（自身のPC用）環境構築 - Yokohide0317/2024_BI-Zissen GitHub Wiki

概要

以下の2つの方法を解説します。どちらか１つで大丈夫です。

  • Docker（環境構築はとても簡単。動作重め。）
  • miniforge（環境構築は比較的難しめ。動作軽め。Pythonでの解析に繋げたい方にオススメ。）
    ※個人的にはminiforgeを使っての構築をオススメします。

Important

どちらもUNIX環境（Mac OS もしくは Linux）を想定しています。（M1 プロセッサーのMacを含む）
Windowsを使用している方は、WSL2をWindows上にインストールすることで、同様のコマンドを使用できます。
下を参考に、WSL2環境を構築してください。

Windowsを使用している方 ※ `Mac`、`Linux`を使用している方はスキップしてください。
  • WSL2のインストールを行います。Windowsのバージョンに合わせて、以下を参考にインストールしてください。
Windowsのバージョン URL
Windows10 https://www.kagoya.jp/howto/it-glossary/develop/wsl2_linux/
Windows11 https://chigusa-web.com/blog/wsl2-win11/

Dockerによる構築

Dockerのインストール

Note

Docker Desktopというものもあります。
公式からダウンロードするだけで、下と同様の導入ができ、簡単で使いやすいです。
ただし、「従業員250人以上、または年間収益1000万ドル以上の企業」での使用は有料プランへの加入が必要です。
該当しない場合、Docker Desktopをインストールしてください（Dockerのインストールの手順は不要です）。
（Docker Desktop→https://www.docker.com/ja-jp/products/docker-desktop/）
該当する場合、以下の手順で、Docker(Docker-ce)をダウンロードしてください。

・WSL(Windows) or Linuxの場合

https://kinsta.com/jp/blog/install-docker-ubuntu/

・Macの場合

※ 事前にHomebrewを導入する必要があります。
もし未導入でしたら、こちらの手順に従ってください。→https://brew.sh/ja/

brew install docker

Qiime2のDockerイメージをダウンロード

この手順に従う。 https://docs.qiime2.org/2023.9/install/virtual/docker/

# Pull
docker pull quay.io/qiime2/amplicon:2023.9

# Qiimeの動作確認。20行くらいの文字が出てきたらOK。`command not found`などになったら失敗。
docker run -it -v $(pwd):/data quay.io/qiime2/amplicon:2023.9 qiime --help

Note

M1 macでも同様のコマンドが使えると思います。
もし失敗する場合、
docker run --platform=linux/amd64 -it -v $(pwd):/data quay.io/qiime2/amplicon:2023.9 qiime
で行ってみてください。
それでも難しい場合はご相談ください。いくつかの代替案をご提案できるかと思います。

miniforgeによる構築

Note

ArchitectureはCPUの種類です。ほとんどのPCは、x86_64だと思ってもらって大丈夫です。

Important

・WSLの場合、Windowsではなく、Linuxを選択してください。
・M1 macはarm64ですが、今回はOS X - x86_64を選択してください。

# コピーしたリンクを貼り付け。(URLはmacの場合)
wget https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Miniforge3-MacOSX-x86_64.sh -O Miniforge3.sh

# 読みながら進める
bash Miniforge3.sh

conda init

# Qiime2のenvファイルをダウンロード
wget https://data.qiime2.org/distro/amplicon/qiime2-amplicon-2023.9-py38-osx-conda.yml

# env作成
conda env create -n qiime2-amplicon-2023.9 --file qiime2-amplicon-2023.9-py38-osx-conda.yml

# 環境に入る
conda activate qiime2-amplicon-2023.9

# Qiimeの動作確認。20行くらいの文字が出てきたらOK。`command not found`になったら失敗。
qiime --help

qiime --help の結果例

# 以下の様な表示が出ると思います。
$ qiime --help
Usage: qiime [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...

  QIIME 2 command-line interface (q2cli)
  --------------------------------------

  To get help with QIIME 2, visit https://qiime2.org.

  To enable tab completion in Bash, run the following command or add it to
  your .bashrc/.bash_profile:

      source tab-qiime

  To enable tab completion in ZSH, run the following commands or add them to
  your .zshrc:

      autoload -Uz compinit && compinit
      autoload bashcompinit && bashcompinit
      source tab-qiime
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