RNA测序建库选择与偏倚

更新：2026-10-13；状态：可用；验证范围：官方平台资料与原始研究核对；原理及判读，未执行湿实验或平台测序。

富集、去除、逆转录、链特异和read布局决定可观察RNA及计数方式。

建库改变测量对象

路线/维度	主要影响
poly(A)相关富集	更偏向相应有尾RNA，不覆盖所有类型
rRNA去除	保留范围依试剂和样本
3′/5′端计数	端部信号不自动恢复完整异构体
小RNA	特定长度和连接对象选择
链特异	来源方向与软件规则匹配
cDNA与直接RNA	复制步骤、原生信息和偏差不同

逆转录、片段选择和连接影响观测比例，低完整性样本可能有端部偏差。全长方案也需检查实际完整读段比例，不能按名称推定全部全长。

下游匹配

差异表达明确计数单位、参考和独立重复；剪接/异构体需连接证据；非编码、小RNA和修饰不默认同一建库。

见链特异性与RNA测序方向、PacBioSMRT与HiFi测序、Nanopore测序与直接RNA。组别和建库批次不宜完全混杂，平台并非唯一偏差来源。

本页未执行建库。分析见RNA-seq从计数矩阵到差异表达、小RNA分析入门与实践；验证见转录组差异与qPCR验证设计。流程参考：nf-core/rnaseq。