Структура директорий - aix27249/agiliarepo GitHub Wiki
/conf - конфигурационные файлы ядра. В данный момент - конфиг для подключения к mongodb.
/core - код ядра. В данной директории сосредоточен код, отвечающий за весь функционал, не связанный напрямую с UI
/core/tasks - код выполняемых в фоне задач, таких как клонирование репозиториев. Данные файлы вызываются консольным интерпретатором отдельно от основного потока. Файлы должны иметь имя вида имя_задачи.executor.php
/tests - различные тесты, в основном - отладочный либо одноразовый код. По большому счету, в данном виде они особо не нужны, но лежат в git для целостности картины.
/ui - код, отвечающий за UI. Так же, является корневой директорией при прикручивании к веб-серверу. Подробнее - смотрите Структура UI