MRIQC para humanos

Se recomienda usar contenedores basados en docker o singularity. Aquí hay un video con instrucciones similares como Tutorial: Curso Redes - Practica MRIQC 5 - Quality Control

Instalar Docker

Se instala Docker Engine de la página https://docs.docker.com/engine/install/ubuntu/. Una vez instalado, ya puede utilizarse con mriqc. Aquí hay más sobre estas instrucciones para MRIQC: https://www.nipreps.org/apps/docker/

Instalar MRIQC en contenedor

Docker generalmente corre con el comando sudo

Para instalar mriqc solo hay que correrlo con docker la primera vez.

Por ejemplo, pueden correr esto:

sudo docker run -it nipreps/mriqc:latest --version

Docker bajará todos los archivos necesarios y los instalará. Esto puede pesar mucho y tardarse tiempo.

Correr MRIQC

Los archivos deben estar en formato BIDS.

Para correr un solo participante, por ejemplo el sub-112 y el sub-115

sudo docker run -it --rm -v /path/to/data/bids:/data:ro -v /path/to/output:/out nipreps/mriqc:latest /data /out participant --participant_label label

o en el ejemplo:

sudo docker run -ti --rm \
-v $curso/data_00_basic:/data:ro \
-v $curso/derivatives/mriqc:/out \
nipreps/mriqc \
/data /out \
participant --participant_label 112 115

Para correr a todos los participantes:

sudo docker run -it --rm -v /path/to/data/bids:/data:ro -v /path/to/output:/out nipreps/mriqc:latest /data /out participant

sudo docker run -ti --rm \
-v $curso/data_00_basic:/data:ro \
-v $curso/derivatives/mriqc:/out \
nipreps/mriqc \
/data /out \
participant

Ya que corra a todos, podemos correr el análisis de grupo.

sudo docker run -it --rm -v /path/to/data/bids:/data:ro -v /path/to/output:/out nipreps/mriqc:latest /data /out group

sudo docker run -ti --rm \
-v $curso/data_00_basic:/data:ro \
-v $curso/derivatives/mriqc:/out \
nipreps/mriqc \
/data /out \
group

Correr MRIQC en el cluster C13 alias Don Clusterio (Ejemplo Opcional)

Se usa singularity en lugar de docker.

Cargar singularity con el comando:

module load apptainer/

Primero se crea un contenedor dentro de nuestro folder

singularity build mriqc.sif docker://nipreps/mriqc

Luego se corre con singularity usando fsl_sub

fsl_sub -N sub-20 singularity run -B /path/to/data/bids -B /path/to/output mriqc.sif -m T1w bold --fd_thres 0.5 /bids /out participant --participant_label 020