[Shanoir uploader] Import en masse d'examens DICOM depuis un PACS à partir d'un fichier XLSX (Excel) - fli-iam/shanoir-ng GitHub Wiki

Import en masse depuis un PACS en utilisant un fichier XLSX (tableau Excel)

Il est possible de programmer l'import de plusieurs examens en une fois depuis un PACS en utilisant un fichier Excel proprement formaté. Cette fonctionnalité est disponible via le menu Import en masse -> Depuis PACS avec Excel

Vous pouvez alors choisir l'étude Shanoir sur laquelle vous souhaitez importer les données et cliquer sur le bouton "Ouvrir" pour sélectionner votre fichier Excel.

mass_import

Les uploads démarrent automatiquement et se lance l'un après l'autre dans l'onglet 2)Importer dans le serveur. Une fois que l'upload est au statut FINISHED les fichiers DICOM sont supprimés du repertoire /workfolder pour éviter d'occuper trop d'espace disque.

Votre fichier Excel doit respecter le format Shanoir détaillé ci dessous. Vous pouvez télecharger ce fichier .xlsx pour avoir un template à remplir.

Voici la liste des colonnes du template et leur signification:

  • DICOM_QUERY_LEVEL : les valeurs possibles sont "STUDY" ou "PATIENT" selon la requite DICOM souhaitée. Inscrivez "STUDY" si vous voulez requêter un examen DICOM via les colonnes DICOM_STUDY_DATE et/ou DICOM_MODALITY. Certains pacs n'acceptent pas le paramètre DICOM_MODALITY pour une requête avec DICOM_QUERY_LEVEL: PATIENT.
  • DICOM_PATIENT_NAME : le nom du patient tel qu'il apparait dans le pacs (peut varier -> moins fiable que l'IPP).
  • DICOM_PATIENT_ID : l'identifiant unique du patient que nous recherchons. Si l'IPP est rempli, DICOM_PATIENT_NAME n'est pas nécessaire.
  • DICOM_PATIENT_BIRTH_DATE : la date de naissance du patient telle qu'elle apparait dans le pacs.
  • DICOM_STUDY_DESCRIPTION : le nom de l'examen tel qu'il apparait dans le pacs.
  • DICOM_STUDY_DATE : la date de l'examen telle qu'elle apparaît dans le pacs. **Vérifiez que vos cellules du fichier excel soient bien formatées en "texte" et non "date" afin de conserver le pattern YYYYMMdd. Vous pouvez entrer une fenêtre temporelle au format {firstDate}-{lastDate} toujours en respectant le pattern YYYYMMdd pour chaque date.
  • DICOM_MODALITY : la modalité DICOM de l'étude que vous recherchez (e.g MR, CT, XA...).
  • FILTER_DICOM_STUDY_DESCRIPTION : Filtre à appliquer au niveau de l'examen DICOM. La liste peut être séparée par le caractère ";", et peut contenir "*" (wildcard) et/ou "!" (negation).
  • FILTER_DICOM_STUDY_MIN_DATE : date minimum à partir de laquelle l'examen dicom sera recherché. Peut être valorisée à 0 afin de tout sélectionner. Formats acceptés : yyyy, yyyy-MM-dd, yyyy-MM-dd-HH
  • FILTER_DICOM_SERIES_DESCRIPTION : Filtre à appliquer au niveau de la série DICOM. La liste peut être séparée par le caractère ";", et contenir "*" (wildcard) et/ou "!" (negation).
  • VERIFICATION_PATIENT_FIRSTNAME :
  • VERIFICATION_PATIENT_LASTNAME :
  • VERIFICATION_PATIENT_BIRTHNAME :
  • VERIFICATION_PATIENT_BIRTHDATE :
  • SHANOIR_STUDY_CARD_NAME : le nom de la study card Shanoir qui sera utilisée par défaut si une autre study card avec un équipement compatible n'est pas trouvée.
  • SHANOIR_SUBJECT_NAME : Le nom du sujet Shanoir qui sera crée. Il doit être unique, et il est pertinent d'y inclure le nom de l'étude.
  • SHANOIR_EXAM_COMMENT : le commentaire d'examen Shanoir, peut être vide.

Exemples de filtres

!Crane => Nous excluons uniquement "Crane"

!*Crane* => Nous excluons toutes les valeurs incluant "Crane"

*Crane;!*Injection* => Nous excluons toutes les valeurs qui se terminent par "Crane" et ne contiennent pas "Injection"

NB : non sensible à la casse

";" signifie ET

";;" signifie OU