Salmon定量与tximport基因汇总

更新：2026-10-15；状态：可用；验证范围：官方资料与方法核对；本页上游或扩展软件流程未执行。

转录本定量、基因汇总及长度校正相互衔接，必须使用同版本转录本到基因映射。

输入和输出

Salmon针对参考转录本资源估计丰度，索引及可选decoy配置决定可比对资源。保存转录本FASTA、注释、索引构建命令、版本和library type；自动推断也应检查推断结果。Salmon官方文档给出具体流程。

quant.sf包含转录本ID、长度、有效长度、TPM和估计计数等信息。TPM与NumReads用途不同，不能直接选TPM列当DESeq2原始矩阵。

tximport如何衔接

提供每个样本quant.sf路径和匹配的tx2gene映射，tximport进行相应汇总；再用DESeqDataSetFromTximport等接口导入。不同countsFromAbundance设置对应不同的长度处理约定，应按tximport官方指南配套使用，避免重复长度校正。

先检查转录本ID匹配比例、版本后缀和一对多关系。不认识的ID应报告，不静默丢弃；只删版本号可能误合并，需要来源依据。

本轮未执行Salmon或tximport，airway案例使用包内已有整数基因计数，而非其中另一个Salmon导入对象。继续读RNA-seq从FASTQ到基因计数、计数丰度与标准化。