Navigating the SMRT Pipe Job Directory - dyim42/SMRT-Analysis GitHub Wiki
Below are examples of SMRT Pipe job output directories for analysis protocols in SMRT Analysis v2.2.0
- RS_BridgeMapper.1
- RS_HGAP_Assembly.2
- RS_HGAP_Assembly.3
- RS_IsoSeq.1
- RS_Long_Amplicon_Analysis.1
- RS_Minor_Variant.1
- RS_Modification_and_Motif_Analysis.1
- RS_Modification_Detection.1
- RS_ReadsOfInsert.1
- RS_Resequencing.1
- RS_Subreads.1
###RS_BridgeMapper.1###
├── data
│ ├── filtered_regions
│ │ ├── m130828_012641_42161_c100529060070000001823089211101390_s1_p0.1.rgn.h5
│ │ ├── m130828_012641_42161_c100529060070000001823089211101390_s1_p0.2.rgn.h5
│ │ └── m130828_012641_42161_c100529060070000001823089211101390_s1_p0.3.rgn.h5
│ ├── pbbridgemapper_regions
│ │ ├── m130828_012641_42161_c100529060070000001823089211101390_s1_p0.1.rgn.h5
│ │ ├── m130828_012641_42161_c100529060070000001823089211101390_s1_p0.2.rgn.h5
│ │ └── m130828_012641_42161_c100529060070000001823089211101390_s1_p0.3.rgn.h5
│ ├── aligned_reads.bam
│ ├── aligned_reads.bam.bai
│ ├── aligned_reads.cmp.h5
│ ├── aligned_reads.sam
│ ├── alignment_summary.gff
│ ├── chemistry_mapping.xml
│ ├── consensus.fasta
│ ├── consensus.fastq.gz
│ ├── contig_ids.txt
│ ├── coverage.bed
│ ├── data.items.json
│ ├── data.items.pickle
│ ├── filtered_regions.fofn
│ ├── filtered_subreads.fasta
│ ├── filtered_subreads.fastq
│ ├── filtered_subread_summary.csv
│ ├── filtered_summary.csv
│ ├── input.chunk001of001.pbbridgemapper.cmp.h5
│ ├── input.chunk001of001.pbbridgemapper_regions.fofn
│ ├── slots.pickle
│ ├── split_reads.bridgemapper.gz
│ ├── unmappedSubreads.fasta
│ ├── variants.bed
│ ├── variants.gff.gz
│ └── variants.vcf
├── log
│ ├── P_BridgeMapper
│ │ ├── runBridgeMapper_001of001.log
│ │ ├── runBridgeMapper.input_fofn.Scatter.log
│ │ └── runBridgeMapper.split_reads_gz.Gather.log
│ ├── P_ConsensusReports
│ │ ├── topVariantsReport.log
│ │ └── variantsJsonReport.log
│ ├── P_Fetch
│ │ ├── adapterRpt.log
│ │ ├── getChemistry.log
│ │ ├── overviewRpt.log
│ │ └── toFofn.log
│ ├── P_Filter
│ │ ├── filter_001of001.log
│ │ ├── filter.rgnFofn.Gather.log
│ │ ├── filter.summary.Gather.log
│ │ ├── subreads_001of001.log
│ │ ├── subreads.subreadFastq.Gather.log
│ │ ├── subreads.subreads.Gather.log
│ │ └── subreadSummary.log
│ ├── P_FilterReports
│ │ ├── loadingRpt.log
│ │ ├── statsRpt.log
│ │ └── subreadRpt.log
│ ├── P_GenomicConsensus
│ │ ├── callVariantsWithConsensus_001of001.log
│ │ ├── callVariantsWithConsensus.consensusFasta.Gather.log
│ │ ├── callVariantsWithConsensus.consensusFastq.Gather.log
│ │ ├── callVariantsWithConsensus.contig_list.Scatter.log
│ │ ├── callVariantsWithConsensus.variantsGff.Gather.log
│ │ ├── enrichAlnSummary.log
│ │ ├── makeBed.log
│ │ ├── makeVcf.log
│ │ ├── writeContigList.log
│ │ └── zipVariants.log
│ ├── P_Mapping
│ │ ├── align_001of001.log
│ │ ├── align.cmpH5.Gather.log
│ │ ├── covGFF.log
│ │ ├── gff2Bed.log
│ │ ├── loadChemistry.log
│ │ ├── repack.log
│ │ ├── samBam.log
│ │ ├── sort.log
│ │ └── unmapped.log
│ ├── P_MappingReports
│ │ ├── coverageJsonReport.log
│ │ └── statsJsonReport.log
│ ├── master.log
│ └── smrtpipe.log
├── movie_metadata
│ └── m130828_012641_42161_c100529060070000001823089211101390_s1_p0.metadata.xml
├── results
│ ├── adapter_observed_insert_length_distribution.png
│ ├── adapter_observed_insert_length_distribution_thumb.png
│ ├── coverage_histogram.png
│ ├── coverage_histogram_thumb.png
│ ├── coverage_plot_74636eac7dd3a4cfc5b6dce677345e97.png
│ ├── coverage_plot_74636eac7dd3a4cfc5b6dce677345e97_thumb.png
│ ├── filtered_subread_report.png
│ ├── filtered_subread_report_thmb.png
│ ├── filter_reports_adapters.html
│ ├── filter_reports_adapters.json
│ ├── filter_reports_filter_stats.html
│ ├── filter_reports_filter_stats.json
│ ├── filter_reports_filter_subread_stats.html
│ ├── filter_reports_filter_subread_stats.json
│ ├── filter_reports_loading.html
│ ├── filter_reports_loading.json
│ ├── mapped_readlength_histogram.png
│ ├── mapped_readlength_histogram_thumb.png
│ ├── mapped_subread_accuracy_histogram.png
│ ├── mapped_subread_accuracy_histogram_thumb.png
│ ├── mapped_subreadlength_histogram.png
│ ├── mapped_subreadlength_histogram_thumb.png
│ ├── mapping_coverage_report.html
│ ├── mapping_coverage_report.json
│ ├── mapping_stats_report.html
│ ├── mapping_stats_report.json
│ ├── overview.html
│ ├── overview.json
│ ├── post_filter_readlength_histogram.png
│ ├── post_filter_readlength_histogram_thumb.png
│ ├── post_filterread_score_histogram.png
│ ├── post_filterread_score_histogram_thumb.png
│ ├── pre_filter_readlength_histogram.png
│ ├── pre_filter_readlength_histogram_thumb.png
│ ├── pre_filterread_score_histogram.png
│ ├── pre_filterread_score_histogram_thumb.png
│ ├── top_variants_report.html
│ ├── top_variants_report.json
│ ├── variants_plot_74636eac7dd3a4cfc5b6dce677345e97.png
│ ├── variants_plot_74636eac7dd3a4cfc5b6dce677345e97_thumb.png
│ ├── variants_plot_legend.png
│ ├── variants_report.html
│ └── variants_report.json
├── workflow
│ ├── P_BridgeMapper
│ │ ├── runBridgeMapper_001of001.sh
│ │ ├── runBridgeMapper.input_fofn.Scatter.sh
│ │ └── runBridgeMapper.split_reads_gz.Gather.sh
│ ├── P_ConsensusReports
│ │ ├── topVariantsReport.sh
│ │ └── variantsJsonReport.sh
│ ├── P_Fetch
│ │ ├── adapterRpt.sh
│ │ ├── getChemistry.sh
│ │ ├── overviewRpt.sh
│ │ └── toFofn.sh
│ ├── P_Filter
│ │ ├── filter_001of001.sh
│ │ ├── filter.rgnFofn.Gather.sh
│ │ ├── filter.summary.Gather.sh
│ │ ├── subreads_001of001.sh
│ │ ├── subreads.subreadFastq.Gather.sh
│ │ ├── subreads.subreads.Gather.sh
│ │ └── subreadSummary.sh
│ ├── P_FilterReports
│ │ ├── loadingRpt.sh
│ │ ├── statsRpt.sh
│ │ └── subreadRpt.sh
│ ├── P_GenomicConsensus
│ │ ├── callVariantsWithConsensus_001of001.sh
│ │ ├── callVariantsWithConsensus.consensusFasta.Gather.sh
│ │ ├── callVariantsWithConsensus.consensusFastq.Gather.sh
│ │ ├── callVariantsWithConsensus.contig_list.Scatter.sh
│ │ ├── callVariantsWithConsensus.variantsGff.Gather.sh
│ │ ├── enrichAlnSummary.sh
│ │ ├── makeBed.sh
│ │ ├── makeVcf.sh
│ │ ├── writeContigList.sh
│ │ └── zipVariants.sh
│ ├── P_Mapping
│ │ ├── align_001of001.sh
│ │ ├── align.cmpH5.Gather.sh
│ │ ├── covGFF.sh
│ │ ├── gff2Bed.sh
│ │ ├── loadChemistry.sh
│ │ ├── repack.sh
│ │ ├── samBam.sh
│ │ ├── sort.sh
│ │ └── unmapped.sh
│ ├── P_MappingReports
│ │ ├── coverageJsonReport.sh
│ │ └── statsJsonReport.sh
│ ├── PostWorkflow.details.dot
│ ├── PostWorkflow.details.html
│ ├── PostWorkflow.details.svg
│ ├── PostWorkflow.profile.html
│ ├── PostWorkflow.rdf
│ ├── PostWorkflow.summary.dot
│ ├── PostWorkflow.summary.html
│ ├── PostWorkflow.summary.svg
│ ├── Workflow.details.dot
│ ├── Workflow.details.html
│ ├── Workflow.details.svg
│ ├── Workflow.profile.html
│ ├── Workflow.rdf
│ ├── Workflow.summary.dot
│ ├── Workflow.summary.html
│ └── Workflow.summary.svg
├── index.html
├── input.fofn
├── input.xml
├── job.sh
├── metadata.rdf
├── settings.xml
├── smrtpipe.stderr
├── smrtpipe.stdout
├── toc.xml
└── vis.jnlp
###RS_HGAP_Assembly.2###
├── data
│ ├── 0-mercounts
│ │ ├── celera-assembler-C-ms14-cm0.estMerThresh.err
│ │ ├── celera-assembler-C-ms14-cm0.estMerThresh.out
│ │ ├── celera-assembler-C-ms14-cm0.mcdat
│ │ ├── celera-assembler-C-ms14-cm0.mcidx
│ │ ├── celera-assembler.nmers.obt.fasta
│ │ └── celera-assembler.nmers.ovl.fasta
│ ├── 0-mertrim
│ │ └── mertrim.success
│ ├── 0-overlaptrim
│ │ ├── celera-assembler.obtStore
│ │ │ ├── 0001
│ │ │ ├── idx
│ │ │ └── ovs
│ │ ├── celera-assembler.chimera.err
│ │ ├── celera-assembler.chimera.log
│ │ ├── celera-assembler.chimera.summary
│ │ ├── celera-assembler.finalTrim.err
│ │ ├── celera-assembler.finalTrim.log
│ │ ├── celera-assembler.finalTrim.summary
│ │ ├── celera-assembler.initialTrim.err
│ │ ├── celera-assembler.initialTrim.log
│ │ ├── celera-assembler.initialTrim.summary
│ │ ├── celera-assembler.obtStore.err
│ │ ├── celera-assembler.obtStore.list
│ │ └── overlaptrim.success
│ ├── 0-overlaptrim-overlap
│ │ ├── 001
│ │ ├── 000001.out
│ │ ├── overlap_partition.err
│ │ ├── overlap.sh
│ │ ├── ovlbat
│ │ ├── ovljob
│ │ └── ovlopt
│ ├── 1-overlapper
│ │ ├── 001
│ │ ├── 000001.out
│ │ ├── overlap_partition.err
│ │ ├── overlap.sh
│ │ ├── ovlbat
│ │ ├── ovljob
│ │ └── ovlopt
│ ├── 3-overlapcorrection
│ │ ├── 0001.erate
│ │ ├── 0001.err
│ │ ├── 0001.frgcorr
│ │ ├── cat-corrects.err
│ │ ├── cat-corrects.frgcorrlist
│ │ ├── cat-erates.eratelist
│ │ ├── cat-erates.err
│ │ ├── celera-assembler.erates
│ │ ├── celera-assembler.erates.updated
