LINKVIEW2 参数文档 - YangJianshun/LINKVIEW2 GitHub Wiki

本文将详细介绍 LINKVIEW2 的参数

alignments 文件

LINKVIEW2 能自动判断 alignments 格式，目前支持的 alignments 格式如下：

  1. LINKVIEW 专属格式，例如

    ctg1 1 100 ctg2 1 100
ctg1 101 200 ctg3 1 100 red:0.5

  2. blast 比对结果（tabular格式），例如

    ctg2	ctg1	99.10	5250	25	12	9256	14492	8053	13293	2e-5	1.395e+05
ctg2	ctg1	99.05	2639	15	6	1	2633	1	2635	0.0	4726

  3. MUMmer 的比对结果 （show-coords 命令生成的文件），例如

    ctg2	Sep 04 2021	14510784	NUCMER	/path/to/ctg1.fa	ctg1	7636865	7638890	312202	314269	90.199814	90.199814	2026	0	0	NULL	0	Plus	18585056	0	0
ctg2	Sep 04 2021	14510784	NUCMER	/path/to/ctg1.fa	ctg1	7337323	7337583	571926	572193	91.449814	91.449814	261	0	0	NULL	0	Plus	18585056	0	0

    或者

    /path/to/ctg1.fa /path/to/ctg2.fa
NUCMER

    [S1]     [E1]  |     [S2]     [E2]  |  [LEN 1]  [LEN 2]  |  [LEN R]  [LEN Q]  |  [COV R]  [COV Q]  | [TAGS]
===================================================================================================================
  312202   314269  |  7636865  7638890  |     2068     2026  | 18585056 14510784  |     0.01     0.01  | ctg1	ctg2
  571926   572193  |  7337323  7337583  |      268      261  | 18585056 14510784  |     0.00     0.00  | ctg1	ctg2

    或者

    /path/to/ctg1.fa /path/to/ctg2.fa
NUCMER

    [S1]     [E1]  |     [S2]     [E2]  |  [LEN 1]  [LEN 2]  |  [% IDY]  | [TAGS]
=====================================================================================
  312202   314269  |  7636865  7638890  |     2068     2026  |    90.20  | ctg1	ctg2
  571926   572193  |  7337323  7337583  |      268      261  |    91.45  | ctg1	ctg2

    或者

    /path/to/ctg1.fa /path/to/ctg2.fa
NUCMER

[S1]	[E1]	[S2]	[E2]	[LEN 1]	[LEN 2]	[% IDY]	[LEN R]	[LEN Q]	[COV R]	[COV Q]	[TAGS]
312202	314269	7636865	7638890	2068	2026	90.20	18585056	14510784	0.01	0.01	ctg1	ctg2
571926	572193	7337323	7337583	268	261	91.45	18585056	14510784	0.00	0.00	ctg1	ctg2

    ……

  4. Minimap2 比对结果（paf格式），例如：

    ctg1	78060761	56679579	56924210	-	ctg2	64984695	42479076	42722952	218588	245765	60	tp:A:P	cm:i:21472	s1:i:217985	s2:i:3364	dv:f:0.0058
ctg1	78060761	46226144	46407750	+	ctg2	64984695	41282053	41461131	161187	183847	60	tp:A:P	cm:i:15731	s1:i:159743	s2:i:3827	dv:f:0.0045

基本参数

  • -V, --version

    输出版本号

  • -h, --help

    输出帮助信息

Normal options

  • -k, --karyotype

    指定一个绘图的布局文件，该文件的每一行代表绘图的每一层级，每一行用空白符分割，每个 item 代表绘图的每个序列，每个 item 的格式为 seq:start:end，如果在 item 左边或右边加上-，则会在绘制的序列左侧或右侧标记一个短横线。

  • -hl, --highlight

    指定一个或多个 highlight 文件，多个文件用逗号分隔。highlight 文件的每一行代表一处高亮，格式为 seq start end [color]，注意 [color:opacity]表示颜色和透明度可以省略，并不是说您在 highlight 文件中要写上小括号。颜色默认值为 red，支持16进制颜色和 rgb 颜色格式。

  • --hl_min1px

    加上这个参数，每个highlight，即使宽度小于一个像素，也会强行展示出一个像素。比如 ctg1 展示的范围是 1Mb 到 30Mb，而某highlight 的范围只有 10bp，这样计算出来的像素宽度非常小，作图后不容易看到，使用 --hl_min1px参数能将这种小的 highlight 强行展示为 1px。

  • -g --gff

    指定一个或多个 gff 文件，用于绘制基因结构。

  • --scale

    指定比例尺，一个像素代表多少bp。默认值时 auto，表示 LINKVIEW2 会自动计算比例尺。

  • --show_scale

    指定该参数后，在绘图的右下角会以一个线段展示出比例尺。

Filter options

这一组参数用于对 alignments 进行过滤。

  • --min_alignment_length

    默认值为0，长度小于此值的 alignments，会被过滤掉。对所有格式的 alignments 都有效。

  • --min_identity

    默认值时70，identity 低于此值的 alignments 将被过滤，对 blast 和 MUMmer 软件的比对结果有效。

  • --min_bit_score

    默认值是1000，bit_score 低于此值的 alignments 将被过滤，对 blast 软件的比对结果有效。

  • --max_evalue

    默认值是1e-5，evalue 高于此值的 alignments 将被过滤，对 blast 软件的比对结果有效。

Drawing options

这是一组作图参数，既可以通过命令行参数全局指定，也可以通过 -p, --parameter参数指定一个参数文件，对作图的每一层级分别指定。

  • --chro_thickness

    绘制的序列的高度，默认15

  • -n, --no_label

    不展示标签

  • --label_font_size

    标签字体大小，默认为 18

  • --label_angle

    标签旋转角度，默认为 30

  • --label_pos

    标签的位置，可选 left | center | right，默认是 right

  • --label_x_offset

    标签的 x 方向偏移，默认为0

  • --label_y_offset

    标签的 y 方向偏移，默认为0

  • --chro_axis

    展示 坐标轴刻度

  • --chro_axis_unit

    坐标轴刻度的最小单元。默认为 auto，表示由 LINKVIEW2 自行推断

  • --chro_axis_pos

    坐标轴的位置，可选 top | bottom | both，默认为 bottom

  • --gap_length

    两个序列之间的间隔。如果小于1，那么间隔为 这一层级所有序列的总长 * gap_length。如果大于1，表示间隔为 gap_length bp。

  • --align

    绘图的序列的对齐方式，可选 center | left | right，默认为 center

  • -p --parameter

    通过此参数指定一个参数文件，对绘图的每一层级分别指定作图参数，仅 Drawing options 中的参数可由此文件指定。

    格式举例如下：

    label_font_size=25 chro_axis=true
chro_thickness=20 no_label=false

Style options

  • --bezier

  • 将 alignments 绘制成贝塞尔曲线风格

  • --style

    作图的风格，可选 classic | simple，默认为 classic

Svg options

  • --svg_height

    作图的高度，默认为800

  • --svg_width

    作图的宽度，默认为1200

  • --svg_space

    作图左右两侧留空比例，默认为 0.2

Output options:

  • -o --output

    输出文件的前缀，默认为 linkview2_output。LINKVIEW2 会输出 svg 和 png 格式的两个文件。