GettingStarted - cmsi/MateriAppsLive GitHub Wiki

MateriApps LIVE! / はじめの一歩

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ここでは, AkaiKKR, ALPS, BSA, CONQUEST, DCore, DDMRG, DSQSS, HPhi, LAMMPS, mVMC, OCTA, OpenMX, Quantum ESPRESSO, RESPACK, SALMON, SMASH, TeNeS, xTAPP & TAPIOCAについて簡単に説明します.

AkaiKKR

  1. 実行例(Coの例)

    1. /usr/share/akaikkr/in をコピー

       cp -rp /usr/share/akaikkr/in .

    2. out ディレクトリと data ディレクトリを作成

       mkdir out data

    3. AkaiKKRを実行

       specx < in/co

より詳しい情報は MateriApp LIVE! wiki の「AkaiKKRの情報」をご覧ください.

ALPS

  1. チュートリアル: /usr/share/alps/tutorials にサンプルファイルが格納されています.

  2. 実行例 (チュートリアル MC-02 古典MC、looper QMCコードによる磁化率の計算)

    1. チュートリアルをコピー

       cp -rp /usr/share/alps/tutorials/mc-02-susceptibilities .
 cd mc-02-susceptibilities

    2. Pythonスクリプトを順番に実行

       python3 tutorial2a.py
 python3 tutorial2b.py
 python3 tutorial2c.py
 python3 tutorial2d.py
 python3 tutorial2full.py

      Pythonスクリプトを実行する毎に結果がプロットされます. プロットウィンドウの右上の×印をクリックしてウィンドウを閉じると, Pythonスクリプトが終了します. 最後のスクリプトを実行すると, それまでの計算結果がまとめてプロットされます.

      boot

より詳しい情報は MateriApp LIVE! wiki の「ALPSの情報」をご覧ください.

BSA

  1. チュートリアル: /usr/share/bsa/Sample にサンプルファイルが格納されています.

  2. サンプルの実行

     new_bfss /usr/share/bsa/Sample/Ising-square-Binder.dat 1 0.42 1 0.9 1 0.1 > test.op 2>test.log
 new_bfss -c /usr/share/bsa/Sample/Ising-square-Binder.dat 1 0.42 1 0.9 1 0.1 > test_mc.op 2>test_mc.log

より詳しい情報は、BSA公式ページをご覧ください.

CONQUEST

  1. /usr/share/conquest/check にサンプルファイルが格納されています.

  2. サンプルの実行

     cp -rp /usr/share/conquest/check .
 cd check
 Conquest

  3. Conquest_outの内容をConquest_out.refと比較

より詳しい情報は、MateriApps CONQUESTページをご覧ください.

DCore

  1. チュートリアル: /usr/share/doc/dcore/doc/tutorial にサンプルファイルが格納されています.

  2. サンプルの実行

     cp -rp /usr/share/dcore/tutorial/square .
 cd square
 dcore_pre dmft_square.ini
 dcore dmft_square.ini --np 1
 dcore_check dmft_square.ini
 dcore_post dmft_square.ini --np 1
 cd post
 gnuplot -persistent square_akw.gp

より詳しい情報は、MateriApps DCoreページをご覧ください.

DDMRG (Dynamical DMRG)

  1. チュートリアル: /usr/share/ddmrg/example にサンプルファイルが格納されています.

  2. サンプルの実行

     cp -rp /usr/share/ddmrg/example .
 cd example
 DDMRG

より詳しい情報は、DDMRG公式ページをご覧ください.

DSQSS

  1. チュートリアル: /usr/share/dsqss/samples にサンプルファイルが格納されています.

  2. サンプルの実行

     cp -rp /usr/share/dsqss/samples .
 cd samples/dla/01_spindimer
 dla_pre std.toml
 dla param.in
 cat sample.log | grep ene

より詳しい情報は MateriApp LIVE! wiki の「DSQSSの情報」をご覧ください.

HPhi

  1. チュートリアル: /usr/share/hphi/samples にサンプルファイルが格納されています.

  2. サンプルの実行: スピンダイマーを完全対角化で解く

     cp -rp /usr/share/hphi/samples .
 cd samples/tutorial_1.1
 HPhi -s stan1.in

より詳しい情報は、MateriApps HPhiページをご覧ください.

LAMMPS

  1. チュートリアル: /usr/share/lammps/examples にサンプルファイルが格納されています.

  2. サンプルの実行: NaCl using the EIM potential

     mkdir eim
 cp /usr/share/lammps/examples/eim/* eim
 cd eim
 lmp -in in.eim

より詳しい情報は、MateriApps LAMMPSページをご覧ください.

mVMC

  1. チュートリアル: /usr/share/mvmc/sample にサンプルファイルが格納されています.

  2. サンプルの実行: 反強磁性 S=1/2 Heisenberg chain

     cp -rp /usr/share/mvmc/samples/Standard/Spin/HeisenbergChain .
 cd HeisenbergChain
 vmc -s StdFace.def

より詳しい情報は、MateriApps mVMCページをご覧ください.

OCTA

  1. チュートリアル: /usr/share/octa/tutorial にサンプルファイルが格納されています.

