godziny - filipsPL/CADD-PW GitHub Wiki

:three: :four:

24/25

  1. xxx
  2. intro :ok:
  3. bazy danych - sekwencje :ok:
  4. 23.10. bazy danych - ligandy :ok:
  5. 30.10. bazy danych - badania kliczne, izostery | formaty, parametry fiz chem
  6. 6.11 przewidywanie parametrów fiz chem 1
  7. 13.11 przewidywanie parametrów fiz chem 2, symulacje
  8. 20.11 xxx
  9. 27.11 sprawdzian fiz-chem
  10. KNIME
  11. KNIME
  12. x-ray, pymol
  13. x-ray, pymol
  14. x-ray, pymol

22/23

  1. intro
  2. ogólne + sekwencje bez blasta i alignmentu :three: :four:
  3. blast, alignment; małe molekuły :three: :four:
  4. małe molekuły :three: :four:
  5. małe molekuły 2 :three: :four:
  6. Formaty struktur, parametry fiz-chem :three: :four:
  7. przewidywanie parametrów fiz chem i symulacje :three: :four:
  8. sprawdzian fiz-chem :three: :four:
  9. KNIME - teoria, fingerprinty :three: | teoria, pierwsze węzły i programy :four:
  10. KNIME - pierwszy program :three: | cd :four:
  11. KNIME do końca :3: | resztka + początek projektu :4:
  12. x-ray, pymol
  13. pymol
  14. pymol

21/22

  1. Zdalne intro :three: :four:
  2. Zdalne ogólne + sekwencje :three: :four:
  3. Zdalne ligandy, bioizostery :three: :four:
  4. wstęp, parametry fiz-chem - wykład; formaty plików - wstęp; MarvinSketch - instalacja, podstawy rysowania :three: :four:
  5. przewidywanie parametrów fiz chem i symulacje :three: :four:
  6. sprawdzian marvin :three: :four:
  7. wstęp KNIME, KNIME 1 :three: :four:
  8. KNIME2 - do fingerprintów :three: :four: (:three: - co to są fingerprinty)
  9. KNIME3 (przeszukiwania, raporty) :four:
  10. początek projektu
  11. KNIME4 - koniec projektu
  12. baza danych PDB, pymol
  13. pymol
  14. test pymol
  15. dokowanie i ADMET

20/21

  1. Zdalne :three: :four:
  2. Zdalne :three: :four:
  3. Zdalne :three: :four:
  4. PyMOL :three: :four:
  5. test PyMOL :three: :four:
  6. KNIME1 - intro :three: :four:
  7. KNIME2 - :three:
  8. 13-14 stycznia zdalne: pdb, fiz-chem
  9. KNIME3 - projekt
  10. koniec projektu. marvin
  11. marvin, koniec

2019/20

  1. Wstęp :three: :four:
  2. Bazy danych - sekwencje itp. :three: :four:
  3. Bazy danych - małe cząsteczki - wstęp: zinc, pubchem, emolecules; chembldb, bioizostery - wstęp; :three: :four:
  4. bioizostery - ćwiczenia - itp., inne bazy danych | ćwiczenia małe molekuły :three: :four:
  5. wstęp, parametry fiz-chem - wykład; formaty plików - wstęp; MarvinSketch - instalacja, podstawy rysowania :three: :four:
  6. przewidywanie parametrów fiz chem i symulacje :three: :four:
  7. sprawdzian marvin :three: :four:
  8. wstęp KNIME, KNIME 1 :three: :four:
  9. KNIME2 :three: :four:
  10. KNIME3 (przeszukiwania, Machine learning, raporty) :three: :four:
  11. początek projektu (przed świętami) :three: :four:
  12. KNIME4 - koniec projektu (po świętach) (50 min); krystalizacja :three: :four:
  13. baza danych PDB, pymol :three: :four: (4: kolory, tło)
  14. pymol; test pymol?
  15. test pymol

