RNA效应收缩与阈值检验 - SpiralKernel/bioinfo-wiki GitHub Wiki
RNA效应收缩与阈值检验
更新：2026-10-15；状态：可用；验证范围：原生R与公开airway计数案例已执行；范围和结果见正文。
稳定效应估计、检验零效应和检验超过预定阈值，是三个需要分别报告的任务。
收缩用于什么
低信息基因的原始log2FC可能极端且不稳定。apeglm用重尾先验稳定效应估计；收缩程度取决于信息，不是固定乘数。原始研究解释方法。本例另存原始Wald log2FC/SE与apeglm log2FC/后验SD。
apeglm给出的后验SD不能直接当原始Wald标准误，和收缩LFC拼出新的普通P。本轮通过lfcShrink保留原结果P/padj，实际核对一致性；图上收缩LFC和原Wald显著性必须说明来源。
大效应检验是另一个零假设
筛选padj<0.05 & abs(log2FC)>1并不等于统计检验真实绝对效应大于1。后者可用results(..., lfcThreshold=1, altHypothesis="greaterAbs")检验H0：|log2FC|≤1，并产生单独P/padj。
本例同时输出普通零效应结果和阈值1的结果；没有用收缩值替换检验输入，也不把二者发现数差异当软件错误。阈值1只是教学选择，应在研究前结合问题确定。