│ │ ├── celera-assembler.frgcorr
│ │ ├── frgcorr.sh
│ │ ├── overlapStore-update-erates.err
│ │ └── ovlcorr.sh
│ ├── 4-unitigger
│ │ ├── best.contains
│ │ ├── best.edges
│ │ ├── best.singletons
│ │ ├── celera-assembler.002.bestOverlapGraph.thr000.num000.log
│ │ ├── celera-assembler.005.buildUnitigs.thr000.num000.log
│ │ ├── celera-assembler.006.placeContains.thr000.num000.log
│ │ ├── celera-assembler.007.placeZombies.thr000.num000.log
│ │ ├── celera-assembler.009.popBubbles.thr000.num000.log
│ │ ├── celera-assembler.010.mergeSplitJoin.thr000.num000.log
│ │ ├── celera-assembler.011.cleanup.thr000.num000.log
│ │ ├── celera-assembler.013.output.thr000.num000.log
│ │ ├── celera-assembler.fragmentInfo
│ │ ├── celera-assembler.iidmap
│ │ ├── celera-assembler.partitioning
│ │ ├── celera-assembler.partitioningInfo
│ │ ├── celera-assembler.unused.ovl
│ │ ├── unitigger.err
│ │ └── unitigger.success
│ ├── 5-consensus
│ │ ├── celera-assembler_001.cns.err
│ │ ├── celera-assembler_001.fix.err
│ │ ├── celera-assembler_001.fixes
│ │ ├── celera-assembler_001.success
│ │ ├── celera-assembler.fixes
│ │ ├── celera-assembler.fixes.err
│ │ ├── celera-assembler.partitioned
│ │ ├── celera-assembler.partitioned.err
│ │ ├── consensus.sh
│ │ └── consensus.success
│ ├── 5-consensus-coverage-stat
│ │ ├── celera-assembler.cga.0
│ │ ├── celera-assembler.log
│ │ ├── celera-assembler.stats
│ │ └── computeCoverageStat.err
│ ├── 5-consensus-insert-sizes
│ │ ├── celera-assembler.tigStore.distupdate
│ │ ├── celera-assembler.tigStore.gp
│ │ ├── estimates.out
│ │ └── updates.err
│ ├── 5-consensus-split
│ │ ├── consensus-fix.out
│ │ └── splitUnitigs.out
│ ├── 6-clonesize
│ │ ├── celera-assembler.tigStore
│ │ │ ├── seqDB.v001.ctg -> ../../celera-assembler.tigStore/seqDB.v001.ctg
│ │ │ ├── seqDB.v001.p001.dat -> ../../celera-assembler.tigStore/seqDB.v001.p001.dat
│ │ │ ├── seqDB.v001.p001.utg -> ../../celera-assembler.tigStore/seqDB.v001.p001.utg
│ │ │ ├── seqDB.v001.utg -> ../../celera-assembler.tigStore/seqDB.v001.utg
│ │ │ ├── seqDB.v002.p001.dat -> ../../celera-assembler.tigStore/seqDB.v002.p001.dat
│ │ │ ├── seqDB.v002.p001.utg -> ../../celera-assembler.tigStore/seqDB.v002.p001.utg
│ │ │ ├── seqDB.v003.ctg -> ../../celera-assembler.tigStore/seqDB.v003.ctg
│ │ │ ├── seqDB.v003.dat -> ../../celera-assembler.tigStore/seqDB.v003.dat
│ │ │ ├── seqDB.v003.utg -> ../../celera-assembler.tigStore/seqDB.v003.utg
│ │ │ ├── seqDB.v004.ctg -> ../../celera-assembler.tigStore/seqDB.v004.ctg
│ │ │ ├── seqDB.v004.utg -> ../../celera-assembler.tigStore/seqDB.v004.utg
│ │ │ ├── seqDB.v005.ctg -> ../../celera-assembler.tigStore/seqDB.v005.ctg
│ │ │ ├── seqDB.v005.utg -> ../../celera-assembler.tigStore/seqDB.v005.utg
│ │ │ ├── seqDB.v006.ctg
│ │ │ ├── seqDB.v006.dat
│ │ │ ├── seqDB.v006.utg
│ │ │ ├── seqDB.v007.ctg
│ │ │ ├── seqDB.v007.utg
│ │ │ ├── seqDB.v008.ctg
│ │ │ ├── seqDB.v008.utg
│ │ │ ├── seqDB.v009.ctg
│ │ │ ├── seqDB.v009.utg
│ │ │ ├── seqDB.v010.ctg
│ │ │ ├── seqDB.v010.utg
│ │ │ ├── seqDB.v011.ctg
│ │ │ ├── seqDB.v011.utg
│ │ │ ├── seqDB.v012.ctg
│ │ │ ├── seqDB.v012.utg
│ │ │ ├── seqDB.v013.ctg
│ │ │ ├── seqDB.v013.utg
│ │ │ ├── seqDB.v014.ctg
│ │ │ └── seqDB.v014.utg
│ │ ├── rezlog
│ │ │ ├── crocks.i01.log
│ │ │ ├── rez.i01.log
│ │ │ ├── rez.i02.log
│ │ │ ├── stone.i01.log
│ │ │ └── stone.i02.log
│ │ ├── stat
│ │ │ ├── CIfinal0.linkstd_all.cgm
│ │ │ ├── CIfinal0.linkstd_no_overlap.cgm
│ │ │ ├── CIfinal0.linkstd_w_overlap.cgm
│ │ │ ├── CIfinal0.mates_per_link.cgm
│ │ │ ├── CIGraph_U.nodeendoutdegree.cgm
│ │ │ ├── CIGraph_U.nodeoutdegree.cgm
│ │ │ ├── Contigfinal0.linkstd_all.cgm
│ │ │ ├── Contigfinal0.linkstd_no_overlap.cgm
│ │ │ ├── Contigfinal0.linkstd_w_overlap.cgm
│ │ │ ├── Contigfinal0.mates_per_link.cgm
│ │ │ ├── contig_final.distupdate
│ │ │ ├── final0.PlacedContig.nodeendoutdegree.cgm
│ │ │ ├── final0.PlacedContig.nodelength.cgm
│ │ │ ├── final0.PlacedContig.nodeoutdegree.cgm
│ │ │ ├── final0.PlacedContig.unitigs.cgm
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.contigs.cgm
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.intra_scaffold_gap_means.cgm
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.intra_scaffold_gap_stds.cgm
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.links_per_edge_w_bac.cgm
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.links_per_edge_wo_bac.cgm
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.Nature.txt
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.nodeendoutdegree.cgm
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.nodelength.cgm
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.nodeoutdegree.cgm
│ │ │ ├── final0.SingleScaffolds.nodelength.cgm
│ │ │ ├── final.surrogates_Created.cgm
│ │ │ ├── final.surrogates_fragsPer.cgm
│ │ │ ├── final.surrogates_per_repeatCI.cgm
│ │ │ ├── final.surrogates_ratio.cgm
│ │ │ ├── final.surrogates_size.cgm
│ │ │ ├── scaffold_final.distupdate
│ │ │ └── unitig_initial.distupdate
│ │ ├── celera-assembler.ckp.13
│ │ ├── celera-assembler.distupdate
│ │ ├── celera-assembler.distupdate.err
│ │ ├── celera-assembler.distupdate.success
│ │ ├── celera-assembler.timing
│ │ ├── cgw.out
│ │ └── cgw.success
│ ├── 7-0-CGW
│ │ ├── rezlog
│ │ │ ├── crocks.i01.log
│ │ │ ├── rez.i01.log
│ │ │ └── rez.i02.log
│ │ ├── stat
│ │ │ ├── CIfinal0.linkstd_all.cgm
│ │ │ ├── CIfinal0.linkstd_no_overlap.cgm
│ │ │ ├── CIfinal0.linkstd_w_overlap.cgm
│ │ │ ├── CIfinal0.mates_per_link.cgm
│ │ │ ├── CIGraph_U.nodeendoutdegree.cgm
│ │ │ ├── CIGraph_U.nodeoutdegree.cgm
│ │ │ ├── Contigfinal0.linkstd_all.cgm
│ │ │ ├── Contigfinal0.linkstd_no_overlap.cgm
│ │ │ ├── Contigfinal0.linkstd_w_overlap.cgm
│ │ │ ├── Contigfinal0.mates_per_link.cgm
│ │ │ ├── contig_final.distupdate
│ │ │ ├── final0.PlacedContig.nodeendoutdegree.cgm
│ │ │ ├── final0.PlacedContig.nodelength.cgm
│ │ │ ├── final0.PlacedContig.nodeoutdegree.cgm
│ │ │ ├── final0.PlacedContig.unitigs.cgm
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.contigs.cgm
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.intra_scaffold_gap_means.cgm
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.intra_scaffold_gap_stds.cgm
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.links_per_edge_w_bac.cgm
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.links_per_edge_wo_bac.cgm
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.Nature.txt
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.nodeendoutdegree.cgm
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.nodelength.cgm
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.nodeoutdegree.cgm
│ │ │ ├── final0.SingleScaffolds.nodelength.cgm
│ │ │ ├── final.surrogates_Created.cgm
│ │ │ ├── final.surrogates_fragsPer.cgm
│ │ │ ├── final.surrogates_per_repeatCI.cgm
│ │ │ ├── final.surrogates_ratio.cgm
│ │ │ ├── final.surrogates_size.cgm
│ │ │ ├── scaffold_final.distupdate
│ │ │ └── unitig_initial.distupdate
│ │ ├── celera-assembler.ckp.9
│ │ ├── celera-assembler.distupdate
│ │ ├── celera-assembler.distupdate.err
│ │ ├── celera-assembler.distupdate.success
│ │ ├── celera-assembler.timing
│ │ ├── cgw.out
│ │ └── cgw.success
│ ├── 7-1-ECR
│ │ ├── celera-assembler.ckp.9 -> ../7-0-CGW/celera-assembler.ckp.9
│ │ ├── celera-assembler.timing
│ │ ├── extendClearRanges.partitionInfo
│ │ ├── extendClearRanges.partitionInfo.err
│ │ └── extendClearRanges.success
│ ├── 7-2-CGW
│ │ ├── rezlog
│ │ │ ├── crocks.i01.log
│ │ │ ├── rez.i01.log
│ │ │ └── rez.i02.log
│ │ ├── stat
│ │ │ ├── CIfinal0.linkstd_all.cgm
│ │ │ ├── CIfinal0.linkstd_no_overlap.cgm
│ │ │ ├── CIfinal0.linkstd_w_overlap.cgm
│ │ │ ├── CIfinal0.mates_per_link.cgm
│ │ │ ├── CIGraph_U.nodeendoutdegree.cgm
│ │ │ ├── CIGraph_U.nodeoutdegree.cgm
│ │ │ ├── Contigfinal0.linkstd_all.cgm
│ │ │ ├── Contigfinal0.linkstd_no_overlap.cgm
│ │ │ ├── Contigfinal0.linkstd_w_overlap.cgm
│ │ │ ├── Contigfinal0.mates_per_link.cgm
│ │ │ ├── contig_final.distupdate
│ │ │ ├── final0.PlacedContig.nodeendoutdegree.cgm
│ │ │ ├── final0.PlacedContig.nodelength.cgm
│ │ │ ├── final0.PlacedContig.nodeoutdegree.cgm
│ │ │ ├── final0.PlacedContig.unitigs.cgm
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.contigs.cgm
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.intra_scaffold_gap_means.cgm
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.intra_scaffold_gap_stds.cgm
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.links_per_edge_w_bac.cgm
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.links_per_edge_wo_bac.cgm
