servers - kugi-ocean/public GitHub Wiki

海洋物理学研究室のサーバーのメモです。すべて研究室内からのみアクセス可。

stokee

  • IPアドレス - 10.226.73.118

stolen

  • IPアドレス - 10.226.73.122
  • アカウント - kugiメールアドレスのユーザー名
  • サーバー - ConcurrentSystems TS2R1 https://www.concurrent.co.jp/products/intel/ts2.html
  • CPU - Xeon E5-1630 v3, 4コア
  • ディスク (自分のユーザー名でディレクトリを作成して使ってください)
    • /data01 (73TB) - メイン
    • /data02 (55TB) - バックアップ用。2026年中にフォーマットするかも。
  • アプリ - https://github.com/mokkei1978/mxe-docker/blob/master/base/Dockerfile に記載のものがインストール済み
    • gfortan - MRI.COM, netCDF, MPI の動作を確認
    • Docker
    • OpenPBS (下参照)
  • Python - 各自で venv の設定とライブラリのインストールが必要（pipはvenv上でしか動かないらしい）
python3 -m venv venv
. venv/bin/activate
pip install --upgrade pip
pip install numpy pandas matplotlib scipy f90nml numba cmocean ipython xarray cf-python "dask[complete]" docopt xgrads cartopy shapely
  • ファイル転送は Windows ならWinSCPなどを使う
  • ジョブスケジューラ - OpenPBS
    • 3MPI並列のジョブであれば、下のようなスクリプト submit.sh を作成し、qsub submit.sh で投げる
    • qstat - ジョブの実行状況
    • qdel - ジョブの削除
#!/bin/bash
#PBS -l select=1:ncpus=3:mpiprocs=3
set -e
cd ${PBS_O_WORKDIR}
mpirun ./ogcm
exit 0

RAID 管理者用メモ

RAIDはブラウザで管理ページ(URLは本体ディスプレイに表示)にアクセスして制御する。

  • アンフォーマット
    1. Delete Volume Set
    2. Delete Raid Set
    3. Restart Controler
  • RAIDの初期化
    1. Hot Spareの設定 (「Dedicated to Enclosure」)
    2. Create Raid Set (すべてのディスクにチェックを入れて)
    3. Create Volume Set (「Greater 2TB...」の項目を「64 bit LBA」にして)
    4. RAID Set Hierarchy でVolume StateがInitializingなのを確認する。作業は1日ほどかかる
    5. Restart Controler → サーバーの再起動？