• Para todo instalador, debemos escoger aquel que corresponda con la arquitectura de la computadora. Generalmente, las nuevas computadoras son de 64-bit. Pero, debes verificarlo primero.

• Antes de ejecutar el instalador de cualquier programa, da click derecho y escoge la opción de 'Ejecutar como administrador'.

R es un software para el análisis de datos. Es uno de los programas más populares para los biólogos y muchos otros profesionales de diferentes disciplinas. Inicialmente basado en un popular software comercial, R fue re-escrito y liberado como software libre. Debido a esto, miles de colaboradores han extendido R con diferentes funcionalidades, muchas de ellas en el campo de la biología. Esto también se debe al gran trabajo del núcleo de mantenedores, quienes han normalizado todo el proceso de extender las funcionalidades de R, y a organizaciones como RStudio, quienes han hecho accesible muchos de estos procedimientos.

Descarga R aquí. Si tienes problemas para encontrar el instalador apropiado, revisa la arquitectura de la computadora (32 bit o 64 bit) y escribe en un buscador como Google: Download R for <32><64>bit (según tu sistema).

En el link anterior, ubica tu sistema operativo, e instala R con derechos de administrador, siguiendo los pasos del instalador.

RStudio es una organización que ha desarrollado una interfase para trabajar en R. Ellos mantienen un grupo de reconocidos desarrolladores del software y han creado paquetes realmente útiles. Durante el curso, vamos a utilizar muchos de ellos. Pero mientras tanto, descarga RStudio aquí. Asegúrate de encontrar el sistema operativo que corresponde a tu ordenador.

Aquí un vídeo que resume los pasos anteriores Instalar R y RStudio en Windows

Libreoffice es un conjunto de programas y software de distribución libre que funciona como alternativa o complemento de MS Office. Utilizaremos Libreoffice sobretodo para utilizar el software Base que permite crear bases de datos locales, o crear una interfase (front-end) y conectarse a bases de datos existentes (back-end).

Escoge la opción más reciente aquí

Mendeley es un gestor de referencias bibliográficas. Tiene una versión en línea y otra local (Mendeley Desktop). Con Medeley puedes archivar la información bibliográfica de artículos científicos, libros, reportes, conferencias, etc. Una vez que toda la información importante se ha cargado, Mendeley automáticamente dará el formato apropiado según el estilo de revista o manual de citación que se le indique.

Mendeley tiene una herramienta para uso directo en paquetes de oficina, como Microsoft Word o Libreoffice Writer. Pero también puede exportar en formato BibTex, que será el que utilizaremos en el curso.

Descarga Mendeley aquí

Este video muestra los pasos de instalación. Solo omite los pasos relacionados con la Universidad de Navarra, porque el tutorial está hecho para sus estudiantes. Todo lo demás, son procedimientos normales de instalación y uso. Durante el curso veremos específicamente, cómo utilizar Mendeley y Rmarkdown.

• Una vez instalado el programa, ve a Tools --> Options --> Document Details.

• Para cada Tipo de Documento (Document Type), asegúrate de marcar Citation Key.

• Ve a la pestaña Bibtex, y marca

  • Escape LaTeX special characters

  • Enable Bibtex syncing

  • Create one Bibtex file per group. (escoge una ruta apropiada)

Latex es un programa diseñado para dar una presentación impecable a documentos científicos. Su aprendizaje es algo lento y tedioso, pero gracias a los desarrolladores de RStudio, podemos utilizar el poder de Latex, utilizando un lenguaje mucho más sencillo llamado markdown.

En RStudio, escribiremos nuestros reportes en un archivo .Rmd, que significa Rmarkdown. Este es un paquete que permite la integración de markdown con trozos de código de R. Internamente, RStudio convierte los textos .Rmd a Latex (un archivo con extensión .tex. Luego, en el mismo proceso, este último archivo se convierte a un PDF con calidad de publicación.

Latex manejará muchos elementos de formato por nosotros, como la numeración de figuras, secciones, ecuaciones, cuadros, etc. Y construirá tablas de contenido automáticamente si se lo pedimos. La edición de ecuaciones es una de las características más sobresalientes de Latex, y es muy utilizado en revistas científicas de matemática.

Existe una opción más conveniente para instalar Latex, desde R y RStudio. Esta es una distribución reciente, cuyo objetivo es distribuir una versión compacta de Latex y de fácil mantenimiento.

Para instalar TinyTex, primero debes desintalar cualquier otra distribución de Latex. Luego abre RStudio, y corre las siguientes líneas:

install.packages(c('tinytex', 'rmarkdown'))
tinytex::install_tinytex()

El proceso puede tardar hasta una hora. Primero nos advierte que en determinado momento saldrán dos errores, pero podemos ignorarlos. Luego debemos reiniciar RStudio cuando el proceso termine.

Latex, al igual que R, utiliza paquetes para extender su funcionalidad. En algún momento, los paquetes pueden quedar desactualizados y causar problemas. Para actualizar los paquetes que utiliza el procesador de texto, podemos utilizar el siguiente comando:

tinytex::tlmgr_update()    

Es posible que al correr un archivo rmarkdown nos aparezca el siguiente error:

! LaTeX Error: File `framed.sty' not found.

Type X to quit or <RETURN> to proceed,
or enter new name. (Default extension: sty)

Observamos que hace falta un archivo llamado framed.sty, pero podría ser cualquier otro nombre.

Lo que hacemos es correr los siguientes comandos

library(tinytex)
tlmgr_search('/framed.sty')  # search for framed.sty

Una vez ubicado el nombre del paquete de Latex que contiene el archivo, corremos la siguiente línea:

tlmgr_install('framed')  # Ojo, cambiar el nombre del paquete si en su caso es diferente.

