N50组装连续性与完整性

更新：2026-10-13；状态：可用；验证范围：官方平台资料与原始研究核对；原理及判读，未执行湿实验或平台测序。

N50描述长度加权连续性，不能单独证明组装正确、完整或无污染。

N50如何计算

长度从大到小累计到总长一半时，对应长度为N50。它不是按序列条数的中位数；read N50与contig N50的对象不同。

500、100、100、100、100、100总长1000，N50=500，中位长度100。NG50用指定参考基因组长度的一半作阈值；总组装不足时可没有NG50值。

连续、完整与正确

contig通常是连续组装序列；scaffold可包含连接与间隙，具体格式需核对。大contig可能错拼，高N50也可能伴随重复折叠或污染。

BUSCO按所选谱系保守基因评估相应完整性，不覆盖全部非编码结构；重复BUSCO可能来自倍性、未分开的单倍型或错误。QUAST在适当参考下还能检查结构，参考差异也需考虑。

一起报告

报告总长、序列数、N50/NG50对象与分母、缺口、基因集、污染、覆盖及单倍型一致性，不只挑最大N50判断算法。

工具：QUAST、BUSCO。应用见混合测序组装与结果评估。