R包Python包与可复现环境

更新：2026-10-15；状态：可用；验证范围：官方语言文档核对；基础样本表经WebR及原生R验证；airway/DESeq2/apeglm已在隔离Conda环境运行；安装与第三方包按页说明。

包安装到环境，先确认解释器、库位置和版本来源。

Python：统一使用项目环境

先按R与Python路径文件与项目组织进入项目根目录。基础样本表不依赖第三方包；要画图或跑群体案例时，建议Python 3.10+，建立.venv并安装教学依赖。

macOS/Linux系统终端：

python3 -m venv .venv
.venv/bin/python -m pip install -r requirements-teaching.txt
.venv/bin/python examples/programming_basics.py --plot

Windows PowerShell：

python -m venv .venv
.\.venv\Scripts\python.exe -m pip install -r requirements-teaching.txt
.\.venv\Scripts\python.exe examples/programming_basics.py --plot

Windows若只有py，把创建环境那行的python换成py，之后继续用环境里的完整解释器路径。这样无需激活环境，也不会把包误装到另一个Python。VS Code选择.venv中的解释器；sys.executable可核对运行位置。requirements记录版本要求，精确重现还需保存实际版本/锁文件和系统信息。

R：安装与载入分开

第一轮样本表只用base R，无需安装tidyverse或DESeq2。CRAN包通常用install.packages()；Bioconductor包通过BiocManager选择匹配R的发布系列。准备进入RNA官方练习时，在R控制台运行：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) {
  install.packages("BiocManager")
}
BiocManager::install(c("airway", "DESeq2"))
BiocManager::valid()
sessionInfo()

安装通常对同一环境做一次，每次新会话仍需library(airway)和library(DESeq2)载入。不要随意指定另一个发布系列覆盖现有环境；根据官方提示处理R/包版本不匹配。报错时保存完整错误、sessionInfo()及.libPaths()，见R与Python报错调试与求助。

renv可管理项目依赖，不能代替系统库或外部软件。R安装片段按Bioconductor官方说明整理，本轮另在隔离Conda环境安装原生R4.4.3、airway、DESeq2、apeglm和jsonlite，见DESeq2安装对象与结果提取；上方BiocManager安装路径未单独执行。基础R脚本已用原生R复跑。

来源：Python venv、pip指南、renv。