Illumina合成测序与簇信号

更新：2026-10-13；状态：可用；验证范围：官方平台资料与原始研究核对；原理及判读，未执行湿实验或平台测序。

Illumina通过簇上合成与循环信号读出序列，化学和簇生成方式因产品而异。

从文库到簇

文库带有适合平台的结构，形成可读簇以提供足够信号。桥式扩增是经典解释；某些patterned flow cell有不同簇生成机制，不能将所有型号写成相同桥式流程。

文库PCR与仪器相关簇生成不是同一阶段。PCR-free建库不表示后续完全没有信号放大，也不表示没有样本偏差。

合成测序

SBS在逐轮合成中识别加入的碱基。光学通道和化学变化，因此“四种碱基永远对应四种独立颜色”并非普遍定律。basecaller由循环信号估计序列和质量。

分子失去同步会影响后续信号，phasing/prephasing描述相应问题；实际质量还受文库多样性、化学和模型影响。

单双端和索引

R1、index read和R2各有布局。索引用于拆分样本，不是应保留进常规目标比对的序列；R1/R2角色也依文库确认。见文库接头索引与条形码、单端双端读长与插入片段。

仪器数据经识别、拆分后形成常见FASTQ。记录运行/试剂、布局、样本表、软件与质量，Q30比例不能代替全部检查。

来源：SBS官方说明、索引说明。