WebScrapBook 內建的站台索引器支援讀取 ScrapBook X 資料夾的後設資料，因此只須進入站台索引器，選擇 ScrapBook X 資料夾，即可為其建立索引，之後到生成的 tree/map.html 或 tree/frame.html 頁面即可檢視原來的 ScrapBook X 資料樹。

完成索引後，建議刪除 ScrapBook X 產生的設定資料，尤其是主資料夾下的 scrapbook.rdf，以免日後再次建立索引時因讀到舊設定值造成混亂。

假設要把 C:\User\Test\ScrapBook 匯入到 C:\User\Test\WebScrapBook：

1. 將 C:\User\Test\ScrapBook 複製到 C:\User\Test\WebScrapBook。
2. C:\User\Test\WebScrapBook 中 data/、icon/、scrapbook.rdf、及其他自建檔案以外的檔案和資料夾皆對 WebScrapBook 沒有作用（未來也沒有計畫支援），可以安全地刪除。（亦可保留供日後參考。）
3. 進入站台索引器（工具列按鈕 > 建立站台索引）。
4. 把 C:\User\Test\WebScrapBook 拖放入站台索引器的分頁，等待索引完成。
5. 把產生的 ZIP 檔中的檔案解壓縮放回 C:\User\Test\WebScrapBook。（例：ZIP 檔案中的 tree\ 會放到 C:\User\Test\WebScrapBook\tree\）
6. 開啟 C:\User\Test\WebScrapBook\tree\map.html 或 C:\User\Test\WebScrapBook\tree\frame.html 檢查能否看到原來的 ScrapBook X 資料樹。如果可以即大工告成。
7. 刪除 C:\User\Test\WebScrapBook\scrapbook.rdf 以免下次對 C:\User\Test\WebScrapBook 建立索引時發生衝突。

若有打算對 C:\User\Test\WebScrapBook 執行後端伺服器，可在上述流程後對 C:\User\Test\WebScrapBook 執行後端伺服器，或者也可以改用以下步驟：

1. 將 C:\User\Test\ScrapBook 複製到 C:\User\Test\WebScrapBook。
2. 視需要將 C:\User\Test\WebScrapBook 中 data/、icon/、scrapbook.rdf、及其他自建檔案以外的檔案和資料夾刪除。（見上 2.）
3. 在 C:\User\Test\WebScrapBook 執行後端伺服器。到 工具列按鈕 > 選項 設定後端伺服器的網址、使用者、及密碼。
4. 進入站台索引器（工具列按鈕 > 建立站台索引）。
5. 點擊 索引伺服器資料，等待索引完成。
6. 到 工具列按鈕 > 開啟剪貼簿（如果已開啟，則點擊 ↻ 重新整理），檢查能否看到原來的 ScrapBook X 資料樹。如果可以即大工告成。
7. 刪除 C:\User\Test\WebScrapBook\scrapbook.rdf 以免下次對 C:\User\Test\WebScrapBook 建立索引時發生衝突。