Pythonについて

python はバージョン依存が大きいプログラム言語で、 現在はバージョン2と3とが混在している状態です。 今回使用しているプログラムの中で、prepDE.py は、python2 でしか動きません。 下記ではsalmonを動かすために、python環境を「3」にしています。 Macのpythonはデフォルトで「2」です。確実にprepDE.pyを動かすには、Macデフォルトのpythonを使うために

$ /usr/bin/python prepDE.py

のように打ってください

salmon

salmon は miniconda 環境でインストールしています。デフォルトでは miniconda 環境ではないので、 salmonを実行したいディレクトリで、

$ pyenv local miniconda3-4.3.30 

としてやると、 salmon が実行できるようになります。

miniconda 環境から抜ける場合は、同じディレクトリで、

$ pyenv local --unset 

としてやると、miniconda 環境から抜けて、デフォルトのPythonを参照するようになります。

case2

prepDE.py は python 2.7 環境のみで動作します。受講生用の端末ではpython3.x系統が準備されているため、そのままでは動きません。

この場合、以下のコマンドを使用して python2.7 環境をインストールする必要があります。 （講義で使っている端末には、/usr/bin/python に2環境があるので、それを使うこともできます）

$ conda create -n py27 python=2.7 anaconda
（途中で [y]/n という選択肢がでてくるので yを押す）

$ conda activate py27 

で、(py27) $ のようにコマンド入力が変化します。この状態で、

(py27) $ python prepDE.py -i stringtie_count

を実行してください。

py27をもとに戻すには、

$ conda deactivate

と入力してください。

OpenOffice

インストールされているOpenOfficeの言語が英語でも日本語でもない場合、ゴミ箱にあるOpenOfficeのアプリケーションで上書きインストールを行ってください。（上書きが不完全な場合があります）