A vegades pot ocórrer que el navegador no detecta l'extracció o introducció una targeta intel·ligent en el lector, per la qual cosa, si no hem introduït la targeta prèviament al fet que s'arranque Autofirma, no es trobarà el certificat.

També pot ocórrer que, una vegada carregat Autofirma, s'extraga la targeta i, en realitzar una operació de signatura, el navegador mostre els certificats de la targeta encara que ja no siga present. En este cas, la signatura fallarà en intentar utilitzar eixe certificat.

Si no veu els seus certificats en diàleg de selecció o si els veu encara després d'extraure la targeta intel·ligent del lector, pot forçar a la recàrrega del magatzem mitjançant el botó d'actualitzar del diàleg de selecció de certificats. Si Autofirma segueix sense carregar correctament els seus certificats, prove d'inserir la targeta abans d'iniciar l'operació de signatura.

En cas que no apareguen els certificats de la seua targeta intel·ligent en el diàleg de selecció de certificats, comprove que té instal·lat en el seu equip el controlador de la seua targeta. Assegure's que instal·la una versió del controlador amb la mateixa arquitectura que la seua versió d'Autofirma ja que és possible que, en cas de tindre diferent arquitectura (un de 32 bits i l'altre de 64 bits), Java no puga carregar el controlador.

Tinga en compte també que Autofirma o l'aplicació web que sol·licita la signatura poden estar filtrant els certificats que es mostren a l'usuari perquè només es mostren aquells que siguen compatibles. És comú ometre els certificats caducats i els certificats no aptes per a signatura. També es podrien filtrar els certificats segons el seu prestador.

En certes ocasions, quan s'usen targetes intel·ligents, en signar en Windows, l'operació finalitza amb error i es mostra en consola el missatge “El conjunt de claus no existeix” (o “Keyset does not exist” si se'l sistema operatiu està en anglés).

Este problema, que si bé pot donar-se en qualsevol versió de Windows és més comuna en Windows XP, no té solució, i es deu a una incompatibilitat de Java amb els controladors CAPI (CSP, MiniDriver, etc.) de la seua targeta intel·ligent.

Prove d'actualitzar tant l'entorn d'execució de Java com el controlador de la seua targeta a l'última versió disponible.

En cas que el problema persistisca, òbriga una incidència contra el proveïdor d'este maquinari/programari de magatzem de claus.

Moltes targetes intel·ligents no disposen dels controladors necessaris per al seu ús a través del clauer d'Apple (magatzem utilitzat per Autofirma quan s'usa a través de Safari, Chrome o com a aplicació d'escriptori). En el cas concret del DNIe i les targetes CERES, Autofirma és capaç d'utilitzar-lo per mitjà de JMulticard, el controlador Java que incorpora, però amb la resta de les targetes no és possible.

Per a utilitzar targetes criptogràfiques en macOS, instal·le els seus controladors PKCS#11 com a dispositius de seguretat en Mozilla Firefox i utilitze Autofirma a través d'este navegador.