ex2

IGVに用意されていないゲノムを、リファレンスゲノムの構築からやってみよう。例としてアブラムシ共生細菌Buchnera aphidicola のゲノムリシーケンスの結果を可視化する。

課題

1. Buchnera aphidicola (Tokyo strain) のゲノムシーケンスとアノテーションをIGVにインポートする。
2. Buchnera aphidicolaのApL(札幌系統)とLSR(ニューヨーク州系統)のリシーケンスのマッピングデータをロードしてSNPを可視化する。
3. GC含量のplotをIGVで可視化する。

Data

(data.tar.gzをダウンロードして解凍しておいてくださいしてください）

(ファイルは,　data/Buc　の下　にある)

Reference genome

• buc.genome.fasta
• buc.gtf

NGS data

• illumina_ex_B2_Read_bowtie2.mate.sort.bam
• illumina_ex_B2_Read_bowtie2.mate.sort.bam.bai
• illumina_ex_B4_Read_bowtie2.mate.sort.bam
• illumina_ex_B4_Read_bowtie2.mate.sort.bam.bai

Pre-calculated genomic data

• buc_cg.wig -- %GC plot (50bp window)

Software

• IGV

IGVのインストール

ex1-igv で完了してるものとする。

BuchneraゲノムリファレンスをIGVへインポート

1. IGVを起動。

2. リファレンスゲノムのインポート：

Menu：Genomes > Create .genome File.

• Unique identifier: （任意）例：Buchnera
• Descriptive name: (任意）: Buchnera
• FASTA file: buc.genome.fasta のパスを指定。
• Gene file: buc.gtf のパスを指定

Gene track が表示されることを確認。適当にズームイン、ズームアウト、左右の移動など、操作に慣れる。

リシーケンスデータの可視化

Menu: File > Load from File ... で, illumina_ex_B2_Read_bowtie2.mate.sort.bam, illumina_ex_B4_Read_bowtie2.mate.sort.bam を読み込む

illumina read の表示を確認する。

数値データの可視化（wigフォーマット%GC plot）

buc_cg.wig　を軽量なフォーマットに変換する。

Menu: Tools -> Run igvtools

• Command = toTDF
• Input File = buc_cg.wig
• Output FIle = buc_cg.wig.tdf

buc_cg.wig.tdf を　IGV に読み込む

• Menu: File > Load from file

表示形式を整える。trackを右クリックしてメニューを表示

• Type of Graph -> Line Plot
• Windowing Function -> Set Data Range
  • min 0
  • mid 50
  • max 100

多型の可視化

リードのトラックは、defaultでは、多型箇所が色付きで表示される。

VCFファイルを読み込んで表示させてみよう。

• Files: bowtie2_B2_var.flt.vcf, bowtie2_B4_var.flt.vcf

Menu: Tools > Run igvtools

• Command = Index
• Input File = bowtie2_B*_var.flt.vcf

bowtie2_B*_var.flt.vcf.idx が生成される。

Menu: File > Load from File