McClintock与xTea转座子检测选型

更新：2026-10-15；状态：可用；验证范围：官方文档与方法核对；专业命令为模板，本轮未执行该流程。

TE检测需同时固定参考、家族资源、平台与目标，不能仅把一段插入序列归类就结束。

McClintock

McClintock整合多个TE插入方法；需要对应参考、TE资源与reads及各模块依赖。运行整套流程前先核对所选模块的支持平台、输入和输出；方法共享相同上游资源时也可能共享偏差。

xTea与其他实现

xTea官方入口包含不同数据类型和模式。短读长、长读长或特定家族的支持必须按具体版本/路径核对，不能推广成“所有TE、所有物种、所有平台”。现有重复序列与转座子变异软件还连接ngs_te_mapper2等工具。

统一结果表

至少保留位点、方向、家族、参考或非参考状态、插入序列/长度、两侧支持、目标位点重复等证据及原生ID。聚合多个工具前要明确定义事件匹配规则和分型状态，不能简单取坐标交集就当真值。

本轮未执行TE专业调用器。流程分为转座子插入检测与提取和长读长TE插入证据整理流程；物种家族库、嵌套插入与可比对性是必要输入假设。