウンロードしたディレクトリ内のTransDecoder.LongOrfs と TransDecoder.Predict がそのままソフトウェアとなる

git clone https://github.com/TransDecoder/TransDecoder
(cd TransDecoder)

miniconda を利用して BUSCO をインストール　4GBほどの空き容量が必要です
- Minicondaは、Pythonの環境構築パッケージである Anacondaの縮小版です。必要最低限の物がパッケージされています
- Anaconda　(Wikipedia)
- Miniconda（本家）

brew install miniconda
conda init `basename ${SHELL}`
conda config --set auto_activate_base false

（ここでターミナルを再起動）

conda activate base

conda環境が起動した状態（プロンプト前に (base) と出ている状態）でBUSCOをインストールします。（最新は5ですが、Macに入る最新は4.1.4）この作業には時間がかかります（30分〜）。

conda install -c bioconda -c conda-forge busco=4.1.4

インストールが終了したら、conda を終了しておきます。BUSCOを利用する時に再度起動します。

conda deactivate base　（終了）
conda activate base　（起動）
busco

聴講生の方へ：

以降のソフトのインストールはオプションとします

eggnog-mapper のインストール　50GBの空き容量が必要です。

brew で python3 と pip3 がインストールされているか確認、Python 3.9.2、pip 21.0.2... 等と出ればOK（ここでは /usr/local/bin のパスが重要、Macにプリインストールされている python3 ではなく brew によって入ったものを使う）

/usr/local/bin/python3 -V
/usr/local/bin/pip3 -V

もしなかったら、Homebrew を用いて python3系をインストール、再度バージョンを確認

brew install python3
/usr/local/bin/python3 -V
/usr/local/bin/pip3 -V

brew の pip3 で eggnog-mapper をインストール（依存関係にある numpy, biopython, psutil も自動でインストールされます）

/usr/local/bin/pip3 install eggnog-mapper

eggnog-mapper のデータを保存するディレクトリとして、${HOME}/eggnog-mapper-data を作成し、環境変数 EGGNOG_DATA_DIR を設定

mkdir ${HOME}/eggnog-mapper-data
export EGGNOG_DATA_DIR="${HOME}/eggnog-mapper-data"

以下のページから download_eggnog_data.py を保存して実行

https://raw.githubusercontent.com/eggnogdb/eggnog-mapper/master/download_eggnog_data.py

/usr/local/bin/python3 download_eggnog_data.py

InterProScan　25GBの空き容量が必要です

インストール方法をここでは解説しません。
Installation requirements を見て余裕があればインストールしてみてください。

参考：