En un futuro, un documento que se procesaba con normalidad, puede arrojar el siguiente error:

Remote repository newer than local

En ese caso, la solución es actualizar tinytex con el siguiente comando en la terminal de R:

tinytex::reinstall_tinytex()

Click aquí para más información de tinytex.

Se aconseja leer este tutorial antes de la instalación. También es aconsejable instalar el Miktex Net Installer. Este es un asistente de instalación. Si escoges instalación completa, entonces debes tener suficiente espacio en disco, y una buena conexión a Internet. Con este asistente primero se descargan los archivos, y luego hay que indicarle que instale esos archivos en la computadora. Este video muestra cómo hacerlo con el Net Installer (hasta el minuto 3:00).

Descarga Latex. Observa tu sistema operativo y arquitectura. Si te pregunta Install packages on the fly, click en yes.

• Instala el programa con derechos de administrador.

• Digita miktex console, en el menú de inicio.

• Click en Restart as administrator.

• Buscar la pestaña Updates y dar click en check for updates. Probablemente, primero actualice los archivos principales. Luego, hay que correr check for updates de nuevo, para actualizar los archivos secundarios.

• Ve a la pestaña packages, escribir xetex en el filtro, y asegurarse que los siguientes paquetes estén instalados:

  • ifxetex

  • miktex-fribidixetex-bin-x64-2.9

  • miktex-xetex

  • miktex-xetex-bin-x64-2.9

  • xetex

  • xetex-pstricks

  • xetexfontinfo

  • xetexref

NOTA 1: Si durante la instalación se piden permisos para instalar Bibtex y MakeIndex, dale OK. Son extensiones importantes que vamos a necesitar.

NOTA 2: Mientras Miktex corre las actualizaciones, se deben cerrar todas las aplicaciones en Windows.

NOTA 3: Reinicia la computadora, una vez que se instaló Miktex.

Git es el software para control de versión de nuestros proyectos. De esta forma, podemos tener la seguridad de que siempre trabajamos en la última versión de un proyecto. También facilita la detección y corrección de errores, en un documento.

A diferencia de los sistemas tradicionales de revisión, Git controla una gran cantidad de tipos de archivos. Esto es muy útil al trabajar documentos de Rmarkdown, que involucran texto plano con trozos de código en R. Algo que no podríamos hacer de otra forma.

La curva de aprendizaje en Git es algo lenta. Pero, para eso vamos a dedicar trabajo independiente y en clase. De manera, que todas las dudas se resuelvan en las primeras semanas, y así avanzar con el trabajo grupal e individual.

Lo primero es descargar el software:

• Windows

• Mac

En Windows es muy importante verificar que el sistema sepa donde se encuentra el ejecutable de Git, y Miktex. Si se sigue la instalación estándar, Git debería estar en la siguiente ruta C:\Program files\Git\cmd, y Miktex debería estar en C:\Program Files\MiKTeX 2.9\miktex\bin\x64\. Si fue instalado en otra carpeta, entonces debe buscar la dirección que corresponde.

Posteriormente, vaya a Panel de control\Todos los elementos de Panel de control\Sistema. Busque a la izquierda un enlace a Configuración avanzada del sistema. Esto abrirá una ventana nueva. Busque Opciones avanzadas. Luego, haga click en variables de entorno. Dentro del cuadro de variables del sistema, ubique el cursor en Path. Luego haga click en Editar.

Esto abrirá una nueva ventana. Si la ruta C:\Program files\Git\cmd (o la correspondiente en su ordenador), y C:\Program Files\MiKTeX 2.9\miktex\bin\x64\, se encuentran dentro de las direcciones mostradas, todo está bien. De lo contrario, haga click en Nuevo y agregue la dirección. Finalmente, acepte todas las ventanas hasta regresar al Panel de control.

Este procedimiento hace que RStudio sepa dónde buscar las funciones de Git y Miktex.

Una vez en RStudio, buscamos el panel de paquetes o packages, da click en install y digita rmarkdown. La casilla instalar dependencias debe estar marcada.

Este es el procedimiento para instalar cualquier paquete en R

En RStudio, buscamos nuevo archivo --> R Markdown. Probablemente nos pedirá instalar algunos programas adicionales. Entonces damos OK a todo.

Escoge el formato PDF y OK.

Ubica el botón knit to PDF. Luego de un momento, debería generarse un PDF con un poco de texto demostrativo de cómo utilizar rmarkdown.

Trata de modificar algunas líneas, y explorar las opciones.

• Get Started

• Quick reference

• Cheatsheet

IMPORTANTE. Escoge una carpeta que no esté sincronizada en la nube, o pausa la sincronización, mientras trabajes en el documento.

En la consola de R digita las siguientes líneas:

install.packages("devtools")
devtools::install_github("dawidh15/DMtemplates")

Luego busca Archivo --> Nuevo Archivo --> R Markdown. Luego, buscar la opción Desde plantilla (From Template), y escoger Reporte APA (DMtemplates). Escoge alguna carpeta para guardar los archivos. Luego da click en knit. Un reporte PDF con varios tips de escritura debería generarse.

Máxima es un software libre que permite manipulaciones algebraicas de expresiones. A diferencia de R, cuyo funcionamiento se basa en el análisis numérico de cantidades, Máxima no necesita que se especifiquen cantidades numéricas a las expresiones.

Maxima es útil para resolver una enorme cantidad de problemas, como: despejes algebraicos, encontrar límites, diferenciar, integrar, resolver ecuaciones diferenciales, entre otros. Es una herramienta muy útil, que no reemplaza el conocimiento matemático, pero sin duda agiliza la resolución de problemas.

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