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.Nature.txt
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.nodeendoutdegree.cgm
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.nodelength.cgm
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.nodeoutdegree.cgm
│ │ │ ├── final0.SingleScaffolds.nodelength.cgm
│ │ │ ├── final.surrogates_Created.cgm
│ │ │ ├── final.surrogates_fragsPer.cgm
│ │ │ ├── final.surrogates_per_repeatCI.cgm
│ │ │ ├── final.surrogates_ratio.cgm
│ │ │ ├── final.surrogates_size.cgm
│ │ │ └── scaffold_final.distupdate
│ │ ├── celera-assembler.ckp.12
│ │ ├── celera-assembler.distupdate
│ │ ├── celera-assembler.distupdate.err
│ │ ├── celera-assembler.distupdate.success
│ │ ├── celera-assembler.timing
│ │ ├── cgw.out
│ │ └── cgw.success
│ ├── 7-3-ECR
│ │ ├── celera-assembler.ckp.12 -> ../7-2-CGW/celera-assembler.ckp.12
│ │ ├── celera-assembler.timing
│ │ ├── extendClearRanges.partitionInfo
│ │ ├── extendClearRanges.partitionInfo.err
│ │ └── extendClearRanges.success
│ ├── 7-4-CGW
│ │ ├── rezlog
│ │ │ ├── crocks.i01.log
│ │ │ ├── rez.i01.log
│ │ │ ├── rez.i02.log
│ │ │ ├── stone.i01.log
│ │ │ └── stone.i02.log
│ │ ├── stat
│ │ │ ├── CIfinal0.linkstd_all.cgm
│ │ │ ├── CIfinal0.linkstd_no_overlap.cgm
│ │ │ ├── CIfinal0.linkstd_w_overlap.cgm
│ │ │ ├── CIfinal0.mates_per_link.cgm
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│ │ │ ├── CIGraph_U.nodeoutdegree.cgm
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│ │ │ ├── Contigfinal0.linkstd_w_overlap.cgm
│ │ │ ├── Contigfinal0.mates_per_link.cgm
│ │ │ ├── contig_final.distupdate
│ │ │ ├── final0.PlacedContig.nodeendoutdegree.cgm
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│ │ │ ├── final0.Scaffolds.Nature.txt
│ │ │ ├── final0.Scaffolds.nodeendoutdegree.cgm
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│ │ │ ├── final.surrogates_Created.cgm
│ │ │ ├── final.surrogates_fragsPer.cgm
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│ │ │ ├── final.surrogates_ratio.cgm
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│ │ │ └── scaffold_final.distupdate
│ │ ├── celera-assembler.asm.cam
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│ ├── 7-CGW -> 7-4-CGW
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│ │ ├── celera-assembler.partitioned
│ │ ├── celera-assembler.partitioned.err
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│ ├── 9-terminator
│ │ ├── celera-assembler.asm
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│ ├── filtered_regions
│ │ └── m140506_154708_42141_c100642411270000001823129210151426_s1_p0.3.rgn.h5
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│ │ └── 1399437761_mp-f131.nanofluidics.com_45955_fragmentDepth
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│ ├── celera-assembler.gkpStore.fastqUIDmap
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│ ├── celera-assembler.qc
│ ├── celera-assembler.scf.fasta -> /mnt/secondary/Smrtanalysis/current/common/jobs/078/078512/data/9-terminator/celera-assembler.scf.fasta
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│ ├── filtered_summary.csv
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├── log
│ ├── P_AssemblyPolishing
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│ │ ├── filter.rgnFofn.Gather.log
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│ │ ├── subreads_001of001.log
│ │ ├── subreads.plsFofn.Scatter.log
│ │ ├── subreads.subreadFastq.Gather.log
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│ │ └── subreadSummary.log
│ ├── P_FilterReports
│ │ ├── loadingRpt.log
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│ │ └── subreadRpt.log
│ ├── P_Mapping
│ │ ├── align_001of001.log
│ │ ├── align.cmpH5.Gather.log
│ │ ├── covGFF.log
│ │ ├── gff2Bed.log
│ │ ├── loadChemistry.log
│ │ ├── repack.log
│ │ ├── samBam.log
│ │ ├── sort.log
│ │ └── unmapped.log
│ ├── P_MappingReports
│ │ ├── coverageJsonReport.log
│ │ └── statsJsonReport.log
│ ├── P_PreAssemblerDagcon
│ │ ├── filterLongReadsByLength.log
│ │ ├── hgapAlignForCorrection_001of001.log
│ │ ├── hgapAlignForCorrection.blasrM4Fofn.Gather.log
│ │ ├── hgapAlignForCorrection.blasrM4.Gather.log
│ │ ├── hgapAlignForCorrection.target.Scatter.log
│ │ ├── hgapCorrection_001of001.log
│ │ ├── hgapCorrection.fasta.Gather.log
│ │ ├── hgapCorrection.fastq.Gather.log
│ │ ├── hgapFilterM4_001of001.log
│ │ ├── hgapFilterM4.blasrM4Filtered.Gather.log
│ │ └── preAssemblerJsonReport.log
│ ├── P_ReferenceUploader
│ │ └── runUploaderHgap.log
│ ├── master.log
│ └── smrtpipe.log
├── movie_metadata
│ └── m140506_154708_42141_c100642411270000001823129210151426_s1_p0.metadata.xml
├── reference
│ ├── sequence
│ │ ├── reference.fasta
│ │ ├── reference.fasta.contig.index
│ │ ├── reference.fasta.fai
│ │ ├── reference.fasta.index
│ │ └── reference.fasta.sa
│ └── reference.info.xml
├── results
│ ├── adapter_observed_insert_length_distribution.png
│ ├── adapter_observed_insert_length_distribution_thumb.png
│ ├── corrections.html
│ ├── corrections.json
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│ ├── coverage_histogram_thumb.png
│ ├── coverage_plot_d1f8db8165253b08875c26154fbbab01.png
│ ├── coverage_plot_d1f8db8165253b08875c26154fbbab01_thumb.png
│ ├── filtered_subread_report.png
│ ├── filtered_subread_report_thmb.png
│ ├── filter_reports_adapters.html
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│ ├── filter_reports_loading.json
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│ ├── mapped_subreadlength_histogram_thumb.png
│ ├── mapping_coverage_report.html
│ ├── mapping_coverage_report.json
│ ├── mapping_stats_report.html
│ ├── mapping_stats_report.json
│ ├── overview.html
│ ├── overview.json
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│ ├── polished_coverage_vs_quality.png
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│ ├── top_corrections_report.html
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│ ├── variants_plot_d1f8db8165253b08875c26154fbbab01.png
│ ├── variants_plot_d1f8db8165253b08875c26154fbbab01_thumb.png
│ └── variants_plot_legend.png
├── workflow
│ ├── P_AssemblyPolishing
│ │ ├── callConsensus.sh
│ │ ├── enrichAlnSummary.sh
│ │ ├── polishedJsonReport.sh
│ │ ├── topCorrectionsJsonReport.sh
│ │ ├── variantsJsonReport.sh
│ │ └── zipPolishedFasta.sh
│ ├── P_CeleraAssembler
│ │ ├── genFrgFile.sh
│ │ ├── runCaHgap.sh
│ │ └── writeRunCASpec.sh
│ ├── P_Fetch
│ │ ├── adapterRpt.sh
│ │ ├── getChemistry.sh
│ │ ├── overviewRpt.sh
│ │ └── toFofn.sh
│ ├── P_Filter
│ │ ├── filter_001of001.sh
│ │ ├── filter.rgnFofn.Gather.sh
│ │ ├── filter.summary.Gather.sh
│ │ ├── subreads_001of001.sh
│ │ ├── subreads.plsFofn.Scatter.sh
│ │ ├── subreads.subreadFastq.Gather.sh
│ │ ├── subreads.subreads.Gather.sh
│ │ └── subreadSummary.sh
│ ├── P_FilterReports
│ │ ├── loadingRpt.sh
│ │ ├── statsRpt.sh
│ │ └── subreadRpt.sh
│ ├── P_Mapping
│ │ ├── align_001of001.sh
│ │ ├── align.cmpH5.Gather.sh
│ │ ├── covGFF.sh
│ │ ├── gff2Bed.sh
│ │ ├── loadChemistry.sh
│ │ ├── repack.sh
│ │ ├── samBam.sh
│ │ ├── sort.sh
│ │ └── unmapped.sh
│ ├── P_MappingReports
│ │ ├── coverageJsonReport.sh
│ │ └── statsJsonReport.sh
│ ├── P_PreAssemblerDagcon
│ │ ├── filterLongReadsByLength.sh
│ │ ├── hgapAlignForCorrection_001of001.sh
│ │ ├── hgapAlignForCorrection.blasrM4Fofn.Gather.sh
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│ │ ├── hgapAlignForCorrection.target.Scatter.sh
│ │ ├── hgapCorrection_001of001.sh
│ │ ├── hgapCorrection.fasta.Gather.sh
│ │ ├── hgapCorrection.fastq.Gather.sh
│ │ ├── hgapFilterM4_001of001.sh
│ │ ├── hgapFilterM4.blasrM4Filtered.Gather.sh
│ │ └── preAssemblerJsonReport.sh
│ ├── P_ReferenceUploader
│ │ └── runUploaderHgap.sh
│ ├── Workflow.details.dot
│ ├── Workflow.details.html
│ ├── Workflow.details.svg
│ ├── Workflow.profile.html
│ ├── Workflow.rdf
│ ├── Workflow.summary.dot
│ ├── Workflow.summary.html
│ └── Workflow.summary.svg
├── filtered_longreads.fasta
├── filtered_longreads.fasta.cutoff
├── index.html
├── input.fofn
├── input.xml
├── job.sh
├── metadata.rdf
├── seeds.m4
├── seeds.m4.fofn
├── settings.xml
├── smrtpipe.stderr
├── smrtpipe.stdout
├── toc.xml
└── vis.jnlp
###RS_HGAP_Assembly.3###
├── data
│ ├── 0-mercounts
│ │ ├── celera-assembler-C-ms14-cm0.estMerThresh.err
│ │ ├── celera-assembler-C-ms14-cm0.estMerThresh.out
│ │ ├── celera-assembler-C-ms14-cm0.mcdat
│ │ ├── celera-assembler-C-ms14-cm0.mcidx
│ │ ├── celera-assembler.nmers.obt.fasta