p 0625, w 0742, z 0830, s 130A

2018/19

  1. Wstęp :ok:
  2. Bazy danych - sekwencje itp. :ok:
  3. Bazy danych - małe cząsteczki - wstęp: zinc, pubchem, emolecules; chembldb, bioizostery - wstęp; :ok:
  4. bioizostery - ćwiczenia - itp., inne bazy danych | ćwiczenia małe molekuły 24.X :ok:
  5. wstęp, parametry fiz-chem - wykład; formaty plików - wstęp; MarvinSketch - instalacja, podstawy rysowania i 31.X :ok:
  6. przewidywanie parametrów fiz chem i symulacje 7 XI:ok: (grupa czwartkowa jeszcze nie miała)
  7. sprawdzian marvin 14.XI :ok: :ok:
  8. wstęp KNIME, KNIME 1 :ok: :ok:
  9. KNIME2 :ok: :ok:
  10. KNIME3 (przeszukiwania, Machine learning, raporty) :ok:
  11. początek projektu
  12. KNIME4 - koniec projektu [przed świętami] - środa :ok: czwartek :x:
  13. po świętach: koniec projektu knime | krystalizacja, pdb baza danych PDB, pymol
  14. pymol | test pymol
  15. test pymol

p 0645, w 0753, z 0830, s 130A

2017/18

  1. Wstęp
  2. Bazy danych - sekwencje
  3. Bazy danych - sekwencje - cd (5 min) + ćwiczenia (20 min); małe cząsteczki - wstęp: zinc, pubchem, emolecules;
  4. aktywności cząsteczek - chembldb, bioizostery - wstęp
  5. swiss bioisosters, metabolity; ćwiczenia małe molekuły. ([x] czwartek, środa x2)
  6. wstęp, parametry fiz-chem - wykład; formaty plików - wstęp; MarvinSketch - instalacja, podstawy i ćwiczenia
  7. cd ćwiczeń marvina, instalacja/konfiguracja KNIME
  8. ... test Marvin
  9. wstęp KNIME, KNIME 1
  10. KNIME2
  11. KNIME3 (przeszukiwania, Machine learning), początek projektu
  12. KNIME4 - koniec projektu? | krystalizacja, pdb [przed świętami]
  13. baza danych PDB, pymol
  14. --
  15. test pymol

p 0645, w 0753, z 0830, s 130A

:hammer_and_wrench: poprawić:

  • mniej baz danych! więcej pymola i knime!
  • może: bazy danych, marvin, PYMOL, knime?
  • na pierwszej prezentacji - może film youtube o lekach - jak działają, target, ligand, efekty uboczne, co innego jest ważne w lekach?
  • :warning: przeczytać!!!

2016/17

Tego się trzymamy. Mniej baz danych!

  1. Wstęp i wstęp do baz danych :ok:
  2. sekwencje - wstęp, baza uniprot - szczegóły, inne bazy sekwencji; ćwiczenia - początek :ok:
  3. ćwiczenia koniec (15-20'); bazy danych małych cząsteczek: struktury (zinc...), chembldb - wstęp/całość ew inne bazy aktywności :ok:
  4. cd baz danych. Start ćwiczeń (15') :ok:
  5. cd ćwiczeń (ok 1h); małe molekuły - wstęp, parametry fiz-chem - wykład :ok:
  6. formaty plików - wstęp; MarvinSketch - podstawy i ćwiczenia :ok:
  7. ćwiczenia cd + instalacja KNIME | brak zajęć (10 i 12) :ok:
  8. podstawy KNIME | cd ćwiczeń zal. (10 i 12), KNIME wstęp :ok:
  9. KNIME cd. :ok:
  10. KNIME cd. :ok:
  11. ćwiczenia KNIME - sprawdzian :ok:
  12. struktury 3D - wykład, baza pdb, molprobity, hotspotwizard :ok:
  13. pocket finding, druggability, pymol
  14. pymol 2
  15. dokowanie, zakończenie