Descarga de datasets - jovillarrealm/cnsg-scripts GitHub Wiki

Una vez datasets del NCBI esté instalado, vamos a descargar un chingo de cosas de diferentes formas.

descargar un solo genoma streptomyces, done

datasets download genome accession GCA_000009765.2

descargar todos los accessions en la tabla encontrada y hacer un renombramiento con cosas que me va a tocar volver a preguntar, de momento va que lee el archivo tsv desde la segunda linea, luego corta la primera columna y la retorna, y luego descarga de a once procesos

tail -n +2 /path/to/Strepto.tsv | cut -f 1 | tr -d ' ' | xargs -P 11 -I {} datasets download genome accession {} --filename ./path/to/data/{}.zip 

descargar todos lo que esté bajo streptomyces taxonomicamente