│ │ └── celera-assembler.nmers.ovl.fasta
│ ├── 0-mertrim
│ │ └── mertrim.success
│ ├── 0-overlaptrim
│ │ ├── celera-assembler.obtStore
│ │ │ ├── 0001
│ │ │ ├── idx
│ │ │ └── ovs
│ │ ├── celera-assembler.chimera.err
│ │ ├── celera-assembler.chimera.log
│ │ ├── celera-assembler.chimera.summary
│ │ ├── celera-assembler.finalTrim.err
│ │ ├── celera-assembler.finalTrim.log
│ │ ├── celera-assembler.finalTrim.summary
│ │ ├── celera-assembler.initialTrim.err
│ │ ├── celera-assembler.initialTrim.log
│ │ ├── celera-assembler.initialTrim.summary
│ │ ├── celera-assembler.obtStore.err
│ │ ├── celera-assembler.obtStore.list
│ │ └── overlaptrim.success
│ ├── 0-overlaptrim-overlap
│ │ ├── 001
│ │ ├── 000001.out
│ │ ├── overlap_partition.err
│ │ ├── overlap.sh
│ │ ├── ovlbat
│ │ ├── ovljob
│ │ └── ovlopt
│ ├── 1-overlapper
│ │ ├── 001
│ │ ├── 000001.out
│ │ ├── overlap_partition.err
│ │ ├── overlap.sh
│ │ ├── ovlbat
│ │ ├── ovljob
│ │ └── ovlopt
│ ├── 3-overlapcorrection
│ │ ├── 0001.erate
│ │ ├── 0001.err
│ │ ├── 0001.frgcorr
│ │ ├── cat-corrects.err
│ │ ├── cat-corrects.frgcorrlist
│ │ ├── cat-erates.eratelist
│ │ ├── cat-erates.err
│ │ ├── celera-assembler.erates
│ │ ├── celera-assembler.erates.updated
│ │ ├── celera-assembler.frgcorr
│ │ ├── frgcorr.sh
│ │ ├── overlapStore-update-erates.err
│ │ └── ovlcorr.sh
│ ├── 4-unitigger
│ │ ├── best.contains
│ │ ├── best.edges
│ │ ├── best.singletons
│ │ ├── celera-assembler.002.bestOverlapGraph.thr000.num000.log
│ │ ├── celera-assembler.005.buildUnitigs.thr000.num000.log
│ │ ├── celera-assembler.006.placeContains.thr000.num000.log
│ │ ├── celera-assembler.007.placeZombies.thr000.num000.log
│ │ ├── celera-assembler.009.popBubbles.thr000.num000.log
│ │ ├── celera-assembler.010.mergeSplitJoin.thr000.num000.log
│ │ ├── celera-assembler.010.mergeSplitJoin.thr028.num000.log
│ │ ├── celera-assembler.011.cleanup.thr000.num000.log
│ │ ├── celera-assembler.013.output.thr000.num000.log
│ │ ├── celera-assembler.fragmentInfo
│ │ ├── celera-assembler.iidmap
│ │ ├── celera-assembler.partitioning
│ │ ├── celera-assembler.partitioningInfo
│ │ ├── celera-assembler.unused.ovl
│ │ ├── unitigger.err
│ │ └── unitigger.success
│ ├── celera-assembler.gkpStore
│ │ ├── clr-NORMAL-01-CLR
│ │ ├── clr-NORMAL-05-OBTINITIAL
│ │ ├── clr-NORMAL-06-OBTMERGE
│ │ ├── clr-NORMAL-07-OBTCHIMERA
│ │ ├── f2p
│ │ ├── fnm
│ │ ├── fpk
│ │ ├── fsb
│ │ ├── inf
│ │ ├── lib
│ │ ├── plc
│ │ ├── qnm
│ │ ├── qpk
│ │ ├── qsb
│ │ ├── snm
│ │ ├── ssb
│ │ ├── u2i
│ │ └── uid
│ ├── celera-assembler.ovlStore
│ │ ├── 0001
│ │ ├── corrected
│ │ ├── idx
│ │ └── ovs
│ ├── celera-assembler.tigStore
│ │ ├── seqDB.v001.ctg
│ │ ├── seqDB.v001.p001.dat
│ │ ├── seqDB.v001.p001.utg
│ │ └── seqDB.v001.utg
│ ├── filtered_regions
│ │ ├── m140516_004425_sherri_c110042412550000001823111106241441_s1_p0.1.rgn.h5
│ │ ├── m140516_004425_sherri_c110042412550000001823111106241441_s1_p0.2.rgn.h5
│ │ └── m140516_004425_sherri_c110042412550000001823111106241441_s1_p0.3.rgn.h5
│ ├── runCA-logs
│ │ ├── 1400267302_mp-f114.nanofluidics.com_1862_runCA
│ │ ├── 1400267302_mp-f114.nanofluidics.com_1868_gatekeeper
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│ │ ├── 1400267310_mp-f114.nanofluidics.com_1874_gatekeeper
│ │ ├── 1400267310_mp-f114.nanofluidics.com_1877_gatekeeper
│ │ ├── 1400267310_mp-f114.nanofluidics.com_1879_initialTrim
│ │ ├── 1400267312_mp-f114.nanofluidics.com_2190_gatekeeper
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│ │ ├── 1400267346_mp-f114.nanofluidics.com_2536_estimate-mer-threshold
│ │ ├── 1400267346_mp-f114.nanofluidics.com_2538_meryl
│ │ ├── 1400267347_mp-f114.nanofluidics.com_2539_meryl
│ │ ├── 1400267347_mp-f114.nanofluidics.com_2541_meryl
│ │ ├── 1400267347_mp-f114.nanofluidics.com_2544_overlap_partition
│ │ ├── 1400267348_mp-f114.nanofluidics.com_2717_overlapInCore
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│ │ ├── 1400267473_mp-f114.nanofluidics.com_3640_overlapInCore
│ │ ├── 1400267476_mp-f114.nanofluidics.com_3659_overlapInCore
│ │ ├── 1400267480_mp-f114.nanofluidics.com_3677_overlapInCore
│ │ ├── 1400267480_mp-f114.nanofluidics.com_3701_overlapInCore
│ │ ├── 1400267480_mp-f114.nanofluidics.com_3713_overlapInCore
│ │ ├── 1400267536_mp-f114.nanofluidics.com_5237_overlapStoreBuild
│ │ ├── 1400267538_mp-f114.nanofluidics.com_5351_finalTrim
│ │ ├── 1400267540_mp-f114.nanofluidics.com_5353_chimera
│ │ ├── 1400267540_mp-f114.nanofluidics.com_5357_overlap_partition
│ │ ├── 1400267541_mp-f114.nanofluidics.com_5516_overlapInCore
│ │ ├── 1400267541_mp-f114.nanofluidics.com_5517_overlapInCore
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│ │ ├── 1400267541_mp-f114.nanofluidics.com_5520_overlapInCore
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│ │ ├── 1400267633_mp-f114.nanofluidics.com_5747_overlapInCore
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│ │ ├── 1400267650_mp-f114.nanofluidics.com_5823_overlapInCore
│ │ ├── 1400267651_mp-f114.nanofluidics.com_5841_overlapInCore
│ │ ├── 1400267658_mp-f114.nanofluidics.com_5860_overlapInCore
│ │ ├── 1400267662_mp-f114.nanofluidics.com_5881_overlapInCore
│ │ ├── 1400267701_mp-f114.nanofluidics.com_6838_overlapStoreBuild
│ │ ├── 1400267703_mp-f114.nanofluidics.com_6962_correct-frags
│ │ ├── 1400267724_mp-f114.nanofluidics.com_6993_correct-olaps
│ │ ├── 1400267737_mp-f114.nanofluidics.com_7005_overlapStore
│ │ └── 1400267737_mp-f114.nanofluidics.com_7008_bogart
│ ├── aligned_reads.bam
│ ├── aligned_reads.bam.bai
│ ├── aligned_reads.cmp.h5
│ ├── aligned_reads.sam
│ ├── alignment_summary.gff
│ ├── ca_finished
│ ├── celera-assembler.gkpStore.err
│ ├── celera-assembler.gkpStore.errorLog
│ ├── celera-assembler.gkpStore.fastqUIDmap
│ ├── celera-assembler.gkpStore.info
│ ├── celera-assembler.ovlStore.err
│ ├── celera-assembler.ovlStore.list
│ ├── chemistry_mapping.xml
│ ├── corrected.fasta
│ ├── corrected.fastq
│ ├── corrected.frg
│ ├── corrections.gff
│ ├── coverage.bed
│ ├── data.items.json
│ ├── data.items.pickle
│ ├── draft_assembly.fasta
│ ├── filtered_regions.fofn
│ ├── filtered_subreads.fasta
│ ├── filtered_subreads.fastq
│ ├── filtered_subread_summary.csv
│ ├── filtered_summary.csv
│ ├── polished_assembly.fasta.gz
│ ├── polished_assembly.fastq.gz
│ ├── runCA.spec
│ ├── slots.pickle
│ ├── unitigs.lst
│ └── unmappedSubreads.fasta
├── log
│ ├── P_AssembleUnitig
│ │ ├── genFrgFile.log
│ │ ├── getUnitigs.log
│ │ ├── runCaToUnitig.log
│ │ ├── unitigConsensus_001of001.log
│ │ ├── unitigConsensus.unitigs.Scatter.log
│ │ ├── unitigConsensus.utgConsensus.Gather.log
│ │ └── writeRunCASpec.log
│ ├── P_AssemblyPolishing
│ │ ├── callConsensus.log
│ │ ├── enrichAlnSummary.log
│ │ ├── polishedJsonReport.log
│ │ ├── topCorrectionsJsonReport.log
│ │ ├── variantsJsonReport.log
│ │ └── zipPolishedFasta.log
│ ├── P_Fetch
│ │ ├── adapterRpt.log
│ │ ├── getChemistry.log
│ │ ├── overviewRpt.log
│ │ └── toFofn.log
│ ├── P_Filter
│ │ ├── filter_001of001.log
│ │ ├── filter.plsFofn.Scatter.log
│ │ ├── filter.rgnFofn.Gather.log
│ │ ├── filter.summary.Gather.log
│ │ ├── subreads_001of001.log
│ │ ├── subreads.subreadFastq.Gather.log
│ │ ├── subreads.subreads.Gather.log
│ │ └── subreadSummary.log
│ ├── P_FilterReports
│ │ ├── loadingRpt.log
│ │ ├── statsRpt.log
│ │ └── subreadRpt.log
│ ├── P_Mapping
│ │ ├── align_001of001.log
│ │ ├── align.cmpH5.Gather.log
│ │ ├── covGFF.log
│ │ ├── gff2Bed.log
│ │ ├── loadChemistry.log
│ │ ├── repack.log
│ │ ├── samBam.log
│ │ ├── sort.log
│ │ └── unmapped.log
│ ├── P_MappingReports
│ │ ├── coverageJsonReport.log
│ │ └── statsJsonReport.log
│ ├── P_PreAssemblerDagcon
│ │ ├── filterLongReadsByLength.log
│ │ ├── hgapAlignForCorrection_001of001.log
│ │ ├── hgapAlignForCorrection.blasrM4Fofn.Gather.log
│ │ ├── hgapAlignForCorrection.blasrM4.Gather.log
│ │ ├── hgapAlignForCorrection.target.Scatter.log
│ │ ├── hgapCorrection_001of001.log
│ │ ├── hgapCorrection.fasta.Gather.log
│ │ ├── hgapCorrection.fastq.Gather.log
│ │ ├── hgapFilterM4_001of001.log
│ │ ├── hgapFilterM4.blasrM4Filtered.Gather.log
│ │ └── preAssemblerJsonReport.log
│ ├── P_ReferenceUploader
│ │ └── runUploaderUnitig.log
│ ├── master.log
│ └── smrtpipe.log
├── movie_metadata
│ └── m140516_004425_sherri_c110042412550000001823111106241441_s1_p0.metadata.xml
├── reference
│ ├── sequence
│ │ ├── reference.fasta
│ │ ├── reference.fasta.contig.index
│ │ ├── reference.fasta.fai
│ │ ├── reference.fasta.index
│ │ └── reference.fasta.sa
│ └── reference.info.xml
├── results
