OpenMMを用いた分子動力学計算 - minami1009/bio GitHub Wiki
OpenMMについて
MD計算を行ってくれるソフトは多くあるが、GUIが整備されており、インストールも比較的容易に感じたため簡易的なシミュレーションとして使えそう
setup
OpenMM-setupはローカルで行う必要がある（ラボLinuxマシンで実行）
OpenMMをconda-forgeチャンネルからインストール
$ cd OpenMM
$ conda activate openmm
$ conda install -c conda-forge openmm=7.6 python=3.7 -y
$ openmm-setup
ここからOpenMM-setupをGUIで操作する（以下Webサイト参照）
主に参考にしたWebサイト
実行
ローカルで実行する場合
OpenMM-setupで作成したPythonプログラムを実行
$ python run_openmm_simulation.py