Autofirma dispón dun diálogo de selección de certificados cunha funcionalidade ampliada respecto do de Microsoft Windows 7, ao que emula. Este diálogo ten o seguinte aspecto, coas súas distintas partes numeradas:

Estas partes do diálogo son:

1. Botón de refresco: Recarga os certificados do almacén actual. Moi útil cando se insere un cartón intelixente tras a carga da aplicación e queremos que o diálogo reflicta este cambio. Tamén pode usarse a tecla F5 refrescar o diálogo.
2. Botón de cambio de almacén de certificados: Se non queremos usar o almacén de certificados por defecto, podemos seleccionar aquí outro almacén de entre as opcións dispoñibles para o sistema operativo actual (PKCS#12/PFX, almacén de Firefox, DNI, etc.). No caso de Linux, non será posible cambiar entre o almacén do sistema e o do navegador (cargarase o correspondente ao navegador), aínda que si se poderá cambiar a DNIe ou almacéns en ficheiro. Se non aparece este botón ou aparece desactivado, a operación executouse desde unha aplicación web e esta restrinxiría o uso ao almacén cargado actualmente.
3. Botón de axuda: Abre o navegador Web con esta mesma páxina de axuda.
4. Botón de vista de certificados: Permite cambiar entre varias vistas de certificados. Esta opción está enfocada a usuarios que utilizan tipos de certificados dos que non poden ver os datos relevantes mediante a vista por defecto.
5. Liña de certificado: Por cada certificado dispoñible para asinar, móstrase unha liña cos seus detalles.

Á súa vez, a liña de certificados ten os seguintes elementos:

1. Icona do certificado: Algúns tipos de certificados (DNIe, FNMT, CNP, etc.) terá unha icona personalizada para distinguilo máis facilmente, o resto aparecerán unha icona xenérica.
2. Datos do certificado: Información extraída do certificado para permitir a súa identificación. Por defecto, destacarase o nome común do propietario do certificado e mostrarase tamén o emisor e o uso declarado. Con todo, estes datos poden cambiar segundo a vista de certificado seleccionada.
3. Período de validez do certificado: Intervalo de tempo dentro do que o certificado é válido. Se o certificado atópase fóra do período de validez ou está próximo a caducar, mostrarase unha icona de advertencia xunto á icona do certificado.
4. Ligazón para ver detalles do certificado: Chama ao visor de certificados do sistema operativo.

O primeiro elemento, a icona do certificado, mostrarase con distinta aparencia segundo o estado do período de validez do certificado:

Certificado en período de validez.

Certificado próximo a caducar.

Certificado caducado ou aínda non válido. É posible que a aplicación configure que non se mostren este tipo de certificados.