Docker - k821209/pipelines GitHub Wiki

애들 jupyter server 열어주기

docker run --name [name] -it -p 0.0.0.0:8891:8888 -v /home/k821209/common/:/common/ -v /DATA2/:/data2/ basic_jupyter bash

도커 이미지 파일로 복사해서 옮기기

docker save -o example.tar docker-image-name:tag 
# 로 하시면 되고 import 하실때 
docker load -i example.tar 하시면 될겁니다.

Docker란,

1. Host OS (Image)에 Guest구획 (컨테이너) 을 제공함.
2. Guest구획의 활동은 Host OS에 영향을 미치지 않음.
3. Guest구획의 활동은 기록됨
4. Guest구획의 활동을 모아서 하나의 Image를 생성가능.

설치

$ wget -qO- https://get.docker.com/ | sh

저장 위치 바꾸기

> systemctl stop docker
> systemctl daemon-reload

# Add the following parameters to /lib/systemd/system/docker.service.
FROM:
ExecStart=/usr/bin/dockerd
TO:
ExecStart=/usr/bin/dockerd -g /home/docker -H fd://

# https://www.guguweb.com/2019/02/07/how-to-move-docker-data-directory-to-another-location-on-ubuntu/
> sudo rsync -aP /var/lib/docker/ /path/to/your/docker # 기존 도커들 옮기기 rsync는 비교를 통해 카피해줌 (중복은 카피안함)
> systemctl start docker

# 이방법은 구글 클라우드에서는 되었으나 개인서버에서는 왜인지 되지 않는다.
#Ubuntu/Debian: edit your /etc/default/docker file with the -g option: 
#DOCKER_OPTS="-dns 8.8.8.8 -dns 8.8.4.4 -g /mnt"

#$ service docker stop
#$ service docker start

명령

이유는 모르겠지만 맥에서는 sudo안해도 되고, 우분투 서버에서는 꼭 sudo를 붙여줘야됨.

$ docker search ubuntu # 우분투라는 이름을 가진 이미지를 검색함. 도커 서버에서 다운 받을 수 있음 
$ docker pull ubuntu:lastest # 기본 우분투 이미지의 최신 버전을 받아서 HostOS로 사용. 상당히 빠르다. 
$ docker images # 설치된 이미지 확인
$ docker-machine start default # 왜해야되는지는 모르겠다.
$ docker-machine ssh default # 왜해야되는지는 모르겠다.
$ docker run -i -t --name hello ubuntu /bin/bash # hello라는 이름의 컨테이너를 생성 
# /bin/bash를 실행하고, -i , -t (interactive, Pseudo-tty) 옵션을 주면 일반적인 커맨드 창을 열어줌.
# -d 옵션을 주면 백그라운드로 실행함
# ctrl + p + q 하면 빠져나옴
$ docker run -v /root/analysis/storage/ref:/ref -it 541cda031390 /bin/bash
# host의 /root/analysis/storage/ref 를 container 의 /ref 에 마운트 해서 541cda031390 이미지를 기본으로하는 컨테이너를 만드삼. 이때 이름을 지정안하면 알아서 아무 이름으로 해준다. 컨테이너에 마운트 된 /ref는 호스트에 영향을 미친다. 컨테이너에서 작업한거 그대로 호스트 드라이브에 반영됨

$ docker exec -t -i mycontainer /bin/bash 
# 돌고 있는 컨테이너에 새로 접속; ctrl + p + q 로 빠져나왔을때, docker attach 로 들어가면 돌고 있는 중간 화면만 나옴.

$ exit
# exit를 하면 컨테이너는 stop됨

$ docker start hello
# hello 컨테이너를 다시 실행 restart 하면 재부팅 stop하면 정지.

$ docker ps 
# docker 컨테이너 실행 현황 -a 옵션을 주면 정지된 애들까지 보여줌

$ docker attach hello # 실행된 컨테이너에 접속
# docker detach : ctrl + p + ctrl + q
$ docker rm hello # 컨테이너 제거
$ docker rmi ubuntu:latest # 이미지 삭제하기 

$ docker commit -m 'add blat,ssh' -a 'kangyangjae' c63f7434c68d k821209/trinity:0.1
# c63f7434c68d : container ID,  k821209/trinity:0.1 : 업뎃할 이미지 이름
$ docker push k821209/trinity
# 태그된 애들까지 다 올라가는듯. 

$ docker commit -a "Kang, Yang Jae <[email protected]>" -m "add log.txt" hello kangbase:0.1
#hello 라는 컨테이너를 호스트 이미지에 병합하여 새로운 이미지를 만든다. -a 는 기록자, -m은 로그파일

## 새로운 이미지를 도커 허브에 올리는 과정
$ docker login # 도커허브에 가입해야됨 일단.
Username: ***
Password: 
Email: [email protected]
WARNING: login credentials saved in /Users/kangyangjae/.dockercfg.
Login Succeeded

$ docker images
REPOSITORY          TAG                 IMAGE ID            CREATED             VIRTUAL SIZE
kangbase            0.1                 1ceaa0f0bfc7        22 minutes ago      1.644 GB
ubuntu              latest              fa81ed084842        5 days ago          188.3 MB

$ docker tag 1ceaa0f0bfc7 k821209/bioinfo:0.1
# 도커 이미지를 허브에 올릴 수 있게 repo 이름 지어주는 것. 좀 귀찮은 스텝인듯?

$ docker images
REPOSITORY          TAG                 IMAGE ID            CREATED             VIRTUAL SIZE
k821209/bioinfo     0.1                 1ceaa0f0bfc7        25 minutes ago      1.644 GB
kangbase            0.1                 1ceaa0f0bfc7        25 minutes ago      1.644 GB
ubuntu              latest              fa81ed084842        5 days ago          188.3 MB

$ docker push k821209/bioinfo:0.1

$ sudo docker pull k821209/bioinfo:0.1
0.1: Pulling from k821209/bioinfo
e118faab2e16: Pull complete 
7e2c5c55ef2c: Pull complete 
e04c66a223c4: Pull complete 
fa81ed084842: Pull complete 
1ceaa0f0bfc7: Already exists 
Digest: sha256:aedf5cbde894772968d068b29fada4923d96f76b1f3b8984ab2dc8ce96cb957a
Status: Downloaded newer image for k821209/bioinfo:0.1
$ sudo docker images
REPOSITORY          TAG                 IMAGE ID            CREATED             VIRTUAL SIZE
k821209/bioinfo     0.1                 1ceaa0f0bfc7        55 minutes ago      1.644 GB

docker cp

# cp from container to host
docker cp <containerId>:/file/path/within/container /host/path/target

docker window jbrowser server

# container 의 80 포트를 host의 0.0.0.0:7080으로 빼온다. 
# 윈도우는 vm을 쓰기 때문에 virtual box setting에서 network -> portforwarding에서 rule을 추가 
# 141.40.118.40 7080 <- 0.0.0.0 7080 
$ docker run -it -p 0.0.0.0:7080:80 --name Jbrowser_server -v /c/Users/User/Downloads/:/ref/ k821209/jbrowser:0.1 /bin/bash
# within container
$ /etc/init.d/apache2 restart