BEAST - k821209/pipelines GitHub Wiki

beagle path

/usr/local/lib64/ 에 비글라이브러리를 패스로 잡아줘야한다.

check

다음 명령을 통해 GPU가 잡혀야된다.

java -jar ../../programs/BEASTv1.8.2/lib/beast.jar -beagle_info

model selection

$ parallel -j 1 "java -jar /data2/k821209/programs/jmodeltest-2.1.5/jModelTest.jar -d {1} -g 4 -i -f -AIC -BIC -a -o {1}.jmodel" ::: Glyma.*.fasta

실행

$ java -jar ../../programs/BEASTv1.8.2/lib/beast.jar -beagle_GPU -beagle_order 1,2,3 bean_180.xml
$ java -jar ../../programs/BEASTv1.8.2/lib/beast.jar -beagle_GPU -beagle_order 1,2,3 -threads 5 -beagle_scaling always Soybean_select_ver2.xml # site가 많고 sample이 많을땐 저 옵션을 하나 더넣어주면 잘돔
$ /DATA1/KMH/iris_cp/programs/BEASTv1.10.4/bin/logcombiner -trees -burnin 0 ../beast/reannotated.trees.txt ./reannotated.trees.txt combined.trees
$ treeannotator -burnin 1000 -heights mean test.trees out.txt
# burnin 은 number of states 의 10퍼를 잡아주자. 예를 들면 50,000,000 mcmc를 했다면 500,000 burnin 하라 mcmc sampling이 모델에 saturation되기 까지는 시행이 많이 필요하므로.