Instalacja w domu - filipsPL/CADD-PW GitHub Wiki

Instalacja KNIME na prywatnym komputerze

  1. Pobieramy właściwą wersję na stronie: https://www.knime.com/downloads/download-knime (dla windows - installer)
  2. Instalujemy (tu nie powinno być problemu)
  3. Uruchamiamy; na wszystkie ewentualne pytania odpowiadamy domyślnie
  4. Instalujemy rozszerzenia niezbędne do zajęć - klikamy w File->Install Knime extensions

dodatki

Zaznaczamy:

  • KNIME Base Chemistry Types & Nodes
  • Marvin Chemistry Extensions (donated by Infocom & Chemaxon)
  • KNIME Community Extensions - Cheminformatics
  • :warning: UWAGA: proszę uważać, żeby nie zaznaczyć tych elementów z dopiskiem "sources"

instalacja

  1. Klikamy dalej, instalujemy. Jeśli knime chce się uruchomić ponownie, to go uruchamiamy.
  2. Sprawdzamy, czy wszystko zostało zainstalowane. W lewym dolnym rogu, w okienku "Node repository", wpisujemy rdkit. Powinny pojawić się odpowiednie węzły, jak na obrazku:

nodes

Analogicznie sprawdźmy, czy jest węzeł "sdf reader" (poniżej, ostatni na liście):

sdf

i czy jest węzeł "MarvinSketch" (poniżej, ostatni na liście):

sdf

Jeśli wszystko jest i działa, to komputer jest gotowy do zajęć :+1:

  1. Pobieramy plik https://github.com/filipsPL/CADD-PW/raw/master/csv/JAK2-clean.csv i zapisujemy na dysku.