│ ├── adapter_observed_insert_length_distribution.png
│ ├── adapter_observed_insert_length_distribution_thumb.png
│ ├── corrections.html
│ ├── corrections.json
│ ├── coverage_histogram.png
│ ├── coverage_histogram_thumb.png
│ ├── coverage_plot_b9c24724c0f58d73b9ceadef52bdabd1.png
│ ├── coverage_plot_b9c24724c0f58d73b9ceadef52bdabd1_thumb.png
│ ├── filtered_subread_report.png
│ ├── filtered_subread_report_thmb.png
│ ├── filter_reports_adapters.html
│ ├── filter_reports_adapters.json
│ ├── filter_reports_filter_stats.html
│ ├── filter_reports_filter_stats.json
│ ├── filter_reports_filter_subread_stats.html
│ ├── filter_reports_filter_subread_stats.json
│ ├── filter_reports_loading.html
│ ├── filter_reports_loading.json
│ ├── mapped_readlength_histogram.png
│ ├── mapped_readlength_histogram_thumb.png
│ ├── mapped_subread_accuracy_histogram.png
│ ├── mapped_subread_accuracy_histogram_thumb.png
│ ├── mapped_subreadlength_histogram.png
│ ├── mapped_subreadlength_histogram_thumb.png
│ ├── mapping_coverage_report.html
│ ├── mapping_coverage_report.json
│ ├── mapping_stats_report.html
│ ├── mapping_stats_report.json
│ ├── overview.html
│ ├── overview.json
│ ├── polished_coverage_vs_quality.csv
│ ├── polished_coverage_vs_quality.png
│ ├── polished_coverage_vs_quality_thumb.png
│ ├── polished_report.html
│ ├── polished_report.json
│ ├── post_filter_readlength_histogram.png
│ ├── post_filter_readlength_histogram_thumb.png
│ ├── post_filterread_score_histogram.png
│ ├── post_filterread_score_histogram_thumb.png
│ ├── preassembler_report.html
│ ├── preassembler_report.json
│ ├── pre_filter_readlength_histogram.png
│ ├── pre_filter_readlength_histogram_thumb.png
│ ├── pre_filterread_score_histogram.png
│ ├── pre_filterread_score_histogram_thumb.png
│ ├── top_corrections_report.html
│ ├── top_corrections_report.json
│ ├── variants_plot_b9c24724c0f58d73b9ceadef52bdabd1.png
│ ├── variants_plot_b9c24724c0f58d73b9ceadef52bdabd1_thumb.png
│ └── variants_plot_legend.png
├── workflow
│ ├── P_AssembleUnitig
│ │ ├── genFrgFile.sh
│ │ ├── getUnitigs.sh
│ │ ├── runCaToUnitig.sh
│ │ ├── unitigConsensus_001of001.sh
│ │ ├── unitigConsensus.unitigs.Scatter.sh
│ │ ├── unitigConsensus.utgConsensus.Gather.sh
│ │ └── writeRunCASpec.sh
│ ├── P_AssemblyPolishing
│ │ ├── callConsensus.sh
│ │ ├── enrichAlnSummary.sh
│ │ ├── polishedJsonReport.sh
│ │ ├── topCorrectionsJsonReport.sh
│ │ ├── variantsJsonReport.sh
│ │ └── zipPolishedFasta.sh
│ ├── P_Fetch
│ │ ├── adapterRpt.sh
│ │ ├── getChemistry.sh
│ │ ├── overviewRpt.sh
│ │ └── toFofn.sh
│ ├── P_Filter
│ │ ├── filter_001of001.sh
│ │ ├── filter.plsFofn.Scatter.sh
│ │ ├── filter.rgnFofn.Gather.sh
│ │ ├── filter.summary.Gather.sh
│ │ ├── subreads_001of001.sh
│ │ ├── subreads.subreadFastq.Gather.sh
│ │ ├── subreads.subreads.Gather.sh
│ │ └── subreadSummary.sh
│ ├── P_FilterReports
│ │ ├── loadingRpt.sh
│ │ ├── statsRpt.sh
│ │ └── subreadRpt.sh
│ ├── P_Mapping
│ │ ├── align_001of001.sh
│ │ ├── align.cmpH5.Gather.sh
│ │ ├── covGFF.sh
│ │ ├── gff2Bed.sh
│ │ ├── loadChemistry.sh
│ │ ├── repack.sh
│ │ ├── samBam.sh
│ │ ├── sort.sh
│ │ └── unmapped.sh
│ ├── P_MappingReports
│ │ ├── coverageJsonReport.sh
│ │ └── statsJsonReport.sh
│ ├── P_PreAssemblerDagcon
│ │ ├── filterLongReadsByLength.sh
│ │ ├── hgapAlignForCorrection_001of001.sh
│ │ ├── hgapAlignForCorrection.blasrM4Fofn.Gather.sh
│ │ ├── hgapAlignForCorrection.blasrM4.Gather.sh
│ │ ├── hgapAlignForCorrection.target.Scatter.sh
│ │ ├── hgapCorrection_001of001.sh
│ │ ├── hgapCorrection.fasta.Gather.sh
│ │ ├── hgapCorrection.fastq.Gather.sh
│ │ ├── hgapFilterM4_001of001.sh
│ │ ├── hgapFilterM4.blasrM4Filtered.Gather.sh
│ │ └── preAssemblerJsonReport.sh
│ ├── P_ReferenceUploader
│ │ └── runUploaderUnitig.sh
│ ├── Workflow.details.dot
│ ├── Workflow.details.html
│ ├── Workflow.details.svg
│ ├── Workflow.profile.html
│ ├── Workflow.rdf
│ ├── Workflow.summary.dot
│ ├── Workflow.summary.html
│ └── Workflow.summary.svg
├── filtered_longreads.fasta
├── filtered_longreads.fasta.cutoff
├── index.html
├── input.fofn
├── input.xml
├── job.sh
├── metadata.rdf
├── seeds.m4
├── seeds.m4.fofn
├── settings.xml
├── smrtpipe.stderr
├── smrtpipe.stdout
├── toc.xml
└── vis.jnlp
###RS_IsoSeq.1###
├── data
│ ├── classifyOut
│ │ ├── hmmer.chimera.dom
│ │ ├── hmmer.front_end.dom
│ │ ├── primers.chimera.fa
│ │ └── primers.front_end.fa
│ ├── chemistry_mapping.xml
│ ├── classify_summary.txt
│ ├── data.items.json
│ ├── data.items.pickle
│ ├── isoseq_draft.fasta
│ ├── isoseq_flnc.fasta
│ ├── isoseq_nfl.fasta
│ ├── isoseq_primer_info.csv
│ ├── m140515_011259_42142_c100633042550000001823121009121405_s1_p0.1.ccs.h5
│ ├── m140515_011259_42142_c100633042550000001823121009121405_s1_p0.2.ccs.h5
│ ├── m140515_011259_42142_c100633042550000001823121009121405_s1_p0.3.ccs.h5
│ ├── reads_of_insert.fasta
│ ├── reads_of_insert.fastq
│ └── slots.pickle
├── log
│ ├── P_CCS
│ │ ├── gatherFastx.log
│ │ ├── generateCCS_001of001.log
│ │ ├── generateCCS.ccsSentinel.Gather.log
│ │ ├── generateCCS.inputPlsFofn.Scatter.log
│ │ ├── readsOfInsertJsonReport.log
│ │ └── toReadsOfInsertFofn.log
│ ├── P_Fetch
│ │ ├── adapterRpt.log
│ │ ├── getChemistry.log
│ │ ├── overviewRpt.log
│ │ └── toFofn.log
│ ├── P_IsoSeq
│ │ └── classify.log
│ ├── P_IsoSeqReports
│ │ └── generateClassifyReport.log
│ ├── master.log
│ └── smrtpipe.log
├── movie_metadata
│ └── m140515_011259_42142_c100633042550000001823121009121405_s1_p0.metadata.xml
├── results
│ ├── adapter_observed_insert_length_distribution.png
│ ├── adapter_observed_insert_length_distribution_thumb.png
│ ├── filter_reports_adapters.html
│ ├── filter_reports_adapters.json
│ ├── fulllength_nonchimeric_readlength_hist.png
│ ├── fulllength_nonchimeric_readlength_hist_thumb.png
│ ├── isoseq_classify.html
│ ├── isoseq_classify.json
│ ├── overview.html
│ ├── overview.json
│ ├── reads_of_insert_report.html
│ ├── reads_of_insert_report.json
│ ├── roi_accuracy_hist.png
│ ├── roi_accuracy_hist_thumb.png
│ ├── roi_npasses_hist.png
│ ├── roi_npasses_hist_thumb.png
│ ├── roi_readlength_hist.png
│ └── roi_readlength_hist_thumb.png
├── workflow
│ ├── P_CCS
│ │ ├── gatherFastx.sh
│ │ ├── generateCCS_001of001.sh
│ │ ├── generateCCS.ccsSentinel.Gather.sh
│ │ ├── generateCCS.inputPlsFofn.Scatter.sh
│ │ ├── readsOfInsertJsonReport.sh
│ │ └── toReadsOfInsertFofn.sh
│ ├── P_Fetch
│ │ ├── adapterRpt.sh
│ │ ├── getChemistry.sh
│ │ ├── overviewRpt.sh
│ │ └── toFofn.sh
│ ├── P_IsoSeq
│ │ └── classify.sh
│ ├── P_IsoSeqReports
│ │ └── generateClassifyReport.sh
│ ├── Workflow.details.dot
│ ├── Workflow.details.html
│ ├── Workflow.details.svg
│ ├── Workflow.profile.html
│ ├── Workflow.rdf
│ ├── Workflow.summary.dot
│ ├── Workflow.summary.html
│ └── Workflow.summary.svg
├── index.html
├── input.fofn
├── input.xml
├── job.sh
├── metadata.rdf
├── reads_of_insert.fofn
├── settings.xml
├── smrtpipe.stderr
├── smrtpipe.stdout
└── toc.xml
###RS_Long_Amplicon_Analysis.1###
├── data
│ ├── amplicon_analysis_chimeras_noise.fasta
│ ├── amplicon_analysis_chimeras_noise.fastq
│ ├── amplicon_analysis.csv
│ ├── amplicon_analysis.fasta
│ ├── amplicon_analysis.fastq
│ ├── amplicon_analysis.log
│ ├── amplicon_analysis_summary.csv
│ ├── chemistry_mapping.xml
│ ├── data.items.json
│ ├── data.items.pickle
│ └── slots.pickle
├── log
│ ├── P_AmpliconAssembly
│ │ ├── ampliconAssemblyReport.log
│ │ └── generateAmpliconAssembly.log
│ ├── P_Fetch
│ │ ├── adapterRpt.log
│ │ ├── getChemistry.log
│ │ ├── overviewRpt.log
│ │ └── toFofn.log
│ ├── master.log
│ └── smrtpipe.log
├── movie_metadata
│ └── m140507_025855_42161_c110023601820000001823092705201462_s1_p0.metadata.xml
├── results
│ ├── adapter_observed_insert_length_distribution.png
│ ├── adapter_observed_insert_length_distribution_thumb.png
│ ├── amplicon_analysis_report.html
│ ├── amplicon_analysis_report.json
│ ├── filter_reports_adapters.html
│ ├── filter_reports_adapters.json
│ ├── overview.html
│ └── overview.json
├── workflow
│ ├── P_AmpliconAssembly
│ │ ├── ampliconAssemblyReport.sh
│ │ └── generateAmpliconAssembly.sh
│ ├── P_Fetch
│ │ ├── adapterRpt.sh
│ │ ├── getChemistry.sh
│ │ ├── overviewRpt.sh
│ │ └── toFofn.sh
│ ├── Workflow.details.dot
│ ├── Workflow.details.html
│ ├── Workflow.details.svg
│ ├── Workflow.profile.html
│ ├── Workflow.rdf
│ ├── Workflow.summary.dot
│ ├── Workflow.summary.html
│ └── Workflow.summary.svg
├── index.html
├── input.fofn
├── input.xml
├── job.sh
├── metadata.rdf
├── settings.xml
├── smrtpipe.stderr
├── smrtpipe.stdout
└── toc.xml
