Bazy_danych_ćwiczenia - filipsPL/CADD-PW GitHub Wiki

Bazy danych - ćwiczenia

Cele terapeutyczne, choroby

  1. Znaleźć:
  • cele cele terapeutyczne związane z chorobą Alzheimera (Alzheimers disease)
  • z jakimi chorobami związane jest białko PDE5A

Sekwencje

  1. Przewidzieć, jakie może mieć funkcje i domeny białko o sekwencji:
>sp|X|Unknown Protein OS=Homo sapiens GN=SLC5A2 PE=1 SV=1
MEEHTEAGSAPEMGAQKALIDNPADILVIAAYFLLVIGVGLWSMCRTNRGTVGGYFLAGR
SMVWWPVGASLFASNIGSGHFVGLAGTGAASGLAVAGFEWNALFVVLLLGWLFAPVYLTA
GVITMPQYLRKRFGGRRIRLYLSVLSLFLYIFTKISVDMFSGAVFIQQALGWNIYASVIA
LLGITMIYTVTGGLAALMYTDTVQTFVILGGACILMGYAFHEVGGYSGLFDKYLGAATSL
TVSEDPAVGNISSFCYRPRPDSYHLLRHPVTGDLPWPALLLGLTIVSGWYWCSDQVIVQR
CLAGKSLTHIKAGCILCGYLKLTPMFLMVMPGMISRILYPDEVACVVPEVCRRVCGTEVG
CSNIAYPRLVVKLMPNGLRGLMLAVMLAALMSSLASIFNSSSTLFTMDIYTRLRPRAGDR
ELLLVGRLWVVFIVVVSVAWLPVVQAAQGGQLFDYIQAVSSYLAPPVSAVFVLALFVPRV
NEQGAFWGLIGGLLMGLARLIPEFSFGSGSCVQPSACPAFLCGVHYLYFAIVLFFCSGLL
NDEVYLNLVLEYVPDTVYRVSRHYSMSKQPVPNIFVKLYIYQLCRSINYIHSLGICHRDI
KPQNLLLDTSTSTLKLCDFGSAKILIKGETNVSYICSRHYRAPELIFGSTNYTTTIDVWS
LGCVLAELLLGQPLFPGENGIDQLVEIIKVLGTPTKEQIHAMNPYYTSFKFPEIKANPWP
RVFKAKDVPAESIDLISKILLYDPSSRLKPVEICAHPFFDELRDPKTCLPDGKPLPPLFN
FTIAEQTSIGPKLAKTLIPSHAMNQIELPSPLFPNLAISSSNQSSSSNSNANVSSNLNSH
  1. Znaleźć sekwencję poliproteiny wirusa Dengi (Genome polyprotein, Dengue virus type 2) (np: strain Thailand/16681/1984 lub jakikolwiek inny)
  2. Znaleźć zakres aminokwasów odpowiadający domenie "RdRp catalytic domain"
  3. Znaleźć w bazie białka posiadające domenę "RdRp catalytic domain"
  4. Wyszukać sekwencje białek podobne do sekwencji "RdRp catalytic domain" (ok 150 aminokwasów) ( :bulb: BLAST)
  5. Porównać sekwencję poliproteiny wirusa Dengi (znalezioną w pkt. 1) oraz poliproteiny wirusa Zika. Jak bardzo różnią się te sekwencje? (:bulb: np Clustal Omega itp)