setup_ermineJ - nibb-gitc/gitc2020jun-rnaseq GitHub Wiki

ErmineJの実行にはお使いのマシンにJava Runtime Environmenがインストールされている必要があります。 macOSおよびwindowsでのermineJの環境構築・利用方法をまとめました。

macOS の場合：

ErmineJのHP から、WebStart でErmineJを起動する。(Run ermineJ now with WebstartセクションのClick "here" をクリック; セキュリティ等の理由で自動で起動しない場合は、Controlキーを押しながら起動。)
上記の方法で起動しない場合。HPからMac用のアプリケーションをダウンロードし、インストールする。ダブルクリックして起動。セキュリティ等の理由でOS側から起動が拒絶される場合は、Controlキーを押しながら起動。

ErmineJのHP から、Generic bundle をダウンロードして解凍
ターミナルで、export ERMINEJ_HOME=/your_path/ermineJ-3.1.2 （your_path はお手元のermineJ-3.1.2を解凍したパスに読み替えてください）
export JAVA_HOME=/your_path_openjdk/jdk-14.0.1.jdk/Contents/Home
bash ${ERMINEJ_HOME}/bin/ermineJ.sh -G
- export で行った環境設定は、ログアウト（再起動）すると無効になる。恒常的に設定する場合は、.bash_profile 内に記述すること

ErmineJのHP から、Generic bundle をダウンロードして解凍
ターミナルで、export ERMINEJ_HOME=/your_path/ermineJ-3.1.2 （your_path はお手元のermineJ-3.1.2を解凍したパスに読み替えてください）
java.com または、oracle.com から Java をダウンロードしてインストール（ライセンス形態を必ず確認してください）
ターミナルで　/usr/libexec/java_home を実行し、表示されたディレクトリを JAVA_HOME として設定する ↓
export JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-14.0.1.jdk/Contents/Home
bash ${ERMINEJ_HOME}/bin/ermineJ.sh -G
- export で行った環境設定は、ログアウト（再起動）すると無効になる。恒常的に設定する場合は、.bash_profile 内に記述すること

1)でDLしたファイルを実行。インストーラーが走るので、任意のパスにインストール。このパスは後で使用する。（例： c:¥Program Files(x86)¥ermineJ ）
2)でDLしたファイルを解凍。フォルダごとc:に移動する。このパスは後で使用する。（例： c:¥jdk-14.0.1）

この段階ではまだermineJを起動することはできません。

新規の変数として変数名 ERMIMEJ_HOME を作成し、変数値として３）でインストールしたフォルダパスを指定する。「ディレクトリの参照...」で選択しても良い。
新規の変数として変数名 JAVA_HOME を作成し、変数値として４）で移動したフォルダパスを指定する。「ディレクトリの参照...」で選択しても良い。