  2. サンプルの実行: Sushiによるポリマーブレンドの界面の計算

    1. インプットのコピーとSushiの実行

       cp /usr/share/octa/tutorial/sushi/Input/interface_uin.udf .
 sushi -Iinterface_uin.udf

    2. Gourmetによるグラフの描画

       gourmet interface_uot.pdf

      一番下のスライドバーを動かし、stepを1に変更する。SUSHIOutputフォルダを右クリックし、「Plot 1D field...」を選択。パラメータパネルが現れるので「OK」をクリックする

より詳しい情報は、MateriApps OCTAページをご覧ください.

OpenMX

  1. チュートリアル: /usr/share/openmx/work にサンプルファイルが格納されています.

  2. 実行例

    1. 実行用ディレクトリの作成とインプットのコピー

        mkdir openmx
  cp /usr/share/openmx/work/Methane.dat openmx
  cd openmx

    2. OpenMX の実行

        openmx Methane.dat

    3. 結果の確認

      http://www.openmx-square.org/openmx_man3.7/node16.html に掲載されている結果と比較

Quantum ESPRESSO

  1. チュートリアル: /usr/share/espresso/examples にサンプルファイルが格納されています.

  2. サンプルの実行:

     cp -rp /usr/share/espresso/examples .
 cd examples/PW/examples/example01
 ./run_example

より詳しい情報は、MateriApps Quantum ESPRESSOページをご覧ください.

RESPACK

  1. チュートリアル: /usr/share/respack/sample にサンプルファイルが格納されています.

  2. サンプルの実行:

     cp -rp /usr/share/respack/sample/xtapp/Al.fcc.6x6x6 .
 cd Al.fcc.6x6x6
 sh Al.sh

より詳しい情報は、MateriApps RESPACKページをご覧ください.

SALMON

  1. チュートリアル: /usr/share/salmon/samples にサンプルファイルが格納されています.

  2. サンプルの実行:

     cp -rp /usr/share/salmon/samples .
 cd samples/exercise_01_C2H2_gs
 salmon < C2H2_gs.inp

より詳しい情報は、MateriApps SALMONページをご覧ください.

SMASH

  1. チュートリアル: /usr/share/smash/example にサンプルファイルが格納されています.

  2. 実行例

    以下の例では, アントラセン(C14H10)の Hatree-Fock 法(6-31G 基底)によるエネルギー計算と, その HOMO 及び LUMO の可視化を実行します. 可視化には, SMASH に付属するsmash-vtk-generator と, オープンソースソフトウェア ParaView を使用します.

    1. 実行用ディレクトリの作成とインプットのコピー

        mkdir smash
  cd smash
  cp /usr/share/smash/example/anthracene.inp .

    2. SMASHの実行

        smash < anthracene.inp > anthracene.out

      アウトプットファイル anthracene.out とチェックポイントファイル anthracene.chk が生成されます. 計算結果は, アウトプットはテキストファイルで開く事で確認できます. 内容は, 計算条件, 原子座標, 基底関数, SCF 繰り返し計算過程, 軌道エネルギー, 軌道係数です.

    3. 表示したい軌道の vtk ファイル(anthracene-HOMO.vtk と anthracene-LUMO.vtk)を作成

        smash-vtk-generator anthracene.chk anthracene-HOMO.vtk MO HOMO
  smash-vtk-generator anthracene.chk anthracene-LUMO.vtk MO LUMO

    4. 左下のメニュー > Education > ParaView Client を起動

    5. File メニューから Load State を選択し, /usr/share/smash/visual/mo-view.pvsm を開く.

    6. 新たに現れたウィンドウで anthracene-HOMO.vtk を開くと, HOMO が表示されます.

    7. LUMO を表示したいときは, /usr/share/smash/visual/mo-view.pvsm を開いた後, anthracene-LUMO.vtk を開く

より詳しい情報は MateriApp LIVE! wiki の「SMASHの情報」をご覧ください.

TeNeS

  1. チュートリアル: /usr/share/tenes/sample にサンプルファイルが格納されています.

  2. サンプルの実行:

     cp -rp /usr/share/tenes/sample .
 cd sample/01_transverse_field_ising
 python3 tutorial_example.py
 python3 tutorial_read.py

より詳しい情報は、MateriApps TeNeSページをご覧ください.

xTAPP & TAPIOCA

  1. サンプルファイルは, それぞれ下記のディレクトリに格納されています.
    • xTAPPのサンプル: /usr/share/xtapp/sample
    • TAPIOCAのサンプル: /usr/share/tapioca/sample
  2. 実行例

    1. サンプル実行用のディレクトリを作成

       mkdir xtapp

    2. サンプル用のシェルスクリプトをコピー

       cp /usr/share/xtapp/check/* xtapp
 cd xtapp

    3. 実行例1: シリコンの計算
      si.shを実行し, シリコンの計算を行います.

       sh si.sh

    4. 実行例2: αクオーツの計算
      quartz.shを実行し, αクオーツの計算を行います.

       sh quartz.sh

    5. TAPIOCAの起動 TAPIOCAは, コマンドラインからtapiocaと入力するか, 左下のメニューから起動(MateriApps > Tapioca)します.

      boot

より詳しい情報は MateriApp LIVE! wiki の「xTAPP & TAPIOCAの情報」をご覧ください.