Instalaciones - jovillarrealm/cnsg-scripts GitHub Wiki

Anotaciones iniciales

Aclaración PATH

En este documento, cuando se habla de agregar algo manuelmente al PATH, usualmente se refiere a agregar la linea a .bashrc porque .profile no parece hacer nada. toca mirar si hay conflictos con otros usuarios?

En todo caso, registrar algo manualmente involucra agregar la línea dada al .bashrc y luego correr (asumiendo que estamos en ~).

. .bashrc

Aclaración CentOS

Dado que CentOS alcanzó EOL, se usa esto para que yum siga funcionando.

Instalar fastANI con conda

Después de estrellar la cabeza contra los package managers de CentOS 7 despues de alcanzar EOL, a menos que quiera perder la sanidad moviendo versiones de libc y retrasar mucho el entorno, Si toca instalar conda, seguir https://conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/install/index.html y ya con eso activado, toca crear y activar un entorno con fastANI ()

conda create -n nombre_entorno -c conda-forge -c bioconda fastani
conda activate nombre_entorno
fastANI -h

Instalar Dashing2

Dashing2 viene precompilado para diferentes CPUs con diferentes extensiones. No toca sino descargar la versión adecuada para la CPU desde el github.

Uno sabe que es la versión adecuada si la CPU tiene las extensiones que aparecen descritas ahí en el github. Si uno no sabe las extensiones de la CPU, puede usar grep o algo para buscarlas desde lscpu.

lscpu | grep -EI 'sse2|avx|avx2|avx512F|avx512BW' 

Por ejemplo, el entorno de pruebas tiene las extensiones más viejas de sse2 y avx, por lo que la versión descargada de dashing2 termina en _savx.

export PATH="$PATH:$HOME/sof/dashing2"

Instalar tmux

Si estoy corriendo dos cosas a la vez, y son desde dos entornos de conda y quiero seguir haciendo cosas pero poder estar pendiente de las cosas que dejé corriendo y tampoco me quiero complicar tanto la vida y aaaaaaaaaaaaaaa.... Uso tmux, si voy a manejar tanta vaina.

sudo yum install tmux

y me dejan en paz.

Uno consigue un cheatsheet de tmux, como el de opensource, y empieza a abrir panes. osdc_cheatsheet-tmux-2021.6.25.pdf

CLIs de ncbi

Ya que hubo una actualización grande y ahora será necesario andar documentando esto también se usan los binarios descargados de los CLIs de la NCBI. Y se registran manualmente en el path.

export PATH="$PATH:$HOME/sof/datancbi"

Instalar Hypergen

Pues lo que digan aquí.

git clone https://github.com/wh-xu/Hyper-Gen.git
cd Hyper-Gen

# Without GPU acceleration for sketching
cargo install --path .

o

# With GPU acceleration for sketching
cargo install --features cuda-sketch --path .