Официальная инструкция находится на сайте Flatpak и на сайте Debian.

sudo apt install flatpak  # основная программа
sudo apt install gnome-software-plugin-flatpak  # плагин Flatpak для Gnome
flatpak remote-add --if-not-exists flathub https://dl.flathub.org/repo/flathub.flatpakrepo  # добавить репозиторий

После чего выдается предупреждение о том, что следующие папки не находятся в $XDG_DATA_DIRS:

• /var/lib/flatpak/exports/share
• /home/andyceo/.local/share/flatpak/exports/share

После перезагрузки эти папки будут добавлены в эту переменную, поэтому предупреждение можно проигнорировать.

Данные приложений будут храниться в $HOME/.var.

Вывести список всех репозиториев:

flatpak remotes

Установить основные программы:

• Telegram: sudo flatpak install flathub org.telegram.desktop (официально поддерживается командой Telegram)
• VSCodium: sudo flatpak install flathub com.vscodium.codium (официальная сборка от команды)
• Ungoogled Chromium: sudo flatpak install flathub io.github.ungoogled_software.ungoogled_chromium (официальная сборка от команды Ungoogled)
• Flatseal: sudo flatpak install com.github.tchx84.Flatseal (официальная сборка)
• Brave Browser: sudo flatpak install flathub com.brave.Browser (официальная сборка)
• Firefox: sudo flatpak install flathub org.mozilla.firefox (официально поддерживается Mozilla)
• Discord: flatpak install com.discordapp.Discord
• OBS Studio: flatpak install com.obsproject.Studio
• Frog: flatpak install flathub com.github.tenderowl.frog
• Lapce: flatpak install flathub dev.lapce.lapce
• Zettlr flatpak install flathub com.zettlr.Zettlr
• Warehouse: flatpak install flathub io.github.flattool.Warehouse
• GPU-Viewer:flatpak install flathub io.github.arunsivaramanneo.GPUViewer
• CPU-X: flatpak install flathub io.github.thetumultuousunicornofdarkness.cpu-x

Посмотреть, где находится исполняемый файл Telegram:

flatpak info --show-location org.telegram.desktop

Вывести список установленных приложений и окружений:

flatpak list
flatpak list --app

Удалить приложение:

flatpak uninstall org.remmina.Remmina

Удалить приложение и все его данные:

flatpak uninstall --delete-data org.remmina.Remmina