ubuntu 환경에서 BLAST 설치 및 실행 - boringariel/python GitHub Wiki

PGL\blastp_seabone_clustermap 의 기능을 이용하기 위해서는 BLAST를 수행할 수 있어야 한다.
그래서, BLAST를 이용하기 위한 ubuntu 환경에서의 설정을 알아보자.

• ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/
  여기서 blast를 다운로드할 주소를 복사한다.
  (NCBI - BLAST - BLAST download - BLAST+ executables - 인스톨러 다운로드 경로로 접속)
• ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz
  이 파일을 다운로드하기로 한다.
  (ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz 파일)
• ubuntu bash를 연 뒤, 다운로드할 경로로 접속 후 명령어 입력

$ wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz
$ tar -xvzf ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz
$ cd ncbi-blast-2.7.1+
$ cd bin
$ export PATH=$PATH:${PWD}
$ echo $PATH

• 여기까지가 BLAST 설치 및 PATH 지정이다.
  제대로 설정되었다면 최상위 경로로 이동 $cd 후 BLAST 작동을 확인해보자.

$ blastp
BLAST query...

위와 같은 결과가 나타난다면 정상적으로 설치된 것이다.

blastp 실행을 위한 코드

• FASTA 파일을 이용해 BLAST DB를 만든다.
  (여기서는 Araport11_genes.201606.pep.repr.fasta 파일을 이용)

$ makeblastdb Araport11_genes.201606.pep.repr.fasta -dtype prot
$ cd analysis/
$ mkdir duplication
$ cd duplication/
$ cp ~/db/Araport11_genes.201606.pep.repr.fasta .
$ blastp ~query Araport11_genes.201606.pep.repr.fasta -db ~/db/Araport11_genes.201606.pep.repr.fasta -outfmt 7 -evalue 1e-10 -out selfblast.out -num_threads 4

• 시간이 오래 걸리며, 중간에 다른 입력을 할 수 없으니 주의
  중간에 종료하고 싶을 경우, Ctrl+C로 종료할 수 있다.