###RS_Minor_Variant.1###
├── data
│ ├── aligned_reads.bam
│ ├── aligned_reads.bam.bai
│ ├── aligned_reads.cmp.h5
│ ├── aligned_reads.sam
│ ├── alignment_summary.gff
│ ├── chemistry_mapping.xml
│ ├── coverage.bed
│ ├── data.items.json
│ ├── data.items.pickle
│ ├── m140205_070439_42194_c010032902559900001800000112311641_s1_p0.1.ccs.fasta
│ ├── m140205_070439_42194_c010032902559900001800000112311641_s1_p0.1.ccs.fastq
│ ├── m140205_070439_42194_c010032902559900001800000112311641_s1_p0.1.ccs.h5
│ ├── m140205_070439_42194_c010032902559900001800000112311641_s1_p0.2.ccs.fasta
│ ├── m140205_070439_42194_c010032902559900001800000112311641_s1_p0.2.ccs.fastq
│ ├── m140205_070439_42194_c010032902559900001800000112311641_s1_p0.2.ccs.h5
│ ├── m140205_070439_42194_c010032902559900001800000112311641_s1_p0.3.ccs.fasta
│ ├── m140205_070439_42194_c010032902559900001800000112311641_s1_p0.3.ccs.fastq
│ ├── m140205_070439_42194_c010032902559900001800000112311641_s1_p0.3.ccs.h5
│ ├── minor_variants.csv
│ ├── minor_variants.log
│ ├── minor_variants.vcf.gz
│ ├── reads_of_insert.fasta
│ ├── reads_of_insert.fastq
│ ├── slots.pickle
│ └── unmappedSubreads.fasta
├── log
│ ├── P_CCS
│ │ ├── gatherFastx.log
│ │ ├── generateCCS_001of001.log
│ │ ├── generateCCS.ccsSentinel.Gather.log
│ │ ├── generateCCS.inputPlsFofn.Scatter.log
│ │ ├── readsOfInsertJsonReport.log
│ │ └── toReadsOfInsertFofn.log
│ ├── P_Fetch
│ │ ├── adapterRpt.log
│ │ ├── getChemistry.log
│ │ ├── overviewRpt.log
│ │ └── toFofn.log
│ ├── P_Mapping
│ │ ├── alignCCS_001of001.log
│ │ ├── alignCCS.cmpH5.Gather.log
│ │ ├── alignCCS.plsFofn.Scatter.log
│ │ ├── covGFF.log
│ │ ├── gff2Bed.log
│ │ ├── loadChemistry.log
│ │ ├── repack.log
│ │ ├── samBam.log
│ │ ├── sort.log
│ │ └── unmapped.log
│ ├── P_MappingReports
│ │ ├── coverageJsonReport.log
│ │ └── statsJsonReport.log
│ ├── P_MinorVariants
│ │ ├── callVariants.log
│ │ └── zipVariants.log
│ ├── master.log
│ └── smrtpipe.log
├── movie_metadata
│ └── m140205_070439_42194_c010032902559900001800000112311641_s1_p0.metadata.xml
├── results
│ ├── adapter_observed_insert_length_distribution.png
│ ├── adapter_observed_insert_length_distribution_thumb.png
│ ├── coverage_histogram.png
│ ├── coverage_histogram_thumb.png
│ ├── coverage_plot_5fad759ed93706f8450c19d6d106bca7.png
│ ├── coverage_plot_5fad759ed93706f8450c19d6d106bca7_thumb.png
│ ├── filter_reports_adapters.html
│ ├── filter_reports_adapters.json
│ ├── mapped_readlength_histogram.png
│ ├── mapped_readlength_histogram_thumb.png
│ ├── mapped_subread_accuracy_histogram.png
│ ├── mapped_subread_accuracy_histogram_thumb.png
│ ├── mapped_subreadlength_histogram.png
│ ├── mapped_subreadlength_histogram_thumb.png
│ ├── mapping_coverage_report.html
│ ├── mapping_coverage_report.json
│ ├── mapping_stats_report.html
│ ├── mapping_stats_report.json
│ ├── overview.html
│ ├── overview.json
│ ├── reads_of_insert_report.html
│ ├── reads_of_insert_report.json
│ ├── roi_accuracy_hist.png
│ ├── roi_accuracy_hist_thumb.png
│ ├── roi_npasses_hist.png
│ ├── roi_npasses_hist_thumb.png
│ ├── roi_readlength_hist.png
│ └── roi_readlength_hist_thumb.png
├── workflow
│ ├── P_CCS
│ │ ├── gatherFastx.sh
│ │ ├── generateCCS_001of001.sh
│ │ ├── generateCCS.ccsSentinel.Gather.sh
│ │ ├── generateCCS.inputPlsFofn.Scatter.sh
│ │ ├── readsOfInsertJsonReport.sh
│ │ └── toReadsOfInsertFofn.sh
│ ├── P_Fetch
│ │ ├── adapterRpt.sh
│ │ ├── getChemistry.sh
│ │ ├── overviewRpt.sh
│ │ └── toFofn.sh
│ ├── P_Mapping
│ │ ├── alignCCS_001of001.sh
│ │ ├── alignCCS.cmpH5.Gather.sh
│ │ ├── alignCCS.plsFofn.Scatter.sh
│ │ ├── covGFF.sh
│ │ ├── gff2Bed.sh
│ │ ├── loadChemistry.sh
│ │ ├── repack.sh
│ │ ├── samBam.sh
│ │ ├── sort.sh
│ │ └── unmapped.sh
│ ├── P_MappingReports
│ │ ├── coverageJsonReport.sh
│ │ └── statsJsonReport.sh
│ ├── P_MinorVariants
│ │ ├── callVariants.sh
│ │ └── zipVariants.sh
│ ├── PostWorkflow.details.dot
│ ├── PostWorkflow.details.html
│ ├── PostWorkflow.details.svg
│ ├── PostWorkflow.profile.html
│ ├── PostWorkflow.rdf
│ ├── PostWorkflow.summary.dot
│ ├── PostWorkflow.summary.html
│ ├── PostWorkflow.summary.svg
│ ├── Workflow.details.dot
│ ├── Workflow.details.html
│ ├── Workflow.details.svg
│ ├── Workflow.profile.html
│ ├── Workflow.rdf
│ ├── Workflow.summary.dot
│ ├── Workflow.summary.html
│ └── Workflow.summary.svg
├── index.html
├── input.fofn
├── input.xml
├── job.sh
├── metadata.rdf
├── reads_of_insert.fofn
├── settings.xml
├── smrtpipe.stderr
├── smrtpipe.stdout
├── toc.xml
└── vis.jnlp
###RS_Modification_and_Motif_Analysis.1###
├── data
│ ├── filtered_regions
│ │ ├── m140309_032717_42161_c100617192550000001823115007181417_s1_p0.1.rgn.h5
│ │ ├── m140309_032717_42161_c100617192550000001823115007181417_s1_p0.2.rgn.h5
│ │ └── m140309_032717_42161_c100617192550000001823115007181417_s1_p0.3.rgn.h5
│ ├── aligned_reads.bam
│ ├── aligned_reads.bam.bai
│ ├── aligned_reads.cmp.h5
│ ├── aligned_reads.sam
│ ├── alignment_summary.gff
│ ├── base_mod_contig_ids.txt
│ ├── chemistry_mapping.xml
│ ├── consensus.fasta.gz
│ ├── consensus.fastq.gz
│ ├── contig_ids.txt
│ ├── coverage.bed
│ ├── data.items.json
│ ├── data.items.pickle
│ ├── filtered_regions.fofn
│ ├── filtered_subreads.fasta
│ ├── filtered_subreads.fastq
│ ├── filtered_subread_summary.csv
│ ├── filtered_summary.csv
│ ├── modifications.csv.gz
│ ├── modifications.gff.gz
│ ├── motifs.gff.gz
│ ├── motif_summary.csv
│ ├── slots.pickle
│ ├── temp_kinetics.h5
│ ├── unmappedSubreads.fasta
│ ├── variants.bed
│ ├── variants.gff.gz
│ └── variants.vcf
├── log
│ ├── P_ConsensusReports
│ │ ├── topVariantsReport.log
│ │ └── variantsJsonReport.log
│ ├── P_Fetch
│ │ ├── adapterRpt.log
│ │ ├── getChemistry.log
│ │ ├── overviewRpt.log
│ │ └── toFofn.log
│ ├── P_Filter
│ │ ├── filter_001of001.log
│ │ ├── filter.plsFofn.Scatter.log
│ │ ├── filter.rgnFofn.Gather.log
│ │ ├── filter.summary.Gather.log
│ │ ├── subreads_001of001.log
│ │ ├── subreads.subreadFastq.Gather.log
│ │ ├── subreads.subreads.Gather.log
│ │ └── subreadSummary.log
│ ├── P_FilterReports
│ │ ├── loadingRpt.log
│ │ ├── statsRpt.log
│ │ └── subreadRpt.log
│ ├── P_GenomicConsensus
│ │ ├── callVariantsWithConsensus_001of001.log
│ │ ├── callVariantsWithConsensus.consensusFasta.Gather.log
│ │ ├── callVariantsWithConsensus.consensusFastq.Gather.log
│ │ ├── callVariantsWithConsensus.contig_list.Scatter.log
│ │ ├── callVariantsWithConsensus.variantsGff.Gather.log
│ │ ├── enrichAlnSummary.log
│ │ ├── makeBed.log
│ │ ├── makeVcf.log
│ │ ├── writeContigList.log
│ │ └── zipVariants.log
│ ├── P_Mapping
│ │ ├── align_001of001.log
│ │ ├── align.cmpH5.Gather.log
│ │ ├── covGFF.log
│ │ ├── gff2Bed.log
│ │ ├── loadChemistry.log
│ │ ├── repack.log
│ │ ├── samBam.log
│ │ ├── sort.log
│ │ └── unmapped.log
│ ├── P_MappingReports
│ │ ├── coverageJsonReport.log
│ │ └── statsJsonReport.log
│ ├── P_ModificationDetection
│ │ ├── addModificationsToAlignmentSummary.log
│ │ ├── computeModifications_001of001.log
│ │ ├── computeModifications.contig_list.Scatter.log
│ │ ├── computeModifications.modificationsCsv.Gather.log
│ │ ├── computeModifications.modificationsGff.Gather.log
│ │ ├── computeModifications.tempKineticsH5.Gather.log
│ │ ├── copyIpdSummary.log
│ │ ├── modificationJsonReport.log
│ │ └── writeContigList.log
│ ├── P_MotifFinder
│ │ ├── findMotifs.log
│ │ ├── makeMotifGff.log
│ │ └── makeMotifPlot.log
│ ├── master.log
│ └── smrtpipe.log
├── movie_metadata
│ └── m140309_032717_42161_c100617192550000001823115007181417_s1_p0.metadata.xml
├── results
│ ├── adapter_observed_insert_length_distribution.png
│ ├── adapter_observed_insert_length_distribution_thumb.png
│ ├── coverage_histogram.png
│ ├── coverage_histogram_thumb.png
│ ├── coverage_plot_478d2191a276facb454943e01562e3bb.png
│ ├── coverage_plot_478d2191a276facb454943e01562e3bb_thumb.png
│ ├── filtered_subread_report.png
│ ├── filtered_subread_report_thmb.png
│ ├── filter_reports_adapters.html
│ ├── filter_reports_adapters.json
│ ├── filter_reports_filter_stats.html
│ ├── filter_reports_filter_stats.json
│ ├── filter_reports_filter_subread_stats.html
│ ├── filter_reports_filter_subread_stats.json
│ ├── filter_reports_loading.html
│ ├── filter_reports_loading.json
│ ├── kinetic_detections.png
│ ├── kinetic_detections_thumb.png
│ ├── kinetic_histogram.png
│ ├── kinetic_histogram_thumb.png
│ ├── kinetics_report.html
│ ├── kinetics_report.json
│ ├── mapped_readlength_histogram.png
│ ├── mapped_readlength_histogram_thumb.png
│ ├── mapped_subread_accuracy_histogram.png
