Autofirma disposa d'un diàleg de selecció de certificats amb una funcionalitat ampliada respecte al de Microsoft Windows 7, al qual emula. Este diàleg té el següent aspecte, amb les seues diferents parts numerades:

Estes parts del diàleg són:

1. Botó de refresc: Recàrrega els certificats del magatzem actual. Molt útil quan s'insereix una targeta intel·ligent després de la càrrega de l'aplicatiu i volem que el diàleg reflectisca este canvi. També pot usar-se la tecla F5 refrescar el diàleg.
2. Botó de canvi de magatzem de certificats: Si no volem usar el magatzem de certificats per defecte, podem seleccionar ací un altre magatzem d'entre les opcions disponibles per al sistema operatiu actual (PKCS#12/PFX, magatzem de Firefox, DNI, etc). En el cas de Linux, no serà possible canviar entre el magatzem del sistema i el del navegador (es carregarà el corresponent al navegador), encara que sí que es podrà canviar a DNIe o magatzems en fitxer. Si no apareix este botó o apareix desactivat, l'operació s'haurà executat des d'una aplicació web i aquesta haurà restringit l'ús al magatzem carregat actualment.
3. Botó d'ajuda: Obri el navegador Web amb esta mateixa pàgina d'ajuda.
4. Botó de vista de certificats: Permet canviar entre diverses vistes de certificats. Esta opció està enfocada a usuaris que utilitzen tipus de certificats dels quals no poden veure les dades rellevants mitjançant la vista per defecte.
5. Línia de certificat: Per cada certificat disponible per a signar, es mostra una línia amb els seus detalls.

Al seu torn, la línia de certificats té els següents elements:

1. Icona del certificat: Alguns tipus de certificats (DNIe, FNMT, CNP, etc.) tindrà una icona personalitzada per a distingir-lo més fàcilment, la resta apareixeran una icona genèrica.
2. Dades del certificat: Informació extreta del certificat per a permetre la seua identificació. Per defecte, es destacarà el nom comú del propietari del certificat i es mostrarà també l'emissor i l'ús declarat. No obstant això, estes dades poden canviar segons la vista de certificat seleccionada.
3. Període de validesa del certificat: Interval de temps dins del qual el certificat és vàlid. Si el certificat es troba fora del període de validesa o és pròxim a caducar, es mostrarà una icona d'advertiment al costat de la icona del certificat.
4. Enllaç per a veure detalls del certificat: Crida al visor de certificats del sistema operatiu.

El primer element, la icona del certificat, es mostrarà amb diferent aparença segons l'estat del període de validesa del certificat:

Certificat en període de validesa.

Certificat pròxim a caducar.

Certificat caducat o encara no vàlid. És possible que l'aplicació configure que no es mostren este tipus de certificats.