RNA交互作用与LRT比较

更新：2026-10-15；状态：可用；验证范围：官方资料与方法核对；本页上游或扩展软件流程未执行。

复杂设计需要明确主效应、交互和整体模型比较各自检验的问题。

交互不是分别显著再比较

若想问处理效应是否随基因型不同，可考虑~ genotype + condition + genotype:condition。交互检验比较处理效应差异；“A组显著、B组不显著”本身不构成交互显著的证据。

主效应通常是在其他分类变量参考水平下的效应，需要看设计矩阵和对比。每种组合是否有样本、是否有足够重复要先核查；不能通过添加项来补救原来没采到的组合。

LRT比较嵌套模型

LRT可比较含某组项的完整模型与删去这些项的简化模型，例如时间相关整体效应。P回答删去这些项是否显著损失拟合，不一定只对应结果表里展示的一个LFC；因此不能把单列LFC当作整个LRT检验的唯一效应。

简化模型要嵌套于完整模型，数据、归一化和其他设置需相容。随后进行具体时间点或组间对比还需要声明额外检验范围。

本轮只实际运行airway的加性配对Wald模型，未执行交互/LRT。官方示例见DESeq2复杂设计指南。先完成RNA设计矩阵配对与对比方向。