PO möten - genomizer/genomizer-documentation GitHub Wiki

2015-05-11

2015-05-08

Place: MC343 Time: 2015-05-08 13.15-14.20

Participants

  • Albin Råstander (DL)
  • Fredrik Uddgren (DL)
  • Niklas Fries (Web)
  • Mattias Scherer (App)
  • Johannes Ekman (BL)
  • Pascal Hansson (Web)
  • Oskar Ottander (Desktop)
  • Mikhail Glushenkov (Processing)

Completed user stories

User stories Annotations

New work flow

Hej!

Efter leverans idag kom det fram att Molbiol ville ha ett annat workflow vid process än vad som för närvarande körs.

Att använda bowtie och skapa sorterade samfiler fungerade idag på leverans vilket gjorde forskarna nöjda.

Bowtie som finns för närvarande skall vara kvar men sen skall ett externt program picard köras för att ta bort alla dubletter som existerar. Sen körs sortsam. Efter det skall en check efter crossrelationer göras mha pyicos. Detta finns mer utförligt beskrivet i bifogad fil.

Smooth, Step och Ratiocalculation som finns idag skall också finnas kvar men skall kunnas köras separat på de .wig-filer som skapats av rutinen.

För att klargöra också så krävs det bara en .fastq-fil för att köra bowtie. Det är enbart ratiocalculation som kräver två filer att jämföra.

Slutligen är det bara .wig-filerna som skall sparas i databasen och rawfilern (.fastq) skall kunnas hämtas från SRA eller matas in av användaren själv från något eget arkiv. Däremot skall användaren om denne vill kunna kryssa i att .sam-filerna som skapas på vägen skall sparas.

Gissar på att detta kommer bli mycket klarare efter mötet på måndag.

/Pascal

To implement during sprint 3

The following things either are present in the backlog or have come up during deliveries:

  • File conversion (SGR to WIG).
  • Only save profile files on server.
  • Change annotations and meta data.
  • File traceability.
  • Display file size in clients.

Definition of done

We have to discuss with the clients if they want to focus on stability or features and take that into account when we redefine Done.

Next PO meeting

The next meeting will be held Monday 11th may 10.15 in MC343.

2015-04-27

Completed user-stories

User stories Annotations

###User stories sprint 2 Previously working user stories

  • Annotations.
  • Meta data.
  • Single upload and download.
  • Raw to profile.
  • File traceability.

Not completed – high priority

  • IP block.
  • SSL.
  • File conversion.
  • Atomic upload.

Not completed – low priority

  • User roles.
  • Stable search result sorting.
  • Logs for each experiment.
  • Improve user feedback in clients.
  • Consistent design for all clients.

2015-04-22

Plan

Diskutera backlog Kostnad/värde för userstories i backlog Frågor och funderingar att be om utvecklande av

Anledning

Möte med beställarna måndag. Sprint 2 planning 27/04 8-10.

Närvarande

Alla gruppers produktansvarig utom Web. Dokumenterat av Oskar (c12oor), som vikarierar för Desktops ansvarige.

Möte

  • Kolla på deras skript för konvertering, och fråga vilken sida det ska köras på och så vidare.

  • Klargöra olika processbitar (release, liftover...). Se över vad som inte fungerar som det borde.

  • Fråga och förklara skript. Hur vill de kunna köra till exempel extract. Hur vill de att gui't ska fråga om indata.

  • Någon sorts plan för att ordna och planera user stories vid möte. Köra klient live och visa allt eftersom inom klienten vad de vill göra, och vad som ska hända.

  • Pusha för konkreta sprintmål, fråga efter DoD's för delmål (kanske testfall som ska fungera och liknande. Dela upp de stora user stories tillsammans med dem under mötet.

  • Fråga hur buggar/ickeproduktionsbitar planeras.

  • Saker ur backloggens implemented som inte var klara: (se https://trello.com/b/CCPSsq6l/backlog-check Trello Backlog by AB)

  • File traceability

  • Chain file

  • Processing

  • ( inte uppsatta vackup osv. )

  • Migrationsdokumentation (CentOS)

  • Add release/reference

  • Batch upload.

  • Kostnad/värde för userstories i backlog:

  • Svårt att avgöra, gissningar troligtvis lika bra.

  • Måste göras tillsammans med beställarna.

  • Frågor och funderingar att be om utvecklande av Allt eftersom olika mängder av stories väljs. Pusha för detaljer, samt uppdelning av de i nuläget omfattande beskrivningarna så att de blir sprintvänliga.

Beslut

Desktop-grupp tar med sig laptop för interaktiv diskution av stories.