VMDのセットアップ方法

1. ユーザ登録をまだ行っていない場合は http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD でユーザ名・パスワード等を登録する
2. MateriApps LIVE!を起動
3. 「MateriApps」メニューから「VMD Setup」を実行 (ターミナルでvmd-setupを直接実行しても良い)
4. ユーザ名とパスワードを入力し、「Install」をクリック
5. インストール完了のダイアログが出るまで数分程度待つ(実行状況はウィンドウに表示される)
6. スクリプトvmdが$HOME/binの下に、その他のファイルが$HOME/libexec/vmdの下にインストールされる

テストの実行方法

1. VMDの起動

   vmd

2. PDBからの構造データの読み込み

   a. Fileメニューから"New Molecule..."を選択する

   b. filename欄に適当なタンパクのコード(4文字)を入力(例: "1ubq")

   c. "Load"ボタンをクリックすると、自動的にPDBから構造データがダウンロードされ、OpenGL Displayに表示される