UMI与细胞条形码

更新：2026-10-13；状态：可用；验证范围：文档核对；完整流程未在本机运行。

细胞条形码帮助区分测量单元，UMI 用于识别分子标签；二者不是同一类标识符。

同一个细胞条形码下可有许多不同 UMI，同一 UMI 字符串也可能在不同细胞或基因上下文出现。分子去重需要结合具体实验与处理算法，而不是把全表相同 UMI 一律合并。

UMI 计数与 read 数不同，均不自动等于样本中全部 RNA 分子的真实数量。双细胞、空液滴、环境 RNA 和捕获效率都会影响解释。

实践见单细胞转录组入门与实践。深入阅读 10x 基因表达处理说明和 Scanpy 官方教程。

与建库索引和重复的区别

样本索引用于拆分样本，细胞条形码标记相应测量单元，UMI用于分子标签，见文库接头索引与条形码。UMI有限长度可能发生碰撞，标签也可能识别错误；同字符串不自动等于同一原始分子。具体去重依上下文和算法。

扩增子同起点不自动是PCR重复，原生分子数量也不能由read数直接恢复，见测序错误重复偏差与嵌合体。