CTAB KAc法 - ZJNUBlueberry/Gull GitHub Wiki

蓝莓果实RNA的提取:CTAB-KAc法

  • 1.取蓝莓幼果材料0.1 ~0.2 g于研钵中,用液氮研磨成粉末状并快速转移至65℃预热的2ml离心管(含0.9mlCTAB提取液+30µl β-巯基乙醇)中,用涡旋震荡仪震荡均匀,于65℃水浴10min。期间颠倒混匀3次,水浴后4℃,12000r/min,5min。
  • 2.取上清液(约600µl),加入1/3(200µl)体积的5M KAc溶液(PH=4..8),混匀后冰浴30min。
  • 3.再加入700µl 氯仿:异戊醇(24:1)混合试剂,涡旋混匀,4℃,12000r/min,5min。
  • 4.取上清液,加入500µl RNA提取酚试剂(PH5.2),轻轻混匀。
  • 5.再加入500µl 氯仿:异戊醇(24:1),涡旋混匀,4℃,12000r/min,5min。
  • 6.取上清液(约500µl),加入等体积异丙醇,混匀后-80℃沉淀12min,4℃,12000r/min,5min。
  • 7.去上清,加入90µl的DEPC水+10µl buffer(10×)+1µl DNAseⅠ,吹打混匀后,37℃水浴,8min。
  • 8.再加入500µl DEPC水+400µl RNA提取酚试剂(加入后快速盖盖,轻轻混匀)+400µl氯仿:异戊醇(24:1)混合试剂,涡旋混匀,4℃,12000r/min,5min。
  • 9.取上清液,加入等体积异丙醇,混匀后-80℃沉淀12min,4℃,12000r/min,5min。
  • 10.去上清,加入1 ml 75%乙醇溶液洗涤沉淀2次,4℃,10000r/min,5min。
  • 11.室温自然干燥3-5min,适量(15µl)DEPC水溶解,-80℃保存备用
  • 12.取1µl ,NanoDrop2000C测定,记录浓度、A260/A280和A260/A230
  • 13.1%琼脂糖凝胶电泳检测总RNA完整度。

(注:A260/A280均为1.90 ~2.10,A260/A230都在 2.0以上,表明无蛋白质、酚类和多糖等污染)

CTAB法:试剂配制

1. 0.1%DEPC水(1L)

  • 1ml DEPC溶于999ml蒸馏水中,通风橱内震荡摇匀30min,121℃,40min 灭菌后,烘干备用。

(注: DEPC毒性并不是很强,但吸入的毒性最强,应做好保护工作,口罩、实验服、手套,DEPC高温灭菌后分解为乙醇和二氧化碳)

2. 1 mol/L Tris-HCl(PH 8.0)- DEPC水定容(100ml)

  • Tris 12.144g
  • DEPC水 80ml
  • 浓HCl 调PH 4.2ml

3. 0.5 mol/L EDTA - DEPC水定容(50ml PH 8.0)

  • EDTA 7.2g
  • NaOH 调PH 1g
  • DEPC水 40ml

4. 2mol/L NaCl- DEPC水定容(100mL)

  • NaCl 11.7g

5. CTAB提取液-DEPC水定容(200ml)

  • 20g/L CTAB——CTAB 4g
  • 20g/L 聚乙烯吡咯烷酮(PVP)——PVP 4g
  • 1 mol/L Tris-HCl(PH 8.0)——20ml
  • 0.5 mol/L EDTA——10ml
  • 2 mol/L NaCl——3.376ml

6. 5M KAc溶液-DEPC水定容(PH 4.8,100ml)

  • KAc 24.535g
  • 冰乙酸 11.6ml

7. 5M KAc溶液-DEPC水定容(PH 5.2,100ml)

  • 5M KAc(PH4.8) 60ml
  • 冰乙酸 11.5 ml

8. 氯仿:异戊醇=24:1(200 mL)

  • 氯仿(三氯甲烷):192ml
  • 异戊醇:8ml (4℃,避光保存)

9. 氯仿:异丙醇=24:1(200 mL)

  • 氯仿(三氯甲烷):192ml
  • 异丙醇:8ml (4℃,避光保存)

10. 75%乙醇溶液-DEPC水配制(200mL)

  • 150ml 无水乙醇
  • 50ml DEPC水 (4℃,避光保存)

11. 50× TAE溶液-蒸馏水定容(100ml)

  • 0.5M EDTA(PH 8.0) 10ml
  • 冰乙酸 5.7ml
  • Tris 24.2g

12. 1× TAE缓冲液-蒸馏水定容(1L)

  • 50× TAE溶液 20ml
  • 蒸馏水 980ml (4℃,避光保存)

1%琼脂糖凝胶电泳

1 制胶

  • 小:琼脂糖 0.2g;1× TAE缓冲液 20ml
  • 中:琼脂糖 0.4g;1× TAE缓冲液 40ml
  • 大:琼脂糖 0.8g;1× TAE缓冲液 80ml

2 电泳

RNA:110V,30min