│ ├── mapped_subread_accuracy_histogram_thumb.png
│ ├── mapped_subreadlength_histogram.png
│ ├── mapped_subreadlength_histogram_thumb.png
│ ├── mapping_coverage_report.html
│ ├── mapping_coverage_report.json
│ ├── mapping_stats_report.html
│ ├── mapping_stats_report.json
│ ├── motifHistogram.png
│ ├── motif_summary.html
│ ├── motif_summary.xml
│ ├── overview.html
│ ├── overview.json
│ ├── post_filter_readlength_histogram.png
│ ├── post_filter_readlength_histogram_thumb.png
│ ├── post_filterread_score_histogram.png
│ ├── post_filterread_score_histogram_thumb.png
│ ├── pre_filter_readlength_histogram.png
│ ├── pre_filter_readlength_histogram_thumb.png
│ ├── pre_filterread_score_histogram.png
│ ├── pre_filterread_score_histogram_thumb.png
│ ├── top_variants_report.html
│ ├── top_variants_report.json
│ ├── variants_plot_478d2191a276facb454943e01562e3bb.png
│ ├── variants_plot_478d2191a276facb454943e01562e3bb_thumb.png
│ ├── variants_plot_legend.png
│ ├── variants_report.html
│ └── variants_report.json
├── workflow
│ ├── P_ConsensusReports
│ │ ├── topVariantsReport.sh
│ │ └── variantsJsonReport.sh
│ ├── P_Fetch
│ │ ├── adapterRpt.sh
│ │ ├── getChemistry.sh
│ │ ├── overviewRpt.sh
│ │ └── toFofn.sh
│ ├── P_Filter
│ │ ├── filter_001of001.sh
│ │ ├── filter.plsFofn.Scatter.sh
│ │ ├── filter.rgnFofn.Gather.sh
│ │ ├── filter.summary.Gather.sh
│ │ ├── subreads_001of001.sh
│ │ ├── subreads.subreadFastq.Gather.sh
│ │ ├── subreads.subreads.Gather.sh
│ │ └── subreadSummary.sh
│ ├── P_FilterReports
│ │ ├── loadingRpt.sh
│ │ ├── statsRpt.sh
│ │ └── subreadRpt.sh
│ ├── P_GenomicConsensus
│ │ ├── callVariantsWithConsensus_001of001.sh
│ │ ├── callVariantsWithConsensus.consensusFasta.Gather.sh
│ │ ├── callVariantsWithConsensus.consensusFastq.Gather.sh
│ │ ├── callVariantsWithConsensus.contig_list.Scatter.sh
│ │ ├── callVariantsWithConsensus.variantsGff.Gather.sh
│ │ ├── enrichAlnSummary.sh
│ │ ├── makeBed.sh
│ │ ├── makeVcf.sh
│ │ ├── writeContigList.sh
│ │ └── zipVariants.sh
│ ├── P_Mapping
│ │ ├── align_001of001.sh
│ │ ├── align.cmpH5.Gather.sh
│ │ ├── covGFF.sh
│ │ ├── gff2Bed.sh
│ │ ├── loadChemistry.sh
│ │ ├── repack.sh
│ │ ├── samBam.sh
│ │ ├── sort.sh
│ │ └── unmapped.sh
│ ├── P_MappingReports
│ │ ├── coverageJsonReport.sh
│ │ └── statsJsonReport.sh
│ ├── P_ModificationDetection
│ │ ├── addModificationsToAlignmentSummary.sh
│ │ ├── computeModifications_001of001.sh
│ │ ├── computeModifications.contig_list.Scatter.sh
│ │ ├── computeModifications.modificationsCsv.Gather.sh
│ │ ├── computeModifications.modificationsGff.Gather.sh
│ │ ├── computeModifications.tempKineticsH5.Gather.sh
│ │ ├── copyIpdSummary.sh
│ │ ├── modificationJsonReport.sh
│ │ └── writeContigList.sh
│ ├── P_MotifFinder
│ │ ├── findMotifs.sh
│ │ ├── makeMotifGff.sh
│ │ └── makeMotifPlot.sh
│ ├── PostWorkflow.details.dot
│ ├── PostWorkflow.details.html
│ ├── PostWorkflow.details.svg
│ ├── PostWorkflow.profile.html
│ ├── PostWorkflow.rdf
│ ├── PostWorkflow.summary.dot
│ ├── PostWorkflow.summary.html
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│ ├── Workflow.details.dot
│ ├── Workflow.details.html
│ ├── Workflow.details.svg
│ ├── Workflow.profile.html
│ ├── Workflow.rdf
│ ├── Workflow.summary.dot
│ ├── Workflow.summary.html
│ └── Workflow.summary.svg
├── index.html
├── input.fofn
├── input.xml
├── job.sh
├── metadata.rdf
├── settings.xml
├── smrtpipe.stderr
├── smrtpipe.stdout
├── toc.xml
└── vis.jnlp
###RS_Modification_Detection.1###
├── data
│ ├── filtered_regions
│ │ ├── m140426_093105_42194_c110042112550000001823110806241434_s1_p0.1.rgn.h5
│ │ ├── m140426_093105_42194_c110042112550000001823110806241434_s1_p0.2.rgn.h5
│ │ └── m140426_093105_42194_c110042112550000001823110806241434_s1_p0.3.rgn.h5
│ ├── aligned_reads.bam
│ ├── aligned_reads.bam.bai
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│ ├── chemistry_mapping.xml
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│ ├── data.items.json
│ ├── data.items.pickle
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│ ├── filtered_summary.csv
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│ ├── slots.pickle
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│ ├── unmappedSubreads.fasta
│ ├── variants.bed
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│ └── variants.vcf
├── log
│ ├── P_ConsensusReports
│ │ ├── topVariantsReport.log
│ │ └── variantsJsonReport.log
│ ├── P_Fetch
│ │ ├── adapterRpt.log
│ │ ├── getChemistry.log
│ │ ├── overviewRpt.log
│ │ └── toFofn.log
│ ├── P_Filter
│ │ ├── filter_001of001.log
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│ │ ├── filter.rgnFofn.Gather.log
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│ │ ├── subreads_001of001.log
│ │ ├── subreads.subreadFastq.Gather.log
│ │ ├── subreads.subreads.Gather.log
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│ │ ├── statsRpt.log
│ │ └── subreadRpt.log
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│ │ ├── callVariantsWithConsensus_001of001.log
│ │ ├── callVariantsWithConsensus.consensusFasta.Gather.log
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│ │ ├── enrichAlnSummary.log
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│ │ ├── writeContigList.log
│ │ └── zipVariants.log
│ ├── P_Mapping
│ │ ├── align_001of001.log
│ │ ├── align.cmpH5.Gather.log
│ │ ├── covGFF.log
│ │ ├── gff2Bed.log
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│ ├── P_MappingReports
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│ │ └── statsJsonReport.log
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│ ├── master.log
│ └── smrtpipe.log
├── movie_metadata
│ └── m140426_093105_42194_c110042112550000001823110806241434_s1_p0.metadata.xml
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│ ├── filter_reports_filter_subread_stats.json
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│ ├── mapped_subreadlength_histogram_thumb.png
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│ ├── top_variants_report.html
│ ├── top_variants_report.json
│ ├── variants_plot_c97c20a06416e1ec126e2e280fb0a963.png
│ ├── variants_plot_c97c20a06416e1ec126e2e280fb0a963_thumb.png
│ ├── variants_plot_legend.png
│ ├── variants_report.html
│ └── variants_report.json
├── workflow
│ ├── P_ConsensusReports
│ │ ├── topVariantsReport.sh
│ │ └── variantsJsonReport.sh
│ ├── P_Fetch
│ │ ├── adapterRpt.sh
│ │ ├── getChemistry.sh
│ │ ├── overviewRpt.sh
│ │ └── toFofn.sh
│ ├── P_Filter
│ │ ├── filter_001of001.sh
│ │ ├── filter.plsFofn.Scatter.sh
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│ │ ├── filter.summary.Gather.sh
│ │ ├── subreads_001of001.sh
│ │ ├── subreads.subreadFastq.Gather.sh
│ │ ├── subreads.subreads.Gather.sh
│ │ └── subreadSummary.sh
│ ├── P_FilterReports
│ │ ├── loadingRpt.sh
│ │ ├── statsRpt.sh
│ │ └── subreadRpt.sh
│ ├── P_GenomicConsensus
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│ │ ├── callVariantsWithConsensus.variantsGff.Gather.sh
│ │ ├── enrichAlnSummary.sh
│ │ ├── makeBed.sh
│ │ ├── makeVcf.sh
│ │ ├── writeContigList.sh
│ │ └── zipVariants.sh
│ ├── P_Mapping
│ │ ├── align_001of001.sh
│ │ ├── align.cmpH5.Gather.sh
│ │ ├── covGFF.sh
│ │ ├── gff2Bed.sh
│ │ ├── loadChemistry.sh
│ │ ├── repack.sh
│ │ ├── samBam.sh
│ │ ├── sort.sh
│ │ └── unmapped.sh
│ ├── P_MappingReports
│ │ ├── coverageJsonReport.sh
│ │ └── statsJsonReport.sh
│ ├── P_ModificationDetection
│ │ ├── addModificationsToAlignmentSummary.sh
│ │ ├── computeModifications_001of001.sh
│ │ ├── computeModifications.contig_list.Scatter.sh
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│ │ ├── computeModifications.tempKineticsH5.Gather.sh
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│ ├── PostWorkflow.details.html
│ ├── PostWorkflow.details.svg
│ ├── PostWorkflow.profile.html
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│ ├── Workflow.details.html
│ ├── Workflow.details.svg
│ ├── Workflow.profile.html
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├── index.html
├── input.fofn
├── input.xml
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└── vis.jnlp
###RS_ReadsOfInsert.1###
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│ ├── m140330_205701_42160_c100646422550000001823121309101414_s1_p0.1.ccs.fasta
│ ├── m140330_205701_42160_c100646422550000001823121309101414_s1_p0.1.ccs.fastq
│ ├── m140330_205701_42160_c100646422550000001823121309101414_s1_p0.1.ccs.h5
│ ├── m140330_205701_42160_c100646422550000001823121309101414_s1_p0.2.bc.h5
