week2 LiTianyi - XLab-Tongji/AIOpsConceptualModeling GitHub Wiki
Jena
官方描述：Apache Jena（或简称Jena）是一个用于构建语义Web和关联数据应用程序的自由和开源的Java框架。 该框架由不同的API组成，用于处理RDF数据。
Jena是一个用于Java语义Web应用程序的API（应用程序编程接口）。它不是一个程序或工具，如果这是你正在寻找，我建议或许TopBraid Composer作为一个好的选择。因此，Jena的主要用途是帮助您编写处理RDF和OWL文档和描述的Java代码。
当前最新版本为Jena3.13.1，对于Jena1，Jena2提供了大量新的APIs对RDFS和OWL的支持。并实现动态数据访问和结果输出。
Jena的核心是三元组，Jena2的两个新功能。提供了新的用于展示的API和动态生成虚拟三元组（遵循RDF和OWL语义）。
Jena的结构主要可以分为三层:Graph Layer（视图层）、EnhGraph Layer（视图加强层）、Model Layer（模型层）。
Graph Layer层基于RDF抽象语法，主要实现的是三元组的存储，存储的数据不仅包含源数据也包含通过推理等得到的新数据等，并将其用适当的方式展示出来。
EnhGraph Layer层是一个中间层，用于联系Graph Layer层与Model Layer层，能同时提供节点和图形多个视图。该层提供多态对象，反映了程序的多态性。该层起到存储模型层中生成的所有图形，根据操作者的需求进行调用，起到承上启下的作用。
Model Layer层是数据的输入层，通过Model等多个API提供了丰富对图中节点操作的方法，是Jena的核心层。
OWL API
owl api提供了RDF/XML、OWL/XML解析器，并且提供了推理机功能，例如Pallet和FaCT++。使用OWL api时最核心的一个类是OWLOntologyManager，用于载入、创建和访问本体。
下面提供一下api documentation的网络地址http://owlapi.sourceforge.net/javadoc/index.html，阅读起来还是比较费劲的。
Protégé
Protégé 软件是斯坦福大学医学院生物信息研究中心基于Java语言开发的本体编辑和知识获取软件，或者说是本体开发工具，也是基于知识的编辑器，属于开放源代码软件。这个软件主要用于语义网中本体的构建，是语义网中本体构建的核心开发工具。
Protégé提供了本体概念类，关系，属性和实例的构建，并且屏蔽了具体的本体描述语言，用户只需在概念层次上进行领域本体模型的构建。
Protégé使用JAVA和Open Source作为操作平台，可用于编制本体和知识库（Knowledge Base)，protégé可以根据使用者的需要进行定制，通过定制用户的界面以更好地适应新语言的使用；有可自行设置的数据输入模式，可以将protégé 的内部表示转制成多种形式的文本表示格式，如：XML、RDF(S)、OIL、DAML、DAML+OIL、OWL等系统语言。Protégé 工具本身没有嵌入推理工具，不能实现推理，但它具有很强的可扩展性，可以插入插件来扩展一些特殊的功能如推理、提问、XML转换等。Protégé 提供可扩展的独立平台环境，用于构建和编辑本体以及知识库。Protégé开放源码，提供本体建设的基本功能，而且它采用图形化界面，界面风格与OilEd一样，都与WINDOWS操作系统的风格一致，模块划分清晰。另外，protégé本体结构和OntoEdit一样，也是以树形的等级体系结构来显示，用户可以通过点击相应的项目来增加或编辑类、子类、实例等，所以用户使用protégé不需要掌握具体的本体表示语言，是用户比较容易学习、使用的本体开发工具。由于其优秀的设计和众多的插件，其已经成为最广泛的本体论编辑器]之一，它已成为国内外众多本体研究机构的首选工具。
Protégé的特点
Protégé是一组自由开源的工具软件，用于构建域模型与基于知识的本体化应用程序。
Protégé提供了大量的知识模型架构与动作，用于创建、可视化、操纵各种表现形式的本体。
可以通过用户定制实现域-友好(领域相关)的支持，用于创建知识模型并填充数据。
Protégé可以通过两种方式进行扩展：插件和基于java的API。
相比与其他的本体构建工具而言，Protégé最大的好处在于支持中文，在插件上，用Graphviz可实现中文关系的显示。
Protégé的用途
protégé可用于：
类模拟（Class modeling)：protégé提供了一个图形化用户界面来模拟类（领域概念）和它们的属性及关系。
实例编辑（Instance editing）：从这些类中，protégé自动产生交互式的形式，全用户或领域专家进入的有效实例成为可能。
模型处理（Model processing)：protégé有一个插件库，可以定义语义、解答询问以及定义逻辑行为。
模型交换（Model exchange)：最终的模型（类和实例）能以各种各样的格式被装载和保存，包括XML、UML和资源描述框架RDF.