PCへの各種ソフトウェアセットアップ - minami1009/bio GitHub Wiki

背景(Mac)

Macを新調したので、必要なバイオ関連ソフトウェア等のインストールについて覚え書きを兼ねて。

1. ApE

a plasmid editorの略らしい。プラスミドなどDNA塩基配列を扱うときに必須。 https://jorgensen.biology.utah.edu/wayned/ape/ からダウンロード

2. 画像解析

imageJとFijiを入れる。基本的な操作はimageJだけでも対応できるが、FijiはimageJのいろいろなプラグインがインストールされていて、時々使える。最初はimageJだけでもいいかも。

imageJ：https://imagej.nih.gov/ij/download.html

Fiji:https://imagej.net/software/fiji/

3. タンパク質構造ビューワ

PymolとChimeraを入れる

（普段はほとんどPymolだけど、最初のバイオインフォの講義でChimeraを使ったのでなんとなく両方入れている。あと、Autodock vinaとかはChimeraで動かせる。）

Pymol

@Ag_smith先生の解説の通り https://yoshitakamo.github.io/pymol-book/append01/installation.html

Homebrew

https://brew.sh/index_ja.html の通り、ターミナルに

/bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"

を貼り付け

インストールが終わったら、

==> Next steps:

  • Run these two commands in your terminal to add Homebrew to your PATH: echo 'eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"' >> /Users/minami/.zprofile eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"

の指示に従って、２つのコマンドを貼り付け

さらに、

export PATH="/usr/local/bin:$PATH"

を追記しておくと良いらしい

Xquartz

https://www.xquartz.org/ よりダウンロードする

Pymol

以上の準備が終わったら、ターミナルで

brew install brewsci/bio/pymol

で一発でインストールできる（本当に神…）。あとはしばらく待つ。

終わったら、command+Qでターミナルを閉じ、再度ターミナルから pymol と入れて起動できることを確認。以降起動しやすいように、Automatorを使って一発で起動できるようにしておくと良い。

参考：https://qiita.com/Ag_smith/items/58e917710c4eddab46ee#macos%E3%81%AEautomator%E3%82%92%E4%BD%BF%E3%81%A3%E3%81%A6%E3%83%80%E3%83%96%E3%83%AB%E3%82%AF%E3%83%AA%E3%83%83%E3%82%AF%E3%81%A7%E7%AB%8B%E3%81%A1%E4%B8%8A%E3%81%8C%E3%82%8B%E3%83%9C%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%82%92%E4%BD%9C%E3%82%8Boptional

※M1 macになってhomebrewのPATHが変わっているので注意。記事では/usr/local/bin/pymolとなっているが、これでは起動しない。/opt/homebrew/bin/pymolとすれば良い。

UCSF Chimera

4. Pythonプログラミング関連

Pythonのインストールは直接行う方法と、Anacondaを介して行う方法の大きく２つがある。Anacondaは、今後使うPythonパッケージがだいたい入ったものなので、こっちから行うのがたぶん良い。

ラボ内では今あんまり使っている人は少ない印象。

Anaconda

https://www.anaconda.com/products/individual からダウンロード

PyCharm

開発に使うエディタ。最初に習ったときにPyCharmを使ったので今でもそのまま使っているが、最近はVScodeを使っている人が多い気がする。まだ比べていないがそのうち試したい。

https://www.jetbrains.com/ja-jp/pycharm/download/#section=mac からダウンロード。M1 macOSなら.dmg(Apple Silicon)を選ぶ。

最初にProjectを作成する。Python Interpreterを選ぶところで、そのままにするとAnacondaが使われないので、Previously configured interpreterからConda Environmentに移り、/Users/username/opt/anaconda3/bin/pythonを選択する。これで使えるはず。

5. R

データ分析に使う。最近はPythonでだいたいやっているのであんまりRは使っていない。そもそも多少ならExcelでなんとかなるし…

Rのサイトから、日本のCRANを選んで（執筆時点ではThe Institute of Statistical Mathematics, TokyoとYamagata Universityがあって、前者を選んだ）PCにあったものをダウンロードする。 https://cran.r-project.org/mirrors.html

Linuxマシンのセットアップ

使用環境

  • GALLERIA XA7R-R47T
  • CPU: Ryzen 7 7700
  • GPU: GeForce RTX 4070Ti 12GB
  • メモリ: 16GB+64GB(増設)
  • SSD: 4TB(付替え)
  • HDD: 8TB(購入時カスタマイズ)

Ubuntuインストールとセットアップ手順

  1. UbuntuライブUSBの作成（参考）
  2. USBを差し込み、Ubuntuのセットアップ
  3. 再起動すると、Ubuntuが立ち上がらなかった。スタート時（GALLERIAロゴが表示されている間）にSHIFTキーを押し、Ubuntuをリカバリーモードで起動。
  4. 原因はNvidia Driverが正しくインストールされていない（参考と判断し、インストールし、再起動した。
  5. すると有線LANが認識されず、ドライバなどを入れようにもオフラインでは何もできない。どうしようもないので、もう一度ライブUSBからUbuntuを再インストールした。
  6. 原因はNICが認識されていない（参考ようだった。リカバリーモードで起動したところまでは認識しているので、Nvidia Driverのインストール前に先に有線LANのドライバを入れておく必要があるらしい。
  7. r8111/8468/8411はクセのあるEthernetアダプタらしいので、これの手順通りにr8168ドライバをインストール。
  8. 改めて4を行い、再起動した。これで有線LANも認識された。

nvidia driver関係のアップデート中に依存関係のエラーが出る

$sudo aptitude safe-upgrade

エラーが発生したら、個別に

$sudo apt remove nvidia-dkms-xxx

とかやって、その後に

$sudo apt autoremove

$sudo apt autoclean

とかで解消させる

アップデートの時は、いったん消す？

$sudo apt-get --purge remove nvidia-*

$sudo apt-get --purge remove cuda-*

推奨のドライバを検索

$ubuntu-drivers devices

$sudo apt install -y nvidia-driver-xxx

$sudo reboot