│ ├── m140330_205701_42160_c100646422550000001823121309101414_s1_p0.2.ccs.fasta
│ ├── m140330_205701_42160_c100646422550000001823121309101414_s1_p0.2.ccs.fastq
│ ├── m140330_205701_42160_c100646422550000001823121309101414_s1_p0.2.ccs.h5
│ ├── m140330_205701_42160_c100646422550000001823121309101414_s1_p0.3.bc.h5
│ ├── m140330_205701_42160_c100646422550000001823121309101414_s1_p0.3.ccs.fasta
│ ├── m140330_205701_42160_c100646422550000001823121309101414_s1_p0.3.ccs.fastq
│ ├── m140330_205701_42160_c100646422550000001823121309101414_s1_p0.3.ccs.h5
│ ├── reads_of_insert.fasta
│ ├── reads_of_insert.fastq
│ └── slots.pickle
├── log
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│ │ ├── barcodeJsonReport.log
│ │ ├── emitFastqs.log
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│ │ ├── generateCCS_001of001.log
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│ │ ├── generateCCS.inputPlsFofn.Scatter.log
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│ │ └── toReadsOfInsertFofn.log
│ ├── P_Fetch
│ │ ├── adapterRpt.log
│ │ ├── getChemistry.log
│ │ ├── overviewRpt.log
│ │ └── toFofn.log
│ ├── master.log
│ └── smrtpipe.log
├── movie_metadata
│ └── m140330_205701_42160_c100646422550000001823121309101414_s1_p0.metadata.xml
├── results
│ ├── adapter_observed_insert_length_distribution.png
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│ ├── barcode_report.html
│ ├── barcode_report.json
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│ ├── overview.json
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├── workflow
│ ├── P_Barcode
│ │ ├── barcodeJsonReport.sh
│ │ ├── emitFastqs.sh
│ │ ├── labelZMWs_001of001.sh
│ │ └── labelZMWs.barcodeFofn.Gather.sh
│ ├── P_CCS
│ │ ├── gatherFastx.sh
│ │ ├── generateCCS_001of001.sh
│ │ ├── generateCCS.ccsSentinel.Gather.sh
│ │ ├── generateCCS.inputPlsFofn.Scatter.sh
│ │ ├── readsOfInsertJsonReport.sh
│ │ └── toReadsOfInsertFofn.sh
│ ├── P_Fetch
│ │ ├── adapterRpt.sh
│ │ ├── getChemistry.sh
│ │ ├── overviewRpt.sh
│ │ └── toFofn.sh
│ ├── Workflow.details.dot
│ ├── Workflow.details.html
│ ├── Workflow.details.svg
│ ├── Workflow.profile.html
│ ├── Workflow.rdf
│ ├── Workflow.summary.dot
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├── index.html
├── input.fofn
├── input.xml
├── job.sh
├── metadata.rdf
├── reads_of_insert.fofn
├── settings.xml
├── smrtpipe.stderr
├── smrtpipe.stdout
└── toc.xml
###RS_Resequencing.1###
├── data
│ ├── filtered_regions
│ │ ├── m140515_083939_42161_c100569172550000001823095301191501_s1_p0.1.rgn.h5
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│ │ └── m140515_083939_42161_c100569172550000001823095301191501_s1_p0.3.rgn.h5
│ ├── aligned_reads.bam
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│ ├── chemistry_mapping.xml
│ ├── consensus.fasta.gz
│ ├── consensus.fastq.gz
│ ├── contig_ids.txt
│ ├── coverage.bed
│ ├── data.items.json
│ ├── data.items.pickle
│ ├── filtered_regions.fofn
│ ├── filtered_subreads.fasta
│ ├── filtered_subreads.fastq
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│ ├── filtered_summary.csv
│ ├── slots.pickle
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│ ├── variants.bed
│ ├── variants.gff.gz
│ └── variants.vcf
├── log
│ ├── P_ConsensusReports
│ │ ├── topVariantsReport.log
│ │ └── variantsJsonReport.log
│ ├── P_Fetch
│ │ ├── adapterRpt.log
│ │ ├── getChemistry.log
│ │ ├── overviewRpt.log
│ │ └── toFofn.log
│ ├── P_Filter
│ │ ├── filter_001of001.log
│ │ ├── filter.plsFofn.Scatter.log
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│ │ ├── subreads_001of001.log
│ │ ├── subreads.subreadFastq.Gather.log
│ │ ├── subreads.subreads.Gather.log
│ │ └── subreadSummary.log
│ ├── P_FilterReports
│ │ ├── loadingRpt.log
│ │ ├── statsRpt.log
│ │ └── subreadRpt.log
│ ├── P_GenomicConsensus
│ │ ├── callVariantsWithConsensus_001of001.log
│ │ ├── callVariantsWithConsensus.consensusFasta.Gather.log
│ │ ├── callVariantsWithConsensus.consensusFastq.Gather.log
│ │ ├── callVariantsWithConsensus.contig_list.Scatter.log
│ │ ├── callVariantsWithConsensus.variantsGff.Gather.log
│ │ ├── enrichAlnSummary.log
│ │ ├── makeBed.log
│ │ ├── makeVcf.log
│ │ ├── writeContigList.log
│ │ └── zipVariants.log
│ ├── P_Mapping
│ │ ├── align_001of001.log
│ │ ├── align.cmpH5.Gather.log
│ │ ├── covGFF.log
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│ │ ├── samBam.log
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│ ├── P_MappingReports
│ │ ├── coverageJsonReport.log
│ │ └── statsJsonReport.log
│ ├── master.log
│ └── smrtpipe.log
├── movie_metadata
│ └── m140515_083939_42161_c100569172550000001823095301191501_s1_p0.metadata.xml
├── results
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│ ├── adapter_observed_insert_length_distribution_thumb.png
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│ ├── coverage_plot_c4ca4238a0b923820dcc509a6f75849b_thumb.png
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│ ├── filtered_subread_report_thmb.png
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│ ├── filter_reports_filter_stats.json
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│ ├── filter_reports_filter_subread_stats.json
│ ├── filter_reports_loading.html
│ ├── filter_reports_loading.json
│ ├── mapped_readlength_histogram.png
│ ├── mapped_readlength_histogram_thumb.png
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│ ├── post_filter_readlength_histogram_thumb.png
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│ ├── post_filterread_score_histogram_thumb.png
│ ├── pre_filter_readlength_histogram.png
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│ ├── pre_filterread_score_histogram_thumb.png
│ ├── top_variants_report.html
│ ├── top_variants_report.json
│ ├── variants_plot_c4ca4238a0b923820dcc509a6f75849b.png
│ ├── variants_plot_c4ca4238a0b923820dcc509a6f75849b_thumb.png
│ ├── variants_plot_legend.png
│ ├── variants_report.html
│ └── variants_report.json
├── workflow
│ ├── P_ConsensusReports
│ │ ├── topVariantsReport.sh
│ │ └── variantsJsonReport.sh
│ ├── P_Fetch
│ │ ├── adapterRpt.sh
│ │ ├── getChemistry.sh
│ │ ├── overviewRpt.sh
│ │ └── toFofn.sh
│ ├── P_Filter
│ │ ├── filter_001of001.sh
│ │ ├── filter.plsFofn.Scatter.sh
│ │ ├── filter.rgnFofn.Gather.sh
│ │ ├── filter.summary.Gather.sh
│ │ ├── subreads_001of001.sh
│ │ ├── subreads.subreadFastq.Gather.sh
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│ │ ├── loadingRpt.sh
│ │ ├── statsRpt.sh
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│ ├── P_GenomicConsensus
│ │ ├── callVariantsWithConsensus_001of001.sh
│ │ ├── callVariantsWithConsensus.consensusFasta.Gather.sh
│ │ ├── callVariantsWithConsensus.consensusFastq.Gather.sh
│ │ ├── callVariantsWithConsensus.contig_list.Scatter.sh
│ │ ├── callVariantsWithConsensus.variantsGff.Gather.sh
│ │ ├── enrichAlnSummary.sh
│ │ ├── makeBed.sh
│ │ ├── makeVcf.sh
│ │ ├── writeContigList.sh
│ │ └── zipVariants.sh
│ ├── P_Mapping
│ │ ├── align_001of001.sh
│ │ ├── align.cmpH5.Gather.sh
│ │ ├── covGFF.sh
│ │ ├── gff2Bed.sh
│ │ ├── loadChemistry.sh
│ │ ├── repack.sh
│ │ ├── samBam.sh
│ │ ├── sort.sh
│ │ └── unmapped.sh
│ ├── P_MappingReports
│ │ ├── coverageJsonReport.sh
│ │ └── statsJsonReport.sh
│ ├── PostWorkflow.details.dot
│ ├── PostWorkflow.details.html
│ ├── PostWorkflow.details.svg
│ ├── PostWorkflow.profile.html
│ ├── PostWorkflow.rdf
│ ├── PostWorkflow.summary.dot
│ ├── PostWorkflow.summary.html
│ ├── PostWorkflow.summary.svg
│ ├── Workflow.details.dot
│ ├── Workflow.details.html
│ ├── Workflow.details.svg
│ ├── Workflow.profile.html
│ ├── Workflow.rdf
│ ├── Workflow.summary.dot
│ ├── Workflow.summary.html
│ └── Workflow.summary.svg
├── index.html
├── input.fofn
├── input.xml
├── job.sh
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###RS_Subreads.1###
├── data
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│ ├── chemistry_mapping.xml
│ ├── data.items.json
│ ├── data.items.pickle
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│ ├── filtered_summary.csv
│ └── slots.pickle
├── log
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│ │ ├── getChemistry.log
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├── movie_metadata
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│ ├── overview.html
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│ ├── P_Fetch
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│ ├── Workflow.details.dot
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├── index.html
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