RNA设计矩阵配对与对比方向

更新：2026-10-15；状态：可用；验证范围：原生R与公开airway计数案例已执行；范围和结果见正文。

设计矩阵把样本信息变成模型列，对比定义了究竟要比较哪两个状态。

配对不是把八个样本当八个独立重复

airway有4条细胞系，每条各含untrt和trt。模型~ cell + dex用cell表示配对单位差异，用dex表示处理差异。它假设这里估计共同的处理效应，没有估计每条细胞系各自独立的处理效应。

本例8行设计矩阵有5个独立列，剩余自由度3。若每个处理只出现于一个批次，加入batch和condition不能凭空分离效应；设计不满秩就应停止并检查实验，而不是任意删除某列后解释成已校正。

对比方向必须写明

contrast=c("dex","trt","untrt")表示trt相对untrt。正log2FC表示该方向上的增加；交换分子分母后log2FC变号，双侧零效应检验的P应保持一致。本轮实际核对了这一性质。

“参考组是什么”和“输出列名是什么”都需确认。resultsNames(dds)列出可提取系数；复杂交互的主效应依赖参考水平，不能只看名称中有condition就当全体平均效应。

本项目R输入检查会检查样本对应、满秩和剩余自由度。继续读RNA交互作用与LRT比较、公开airway数据贯通DESeq2。